http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================…

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转载请保留出处! 贴上python代码: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Nov 25 18:20:01 2017 @autho…

利用python实现二分法:我的实现思路如下 1.判断要查找的值是否大于最大值,如果大于则直接返回False 2.判断要查找的值是否小于最小值,如果小于则直接返回False 3.如果要查找的值在最大值和最小值之间,则进入循环 a.首先序列的长度要大于1,然后获取序列中间一个值的大小 b.然后和要查找的值做比较,如果相等,则直接返回True,如果不相等,则判断如果中间的值大于要查找的值,则说明要查找的值在该中间值的左边,如果中间的值小于要查找的值,则说明要查找的值在中间的值的右边 c.最后如果序列…

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0…

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(非循环子图) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 这个算法理解细节理解比较困难,建议看孙啸的生物信息学相关章节. 2. 算法要求所有序列覆盖整个目标DNA,并保证相邻片段有足够的覆盖连接(引自孙啸 生物信息学). 3. 最后推导出符合条件的序列构成的有向图没有回路,并有哈密顿路径. 4. 利用拓扑排序,得到顶点的有序排列. 5. 组装. 贴上Python代码,发现问题我会及时更正. 转载请保留出处! 简单DNA序列组装(非循环子图) # -*-…

生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现. 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm. DNA序列局部比对 转载请保留出处! import numpy as np import pandas as pd sequence1 = 'TGTTACGG' sequence2 = 'GGTTGACTA' s1 = '' s2 = ''…

一.NumPy 是什么 NumPy 是 Python 科学计算的基础包,它专为进行严格的数字处理而产生.在之前的随笔里已有更加详细的介绍,这里不再赘述. 利用 Python 进行数据分析(一)简单介绍 二.ndarray 是什么 ndarray 是一个多维的数组对象,具有矢量算术运算能力和复杂的广播能力,并具有执行速度快和节省空间的特点. ndarray 的一个特点是同构:即其中所有元素的类型必须相同. 三.ndarray 的创建 array() 函数 最简单的方法, 使用 NumPy 提供的…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

大意: 一个DNA序列是环状的,这意味着有N个碱基的序列有N种表示方法(假设无重复).而这N个序列有一种最小的表示,这个最小表示的意思是这个序列的字典序最小(字典序的意思是在字典中的大小 比如ABC<ACB,B<BCD,EF<G) 方法:在一个序列中从任意两个位置开始,产生的序列的大小是可以比较的.然后利用这种比较方法找出最小值 #include <iostream> using namespace std; #define MAX 105 int lessthan(char…

一 Python的概述以及游戏的内容 Python是一种功能强大且易于使用的编程语言,更接近人类语言,以至于人们都说它是“以思考的速度编程”:Python具备现代编程语言所应具备的一切功能:Python是面向对象 编程的语言,可以跟其他语言结合使用:Python在绝大多数操作系统上都可以运行,且是免费开源的.因为上述原因,Python变得十分流行以及成功. 本游戏属于猜字游戏,计算机从一组单词中随机挑一个出来,然后对其进行乱序(也就是让单词的字母随机排列).玩家要猜出原始单词才算赢.由此可以大致…