Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)…

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb…

CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |…

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================…

DNA Alignment time limit per test 2 seconds memory limit per test 256 megabytes input standard input output standard output Vasya became interested in bioinformatics. He's going to write an article about similar cyclic DNA sequences, so he invented a…

Welcome to Apache POI Tutorial. Sometimes we need to read data from Microsoft Excel Files or we need to generate reports in Excel format, mostly for Business or Finance purposes. Java doesn't provide built-in support for working with excel files, so…

题目链接:C. DNA Alignment 题目大意就不写了,因为叙述会比较麻烦..还是直接看英文题面吧. 题目分析 经过观察与思考,可以发现,构造的串 T 的每一个字符都与给定串 S 的每一个字符匹配了 L 次,那么 令 S 中 A,C,G,T 的数量分别为 A1, B1, C1, D1, T 中 A,C,G,T 的数量分别为 A2, B2, C2, D2. p(S, T) = L * (A1A2 + B1B2 + C1C2 + D1D2) 也就是说,T中的一个字符A,可以对p(S, T)产生…

With the rise of mobile development and JavaScript frameworks, using a RESTful API is the best option to build a single interface between your data and your client. Laravel is a PHP framework developed with PHP developer productivity in mind. Written…

Tutorial on GoogleNet based image classification  2018-06-26 15:50:29 本文旨在通过案例来学习 GoogleNet 及其 Inception 结构的定义.针对这种复杂模型的保存以及读取. 1. GoogleNet 的结构: class Inception(nn.Module): def __init__(self, in_planes, kernel_1_x, kernel_3_in, kernel_3_x, kernel_5_…

位点特异性重组 和 DNA转座 视频 https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 很多重要DNA重排是由两类重要遗传重组造成的 保守位点特异性重组CSSR 两端特定序列之间 需要重组酶 形成联会复合体 转座重组 transpositional recombination 不一定特定 一.保守性位点特异性重组 1.CSSR的三种类…

When using Tasker, sometimes we want to do some automation on screen e.g. screen or button taps. At present, there are some ways can reach it.  1."Input" action We can use actions in "Input" category(especially "Dpad" action…

本文介绍多层感知机算法,特别是详细解读其代码实现,基于python theano,代码来自:Multilayer Perceptron,如果你想详细了解多层感知机算法,可以参考:UFLDL教程,或者参考本文第一部分的算法简介. 经详细注释的代码:放在我的github地址上,可下载. 一.多层感知机(MLP)原理简介 多层感知机(MLP,Multilayer Perceptron)也叫人工神经网络(ANN,Artificial Neural Network),除了输入输出层,它中间可以有多个隐层,…

polya题目:uva 11077 Find the Permutationsuva 10294 Arif in DhakaLA 3641 Leonardo's Notebookuva 11077 Find the PermutationsHOJ 2084 The Colored CubesHOJ 2647 Megaminx POJ 1286 Necklace of BeadsPOJ 2409 Let it BeadTOJ 2795 The Queen's New NecklacesHDU 18…

转载自:http://www.cnblogs.com/fortran/articles/1996927.html boundaryFoam Steady-state solver for 1D turbulent flow,typically to generate boundary layer conditions at an inlet, for use in a simulation Example Problems: boundaryLaunderSharma model which h…

DNA对比 脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子.它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP.dGMP.dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成.这4种核苷酸可以分别记为:A.G.C.T. DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA- 的串来表示.DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性. 为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差): 1. 漏掉某个脱氧核苷酸.例如把 AG…

前言 Hangfire是一个开源且商业免费使用的工具函数库.可以让你非常容易地在ASP.NET应用(也可以不在ASP.NET应用)中执行多种类型的后台任务,而无需自行定制开发和管理基于Windows Service后台任务执行器.且任务信息可以被持久保存.内置提供集成化的控制台. 原文 Hangfire目前资料不多,官方文档提供两个教程 Sending Mail in Background with ASP.NET MVC 和 Highlighter Tutorial,根据第二个教程山寨了一把,…

参考链接: http://www.cnblogs.com/hankers/archive/2012/08/03/2622231.html http://blog.csdn.net/raalghul/article/details/51767941 首先来说说burnside引理是什么. 一天你正在刷题,看到一道关于染色的问题,你认为是一个傻逼题,然后认真一看题目上面写着旋转.翻转后相同的计算一次......你立刻就傻眼了. 接下来是科普时间. 首先我们考虑什么东西叫置换,例如(1,2,3,4,5…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

