今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t…

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3…

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we…

总的来说,为四大步: 1.注册Earthdata用户. 注册时需注意的是,最好把所有需打勾的都勾上,在最后[注册]按钮前,弹出[人机验证]才能注册成功.如果注册不成功,除了检查用户名和密码是否符合要求外,换台电脑试试. 2.下载wget(网页抓取工具). 注意在Earthdata的具体数据下载[GHRC_URLs.txt]页面中有[wget]下载的链接,但此页链接应该是提供的LINUX系统下的.如果要下载Windows系统下的,应该点击此页上的[get help],弹出的help页面里面的[wg…

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意…

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co…

SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载. 参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二.SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/d…

正题前的唠叨 本人是才出来工作不久的小白菜一颗,技术很一般,总是会有遇到一些很简单的问题却不知道怎么做,这些问题可能是之前解决过的.发现这个问题,想着提升一下自己的技术水平,将一些学的新的'好'东西记录下来,一是加深印象:二是以后可以作为参考:三是希望博友们可以提出不足和可以优化的地方,一起讨论. 这个是我去一家公司没多久,让我做的小功能,主要是导出excel并在浏览器下载下来. 但是会有不同的细微的需求差别. 第一次发博客,有描述不清楚的地方还请见谅,希望各位多多指点. 进入正题 简单的需求描…

正题前的唠叨 本人是才出来工作不久的小白菜一颗,技术很一般,总是会有遇到一些很简单的问题却不知道怎么做,这些问题可能是之前解决过的.发现这个问题,想着提升一下自己的技术水平,将一些学的新的‘好’东西记录下来,一是加深印象:二是以后可以作为参考:三是希望博友们可以提出不足和可以优化的地方,一起讨论. 本方法是通过ajax直接下载,当然也可以直接button下载,本方法类已经实现导入导出,请执行扩展.谢谢 效果图:点击导出按钮 前端 AJAX //导出ececl function btn_excel…

听说过别人用生信分析"空手套白狼"的故事吧想做吗好想学哦~ 或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧!那么你知道怎么在数据库上找到意向数据,并且成功下载呢?这第一步要难倒一大票人. TCGA,The Cancer Genome Atlas 首先使用谷歌(海外)或必应(境内)搜索TCGA大家都知道,看到以下界面点进去 image.png 点进去后发现一堆官网介绍,简单查看每个小标签后并未找到数据下载的地方.当然啦,作为这么大一个项目,不可能仅用于数据下载,相应的首页应该会大量关于该…