目录 1.简介 2.配置 2.1在线版本 2.2 服务器版本 3.运行 3.1 在线版本 3.2 服务器版本 4.结果 1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件,被Frost & Sullivan形容为"质谱数据检索的黄金标准",更新维护速度也很快(已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7).but,它是商业软件(国内康昱盛代理),收费.虽然有在线版本,但仅支持少量谱图检索,只能体验一下.大规模的蛋白组搜索必须使用它们的服务器.简…

目录 1.简介 2.下载安装 3.软件使用 4.结果 1.简介 官网:http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发,持续更新,免费开源 适用Windows/Linux 多线程,支持多种输入输出格式:输入谱图文件(mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2),输出.pep.xml/.pin.xml/.sqt/.out等文件 运行: comet.exe input.mzXML comet.exe input.mzML comet.exe input…

目录 1. 简介 2.下载安装 3. 软件试用 4. 结果 5. FAQ 1. 简介 X!Tandem是GPM:The Global Proteome Machine(主要基于Web的开源用户界面,用于分析和显示蛋白质鉴定数据.关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html)中的一个成员,此外还有X! P3 .X! Hunter等工具.顾名思义,X!表示X! series搜索引擎,Tandem表示串联质谱,所以X!Tandem用于串联质谱数据分析…

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件.java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件.而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析,MSGF+的表现也是非常不错的(一下子找不到文献出处~~). Github源码:https://github.com/MSGFPlus/msgfplus 支持的输入格式包括:mzML, mzXML, Mascot Generic File (mgf),…

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上.不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样).毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰. 主要特点: 支…

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲.而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据.但在业内用得比较多,尤其是在学术界(因为大部分科研人员只会鼠标点点框).蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器,因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索. 除了蛋白鉴定定量,PD还可以做质谱数据的转化.但是我之前比较过,PD转化的结果…

生物医学大数据 重点:蛋白质定量 新蛋白可以是全新的蛋白质,也可以是知结构但未知功能的蛋白质,也可以是知道结构有新功能的蛋白质. 新蛋白鉴定可以使用以下方法. 基于基因组,可以基因组中的coding区数据库变成理论上的蛋白质数据库,利用密码子翻译出氨基酸,为准确可以有三种版本,可以敲除1个碱基,2个碱基,3个碱基等,同时考虑正反链因素,就有3*2=6种可能性.基于转录组翻译情况,采用搜索已知蛋白质信息数据库,准确率高.denovo方法,即从头测序的综合比较方法,可信度基于打分值或p-value等…

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

目录 一.iMetaLab简介 二.内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages 5. Web development libraries and frameworks 三.报告内容 1. 谱图肽段ID统计 2. 肽段鉴定结果分析 3. 蛋白鉴定结果分析 4. 物种分析 5. 功能分析 MetaMep fo…

题目:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptidomics 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:October 7, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00313 分享人:陈洁 本次分享的文章的题目是:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptido…