1)简介: DESeq2-package: for differential analysis of count data(对count data 做差异分析) 2)安装 if("DESeq2" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("DESeq2")} suppressMessage…

简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是…

1)airway简介 在该workflow中,所用的数据集来自RNA-seq,气道平滑肌细胞(airway  smooth muscle cells )用氟美松(糖皮质激素,抗炎药)处理.例如,哮喘患者使用糖皮质激素来减少呼吸道炎症,在该实验设计中,4种细胞类型(airway smooth muscle cell lines )用1微米地塞米松处理18个小时.每一个cell lines都有对照与处理组(a treated and an untreated sample).关于实验设计的更多信息可…

一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一.对miRNA进行分析  1.bowtie比对 "bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 /data/pub/shehb/Spinach_genome/spinach_genome_v1.fa "+fq+" -S &quo…

Error in read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : 无法打开链结 此外: Warning messages: : In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : downloaded length != reported length : In unzip…

安装R包("RcppArmadillo")失败,导致依赖该包的DESeq2 无法使用: 首先对gcc,g++升级至4.7, 但依然报错,还是安装不了RcppArmadillo: 报错如下: $ R > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("DESeq2") BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Biocond…

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) if(! require("devtools")) install.packages("devtools") if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2") if(! require(…

个人开发包的目录结构 ├── coverage //istanbul测试覆盖率生成的文件 ├── index.js //入口文件 ├── introduce.md //说明文件 ├── lib │   └── node-cnblogs-spider.js //主要文件 ├── node_modules //第三方包 ├── package.json ├── README.md └── test //单元测试文件 └── node-cnblogs-spider.test.js 开发步骤 注册 np…

Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)(离线) 相关资料: 公司环境:亚马孙aws虚拟机 英文版Windows2012 中文SQL Server2012安装包,需要安装操作系统的中文语言包 XenSource Windows guest agent EC2 ConfigService 参考资料 http://www.cnbeta.com/articles/226755.htmhttps://technet.microsoft.com/zh-cn/library/h…

运维相关:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#iis 先注册一个nuget账号https://www.nuget.org/ 下载并安装一下NuGetPackageExplorer:https://github.com/NuGetPackageExplorer/NuGetPackageExplorer 创建一个包(vs其实也是可以制作的,我这边说最简单的方法) 添加资源包并修改metadata 保存一下 先说第一种上传方法: 自带的上传:…