Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi…

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质发挥功能.DNA就像一张绝密的密码图,不能随意被移动,只能被锁在细胞核里.要想知道这些密码,只能像复印一样,将密码图复印到mRNA上,由它们把这些密码带到细胞质中进一步加工成蛋白质,让蛋白质发挥生物学功能.由于这些蛋白质是由mRNA所编码的,因此我们称这些mRNA为编码RNA:相反,那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA. 长期以来,非编码RNA以及被认为是基因组上的Junk或"暗物质",然而,随着2001年人类基因组测序的完成…

常规转录组测序     样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA 样品需求量(单次): 植物和真菌样品:≥20 μg: 人.大鼠.小鼠样品:≥5 μg: 其他类型动物:≥10 μg: 原核生物样品:≥5μg. 样品浓度: 植物和真菌样品:≥250 ng/μL: 人.大鼠.小鼠样品:≥65 ng/μL: 其它类型动物样品:≥150 ng/μL: 原核生物样品:≥65 ng/μL. 样品纯度: 真核:OD260/280 =1.8-2.2:OD260/230 ≥2.0: 动物样品:RIN…

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组…

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.…

单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了. 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断. velocyto velocyto-notebooks RNA velocity of single cells 首先需要了解一些基本概念: RNA velocity:the time derivative of the gene expression state—can be dire…

RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为了研究如此多样的转录本,研究人员开发了许多技术,其中RNA测序(RNA-seq)是最全面也最有效的. 许多人相信,未来基因组数据将会对患者的治疗产生重要的影响.不过也有不少专家质疑基因组分析的准确性和可靠性.为此,美国FDA牵头了RNA测序质量控制(SEQC)项目,评估了多个试验室RNA-seq数据…

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而…