官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html 安装 第一种情况的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/ cd vcftools/ ./configure make make install 第二种情况…

--------------------安装Samtools----------------------------------------------------------------------------------- 1) 下载 http://www.htslib.org/download/ 2) tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 3)cd samtools-1.9 4)make 5) make prefix=/home/jxdong/biosoft/sam…

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big…

一.brew官网主页上的方法: /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 结果: ==> This script will install:/usr/local/bin/brew/usr/local/share/doc/homebrew/usr/local/share/man/man1/brew.1/usr/local/sha…

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述 执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (…

Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的微服务. Fabio 由 eBay Classifieds Group 开发,用于处理 marktplaats.nl 和 kijiji.it 的流量.Marktplaats 所有的流量都经过 Fabio ,每秒有 250000 个请求,分发于数个 Fabio 实例,并且没有出现任何延迟. 简单流程图…

加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optimal /dev/sda (parted)print     命令查看是否有除了sda其他分区 如果有则删除 (parted)rm 2(2为分区的编号,有其他的也需要一并删除) (parted)mklabel gpt  此操作会清除掉所有分区上的所有数据 如果是MBR 则使用命令mklabel msdo…