官方教程在这里 : Here 写在前面的废话:)) 以前学习新东西,第一想到的是找本入门教程,按照书上做一遍.现在看了各种网上的入门教程后,我觉得还是看官方Tutorial靠谱.书的弊端一说一大推 本文不是对Tutorial的翻译,只是写下一些想法: 我是为了开发自己的网站而学习的django的(www.liuruiqi.me),Digital Ocean默认使用postgresql数据库,所以首先安装: sudo apt-get install postgresql sudo apt-get…

来源:Kerson Huang, Lectures on Statistical Physics and Protein Folding, pp 24-25 把双链DNA解开就像拉拉链.设DNA有\(N\)个链环(link),每个链环有两种状态:闭合着或打开着,后一种状态比前一种状态的能量高\(\Delta\).打开的链环连续地排在一起,闭合的链环连续地排在一起,如下图所示.由于热涨落,链环会自发闭合或打开.问:打开的链环平均有多少? DNA的拉链模型 DNA的可能状态用打开的链环数目标记,\(…

题目链接 题意: 给n串有疾病的DNA序列,现有一串DNA序列,问最少修改几个DNA,能使新的DNA序列不含有疾病的DNA序列. 思路: 构建AC自动机,设定end结点,dp[i][j]表示长度i的前缀串走到自动机的j点最少需要修改几个DNA.状态转移方程.那么只要转移到下一个的DNA不是end结点就能转移,如果下一个DNA不和原序列不一样就+1. #include <bits/stdc++.h> const int N = 50 + 5; const int M = 1000 + 5; co…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

关于Thrift文档化的确是做的不好.摸索了很久才终于把跨linux与windows跨C++与python语言的配置成功完成.以下是步骤: 1)                 Linux下环境配置 l  完成thrift所依赖的其他软件包的安装:Boost.libtool.libevent.bison.flex 解压boost_1_55_0,进入boost_1_55_0目录下 chmod 777 bootstrap.sh chmod 777 ./tools/build/v2/engine/bu…

转自:http://endlesscount.blog.163.com/blog/static/82119787201221324524202/ Polya定理 首先记Sn为有前n个正整数组成的集合,G为Sn的置换群,C为Sn的着色集.那么我们等于是要求C中有多少种着色方案是不等价的.定义两种着色等价的概念:如果对于在C中的两种着色c1.c2,存在置换f使得f*c1=c2,那么c1和c2就是等价的.要想求不等价着色的个数,我们要先证明一个定理,即:         Burnside定理:设G(c…

用户指导 Hive 指导 Hive指导 概念 Hive是什么 Hive不是什么 获得和开始 数据单元 类型系统 内置操作符和方法 语言性能 用法和例子(在<下>里面) 概念 Hive是什么? Hive是一个以Apache Hadoop为基础的数据仓储基础设施.Hadoop为数据的存储和运行在商业机器上提供了可扩展和高容错的性能. Hive的设计目标是使得数据汇总更加简单和针对大容量数据的查询和分析.它提供SWL来使得用户可以更简单地查询.汇总和数据分析.同时,Hive的SQL为用户提供了多种地…

f you are not familiar with MySQL stored procedures or want to review it as a refresher, you can follow the MySQL stored procedures tutorial. We will create two stored procedures for the demonstration in this tutorial. The first stored procedure gets…

=================================版权声明================================= 版权声明:原创文章 谢绝转载  啥说的,鄙视那些无视版权随意抓取博文的爬虫小网站,祝你们早升极乐. 请通过右侧公告中的“联系邮箱(wlsandwho@foxmail.com)”联系我 勿用于学术性引用. 勿用于商业出版.商业印刷.商业引用以及其他商业用途. 本文不定期修正完善. 本文链接:http://www.cnblogs.com/wlsandwho/p…

Necklace of Beads Time Limit:1000MS     Memory Limit:32768KB     64bit IO Format:%I64d & %I64u Submit Status Practice HDU 1817 Description Beads of red, blue or green colors are connected together into a circular necklace of n beads ( n < 40 ). If…

Lars Vogel, (c) 2012, 2016 vogella GmbHVersion 1.4,06.10.2016 Table of Contents 1. Introduction to FreeMarker 2. Installation of FreeMarker 3. Eclipse Integration 4. Basic example 5. Useful FTL tricks 5.1. Reuse common template fragments 5.2. Variabl…