单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

生物医疗大数据 安吉丽娜朱莉发现抑癌基因事件,BRCA突变与乳腺癌关联. 个体化测序商品23 and me 多组学数据研究:eg:太空和地球双胞胎发现生化指标差不多. 研究模式和工业模式相结合. 研究模式: 工业模式: 热点:量子计算其实没有研究成果. 未来方向: 传染病预警的技术,eg:flu tracking 抗生素危机 自免疫挑战 微生物群落和健康.eg:iHMP 新生儿/早产儿微生物群落失调,导致慢性疾病,可以使用移植的方法治疗. Cancer:eg:CAR-T 健康的衰老:衰老的迹象…

许多分析软件 : https://github.com/seandavi/awesome-single-cell#software-packages Smart-seq.CEL-seq.SCRB-seq和Drop-seq.Smart-seqSMART(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一个具有里程碑意义的重要技术.实际上,能够从单细胞生成全长cDNA的测序方案并不多,Smart-seq就是其中之一.对于等位基因特异性表达或者…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

[怪毛匠子-整理] awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq, ATAC-seq, etc. Contributions welcome... Software packages RNA-seq anchor - [Python] - ⚓ Find bimodal,…

业界良心啊,开源的单细胞课程. 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手. 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course…

Title:  Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing 课题的目的和意义: Ductal carcinoma in situ (DCIS,原位导管癌)是一种早期的乳腺癌,很少发展成invasive ductal carcinoma(IDC,浸润型导管癌).由于瘤内异质性和导管中肿瘤细胞数量低,因此很难刻画在侵袭期间的基因组进化过程.为了克服这个障碍,作者开发了To…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

网易blog - MongoDB GUI客户端工具大全   oschina - MonjaDB 1.0.2 发布,MongoDB 的 GUI 客户端   oschina创建人红薯对MonjaDB官方文档的中文翻译   实践结果: 不怕麻烦的话可以安装RockMongo,这个用起来爽点,就是需要搭建好apache.php环境 怕麻烦的话就安装MonjaDB吧,集成在eclipse的插件,安装简单,基本功能满足 千万不要用MongoDBHub,别说功能了,连使用都不能使用      …