shannon菌群多样性指数 H=-∑(Pi)(㏑Pi) Pi=样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi=ni/N: 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大.如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大:如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1): simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率:越均匀,值…

Qiime安装 参考资料:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html Qiime script官方说明http://qiime.org/scripts/index.html 一般ITS数据简要分析过程 reference下载:https://github.com/downloads/qiime/its-reference-otus/its_12_11_otus.tar.gz 其中97_* 和99_*分别是相似度97和99的refere…

箱线图 箱形图(Box-plot)又称为盒须图.盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图.因形状如箱子而得名.在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体范围 第二种情况,最大或最小值超过1.5倍箱体范围,外位延长线外,即异常值(outliers)   Alpha多样性 知识背景:Alpha多样性计算方法  常见的丰度估计方法有Shannon, Chao1和Observed OTU和PD whole tree等.我…

一.序言   陆陆续续的如果累计起来,我估计至少有二十来位左右的朋友加我QQ,向我咨询有关抠图方面的算法,可惜的是,我对这方面之前一直是没有研究过的.除了利用和Photoshop中的魔棒一样的技术或者Photoshop中的选区菜单中的色彩范围类似的算法(这两个我有何PS至少90%一致的代码)是实现简单的抠图外,现在一些state of art 方面的算法我都不了解.因此,也浪费了不少的将知识转换为资产的机会.年30那天,偶然的一个机会,有位朋友推荐我看了一篇关于抠图的文章,并有配套的实现代码,于…

Deadline:2016-11-24 22:00pm Alpha冲刺,很多同学经历了"Learning by doing"的学一门新的编程语言.学Git.学做一个完整的项目.但是,各组对于软件工程的"Learning by doing"的意涵了解的还不深刻,遇到的问题也不少.停一停,开个总结会,来次事后诸葛亮,为了下一步走的更好.请各小组在Deadline之前,以小组为单位发布一篇针对问题的总结.总结的提纲内容,请参照邹欣老师的博客: 项目管理之事后诸葛亮会议:…

Alpha阶段的验收已经完成,8个小组都展现了他们经过连夜奋战后的成果.相比过往几届,这是第一次8个小组全部顺利演示操作完成,没有个别小组因为任务未完成而延宕演示的情况发生.Alpha演示,各组都实现了基础功能的正常运行,考虑的一些异常细节还比较完善,有的组的UI还比较专业.看的让人心旷神怡.历经一个阶段的冲刺,我有一些感言和建议: 1.合理安排时间:现状是8个组都不同程度的加班.熬夜,甚至通宵了,宿舍活动室的灯火不熄.很多组提交的作业是今天凌晨2点多,不少同学在那个时刻发布了说说.朋友圈.在Q…

Deadline:2016-11-19    8:00am 本次团队作业将持续三周时间,完成项目Alpha版本,在2016.11.19 的实践课上进行演示操作. 阅读或再次阅读<构建之法>,为项目冲刺的安排和问题提供助力. 1.在为期三周的时间内,安排冲刺十天.每天举行站立式会议,讨论项目每个成员的昨天进展.存在问题.今天安排. 要求:团队在冲刺的十天内,每天发布一篇随笔,共十篇:提供当天站立式会议照片一张,发布项目燃尽图:描述项目进展.问题困难.心得体会. 2.阅读学习<构建之法>…

1.本次作业成绩统计结果: 本次Alpha阶段团队作业公布如下: 表格说明: PE:贡献百分比 YS:演示评分(满分15分) BK:博客评分(满分15分) SH:事后诸葛亮环节(满分5分) P:个人分数 个人分数=0.7*团队分数+0.3*贡献比*团队分数*团队人数 学号 组别 PE YS BK SH P 031402606 606notconnected 16.00 13.50 14.00 4.00 31.122 031402631 18.00 13.50 14.00 4.00 32.256…

Ubuntu 16.04 安装 Kodi v17 “Krypton” Alpha 2:sudo add-apt-repository ppa:team-xbmc/xbmc-nightlysudo apt-get updatesudo apt-get install kodi 安装插件编码sudo apt-get install kodi-audioencoder-* kodi-pvr-* 移除 Kodi v17sudo apt-get remove kodi* 本文永久更新地址:http://w…

昨天上课的时候,我们学习了项目总结这一部分的内容,并根据老师提供的项目Postmortem模板对我们的项目进行了总结. 项目Postmortem模板主要分为设想和目标.计划.资源.变更管理.设计和实现.测试和发布六个方面.根据这个模板,我们对我们的项目进行了总结,会议的主要流程分为三个方面:第一,按照模板提供的六个方面探讨我们的项目的改进之处:第二,探讨团队项目合作在前两个阶段存在的问题:第三,若是能够重新来过,我们应该如何改进或者如何避免这些问题. 首先,设想与目标方面,我们的项目是一个竞赛的…