下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传. 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA archive format ("vdb") contains an md5 checksum as well as a few other consistency checks (I think). T…

SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载. 参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二.SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/d…

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t…

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3…

本文接着上一篇文章二.Socket之UDP异步传输文件,在上一篇文章的基础上实现多文件的传输和文件传输完成后进行完整性校验. 要实现多文件的传输,必须要对文(2)中发送文件的数据格式进行改进,必须加入每个发送数据属于哪个文件的标识,这样在文件接收的时候我们才能正确的处理这些数据.在具体的实现中,我是用文件的MD5值作为不同文件的数据标识的,这样当我们收到数据时,先根据MD5值判断数据属于哪一个文件,然后进行相应的处理. 要实现多文件的传输,在文件发送类(UdpSendFile)和文件接收类(Ud…

查看本地文件的 MD5 命令:md5sum FileName查看home目录下所有文件的 MD5 码:cd ~find /home -type f -print0 | xargs -0 md5sum | sort >md5.txt查看当前目录下所有文件的 MD5 码:find ./ -type f -print0 | xargs -0 md5sum | sort >md5.txt 通过上述方法对 home 文件夹里数据生成一份 md5 校验文件这个 md5 文件就这可作为这个 home 文件夹…

一.TCP协议 粘包现象 和解决方案 黏包现象让我们基于tcp先制作一个远程执行命令的程序(命令ls -l ; lllllll ; pwd)执行远程命令的模块 需要用到模块subprocess subprocess通过子进程来执行外部指令,并通过input/output/error管道,获取子进程的执行的返回信息. import subprocess sub_obj = subprocess.Popen( 'ls', #系统指令 shell=True, #固定 stdout=subprocess…

soket_server import socket,os,hashlib server = socket.socket() server.bind(('0.0.0.0',9999)) server.listen() while True: conn,addr = server.accept() print("new conn:",addr) while True: print("server on....") data = conn.recv(1024) if n…

在Java中,java.security.MessageDigest (rt.jar中)已经定义了 MD5 的计算,所以我们只需要简单地调用即可得到 MD5 的128 位整数.然后将此 128 位计 16 个字节转换成 16 进制表示即可. 下面是一个可生成字符串或文件MD5校验码的例子,测试过,可当做工具类直接使用,其中最主要的是getMD5String(String s)和getFileMD5String(File file)两个方法,分别用于生成字符串的md5校验值和生成文件的md5校验值…

本站提供md5校验工具下载.Hash(md5校验工具)是一款小巧好用的哈希计算器,Hash支持文件拖放,速度很快,可以计算文件的MD5.SHA1.CRC32 的值.在论坛上.软件发布时经常用Hash md5校验工具,是为了保证文件的正确性,防止一些人盗用程序,加些木马或者篡改版权,设计的一套验证系统.每个文件都可以用Hash验证程序算出一个固定的MD5码来. Hash md5是一款小巧好用的哈希计算器,也是一款md5校验工具.支持文件拖放,速度很快,可以计算文件的 MD5.SHA1.CRC32…