Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快. 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:      GACTGGGCGATCTCGAC…

目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装. 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用gmake安装,此时,如果系统版本低,没有libTBB的话,可以选择不使用这个库编译 命令是: unzip bowtie2-2.3.2-source.zip 解压安装包 gmake NO_TBB=1 编译安装 对于下面…

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas…

上周20161021-20161028的任务还没有搞完,所以今天来填坑(微笑脸) ××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××× 本文参考:https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2 MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生物群落组成的工具. ps: 与系统发育相关的图的表示 安装: 1. 下载并解压 2. 修改/etc/profile,…

装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: 安装libncurses5库(貌似和字符多色显示有关?生信人会玩=.=) sudo apt-get install libncurses5 libncurses5-dev Step 2: 安装zlib(压缩与解压,有教程说不装会报错=.=) sudo apt-get install zlib1g-d…

1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build,bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2,bowtie2-build,bowtie2-inspect,默认会找bowtie2      bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件      bowtie2-build建index,运行结果得到一些.bt…

Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti…

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测…

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述 执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…