miRNA分析--数据过滤(一) miRNA分析--比对(二) 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配,其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始). miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了3个工具 1.psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server 进去以后,提交自己miRNA文件,fasta格式,并…

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注,俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”.关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可:miRNA的另一研究方向为功能机制研究,此时必须有miRNA靶基因的参与,可是如何确…

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c…

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons…

网站日志分析项目案例(一)项目介绍:http://www.cnblogs.com/edisonchou/p/4449082.html 网站日志分析项目案例(二)数据清洗:http://www.cnblogs.com/edisonchou/p/4458219.html 网站日志分析项目案例(三)统计分析:当前页面 一.借助Hive进行统计 1.1 准备工作:建立分区表 为了能够借助Hive进行统计分析,首先我们需要将清洗后的数据存入Hive中,那么我们需要先建立一张表.这里我们选择分区表,以日期作…

一.前言 在完成Map下的并发集合后,现在来分析ArrayBlockingQueue,ArrayBlockingQueue可以用作一个阻塞型队列,支持多任务并发操作,有了之前看源码的积累,再看ArrayBlockingQueue源码会很容易,下面开始正文. 二.ArrayBlockingQueue数据结构 通过源码分析,并且可以对比ArrayList可知,ArrayBlockingQueue的底层数据结构是数组,数据结构如下 说明:ArrayBlockingQueue底层采用数据才存放数据,对数…

[转]python模块分析之typing(三) 前言:很多人在写完代码一段时间后回过头看代码,很可能忘记了自己写的函数需要传什么参数,返回什么类型的结果,就不得不去阅读代码的具体内容,降低了阅读的速度,加上Python本身就是一门弱类型的语言,这种现象就变得更加的严重,而typing这个模块很好的解决了这个问题. 系列文章 python模块分析之random(一) python模块分析之hashlib加密(二) python模块分析之typing(三) python模块分析之logging日志(…

前言:很多人在写完代码一段时间后回过头看代码,很可能忘记了自己写的函数需要传什么参数,返回什么类型的结果,就不得不去阅读代码的具体内容,降低了阅读的速度,加上Python本身就是一门弱类型的语言,这种现象就变得更加的严重,而typing这个模块很好的解决了这个问题. 系列文章 python模块分析之random(一) python模块分析之hashlib加密(二) python模块分析之typing(三) python模块分析之logging日志(四) python模块分析之unittest测试…

JUC源码分析-集合篇(三)ConcurrentLinkedQueue 在并发编程中,有时候需要使用线程安全的队列.如果要实现一个线程安全的队列有两种方式:一种是使用阻塞算法,另一种是使用非阻塞算法.使用阻塞算法的队列可以用一个锁(入队和出队用同一把锁)或两个锁(入队和出队用不同的锁)等方式来实现.非阻塞的实现方 式则可以使用循环 CAS 的方式来实现.本节让我们一起来研究一下 Doug Lea 是如何使用非阻塞的方式来实现线程安全队列 ConcurrentLinkedQueue 的,相信从大师…

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过…