http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/metagenomeFeatures/inst/doc/Example_16S_Annotation_Workflow.html…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种,最新比较火热的功能基因,也可以作为mark gene.利用功能基因作为mark  gene, 相比16S有什么优势呢? 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基因序列可能完全相同,尤其是在二代测序中,我们通常指扩增16S的部分序列,这样不同物种扩增出来的序列完全相同的概率大大增加,这样不同有效的区分物种,所以说利用16S基因做的species 水平的注释,…

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由…

The Greengenes Database Release 13_5 这是16S的一个非常重要的数据库 The Greengenes Database, a public resource since 2002 (DeSantis 2003, DeSantis 2006, McDonald 2011), is a well-characterized and curated database of small subunit ribosomal near-full length sequen…

在文章或宣传稿中经常看到两者滥用,实际上是不同的. 首先是各个字母的含义: 16S中的"S"是一个沉降系数,亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,值越高,说明分子越大. rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写. rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA(rRNA)分子的对应的DNA序列,也就是编码16S rRNA的基因. rRNA指的是rDNA的转录产物,它是构成核糖体的重要成分,核糖体由许多小的rRNA分子组装而成,1…

锐羿基因: http://www.realbio.cn/index.php?c=list&cs=keyandongtai& 科研动态更新及时 青岛过程能源所: http://www.computationalbioenergy.org/software.html…

一,前言 证实 有一张财务流水表,未分库分表,目前的数据量为9555695,分页查询使用到了limit,优化之前的查询耗时16 s 938 ms (execution: 16 s 831 ms, fetching: 107 ms),按照下文的方式调整SQL后,耗时347 ms (execution: 163 ms, fetching: 184 ms): 操作: 查询条件放到子查询中,子查询只查主键ID,然后使用子查询中确定的主键关联查询其他的属性字段: 原理: 减少回表操作: -- 优化前SQL…

最近写代码,遇到一个问题,微软基于List<T>自带的方法是public bool Remove(T item);,可是有时候我们可能会用到诸如RemoveAll<IEnumerable<T>>的方法,坦白的说,就是传入的参数是一个IEnumerable<T>,而不是一个T,这种情景是随时可能用到的.当然我们会轻易的发现List<T>里本身就封装了一个方法public int RemoveAll(Predicate<T> match)…

本文来自于腾讯Bugly公众号(weixinBugly),未经作者同意,请勿转载,原文地址:http://mp.weixin.qq.com/s/9DJxipJaaBC8yC-buHgnTQ 作者简介: 曹少琨,微信移动客户端开发工程师,2014年加入腾讯,从事手Q跨平台移动服务框架 MSF 的开发及优化工作,2015 年转入微信终端基础开发组参与网络组件的开发及维护工作. 前言 mars 是微信官方使用 C++ 编写的业务性无关.平台性无关的终端基础组件,目前在微信 Android.iOS.Wi…