因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s…

单片机程序如果有IAP功能的话,就会生成两个hex文件,一个是Boot,一个是App,如果给让生产烧录两个文件,就会降低生产效率,所以在烧录前最好将两个文件合并成一个文件,烧录一次即可,合并方法如下: 1.创建一个新的文本文档: 2.在文档中输入以下内容: copy /b .\Boot\Exe\Boot.hex+.\App\Exe\App.hex 123.hex ps:.\Boot\Exe\Boot.hex为第一个文件的存放目录,.\App\Exe\App.hex是第二个文件的存放目录 123.…

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed…

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

利用SecureCRT上传.下载文件(使用sz与rz命令),超实用! 文章来源:http://blog.csdn.net/dongqinliuzi/article/details/39623169 借助securtCRT,使用Linux命令sz可以很方便的将服务器上的文件下载到本地,使用rz命令则是把本地文件上传到服务器. 其中,对于sz和rz的理解与记忆我用了如下的方法(很多时候容易搞混): sz中的s意为send(发送),告诉客户端,我(服务器)要发送文件 send to cilent,就等…

利用caffe生成 lmdb 格式的文件,并对网络进行FineTuning 数据的组织格式为: 首先,所需要的脚本指令路径为: /home/wangxiao/Downloads/caffe-master/examples/imagenet/ 其中,生成lmdb的文件为: create_imagenet.sh 接下来的主要任务就是修改自己的data的存放路径了. #!/usr/bin/env sh # Create the imagenet lmdb inputs # N.B. set the p…

sftp是Secure File Transfer Protocol的缩写,安全文件传送协议.可以为传输文件提供一种安全的加密方法.sftp 与 ftp 有着几乎一样的语法和功能.SFTP 为 SSH的一部分,是一种传输档案至 Blogger 伺服器的安全方式.其实在SSH软件包中,已经包含了一个叫作SFTP(Secure File Transfer Protocol)的安全文件传输子系统,SFTP本身没有单独的守护进程,它必须使用sshd守护进程(端口号默认是22)来完成相应的连接操作,所以从…

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP…

1.架构 C/S架构(鼻祖) C:client  客户端 S:server  服务器 早期使用的一种架构,目前的各种app使用的就是这种架构,它的表现形式就是拥有专门的app. B/S架构(隶属于C/S架构) B: brows  浏览器 S: server  服务器 优点: 统一了应用的接口(入口).(是一个未来发展趋势) 在C/S架构上衍生出来的架构,目前使用浏览器访问类似某宝之类的网站就是使用的这种架构,他的表现形式就是不需要专门的app,在浏览器中输入对应的域名,就可以完成各种需求.它是将…

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成…