使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

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使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864…

bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集注意…

使用NPOI从Excel中提取图片及图片位置信息

问题背景: 话说,在ExcelReport的开发过程中,有一个比较棘手的问题:怎么复制图片呢? 当然,解决这个问题的第一步是:能使用NPOI提取到图片及图片的位置信息.到这里,一切想法都很顺利.但NPOI到底怎么提取图片及图片的位置信息呢?NPOI能不能提取到图片的位置信息呢? 这是两个问题.是两个让BaiGoogleDu几近沉默的问题.但官方教程的评论中还是流露出了答案的蛛丝马迹. 哇咔咔,这是我去看源码寻答案的的动力. 此处省去(N多字)- -,这里宕掉了我三个晚上的时间. 不再累述,代码你…

vcf和bed的位置信息区别

vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的. samtools则是从1开始计数根据位置信息提取序列的方法 samtools提取 samtools faidx Vv.12X.dna.…

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式如果只想提取指定位置(specifi…

bedtools 用法大全

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib…