Systematic LncRNA Classification From: http://www.arraystar.com/Services/Services_main.asp?ID=307 Analyzing the genomic context of LncRNAs can help predict their functional role. According to the relationship between LncRNAs and their associated prot…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组…

见文章:Benchmark of lncRNA Quantification for RNA-Seq of Cancer Samples Overall, 10-16% of lncRNAs can be detected in the samples, with antisense and lincRNAs the two most abundant categories. lncRNA的两大类要知道. lncRNA的表达特点要知道,组织特异性.低表达性. 其实,如果没做链特异性的RNA-se…

注:这些工具的应用都是受限的,有些本来就是只能用于预测动物,在使用之前务必用ground truth数据来测试一些.我想预测某一个植物的转录本,所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下.(测试的结果还是比较惊人的) CPC (熟悉的名字,原来是北京大学的高歌.魏丽萍开发的) 搜文章时才发现2017年已经出了CPC2了 CPC可在线使用a Support Vector Machine-based classifier, named Coding Potential Calculator (CP…

简介:长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能, 这些机制包括基因印记.染色质重塑.细胞周期调控.剪接调控.mRNA降解和翻译调控等.lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控. 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA[1].研究表明, lncRNA在剂量补偿效应(Dosage compensation effect).表观遗传调控.细胞周期调控和细…

.caret,.dropup>.btn>.caret{border-top-color:#000!important}.label{border:1px solid #000}.table{border-collapse:collapse!important}.table td,.table th{background-color:#fff!important}.table-bordered td,.table-bordered th{border:1px solid #ddd!importa…

最近需要自己收集数据库里的核酸序列,于是直接面对一些神文 http://www.360doc.com/content/17/0120/08/30227855_623625901.shtml http://www.360doc.com/content/16/0807/09/19913717_581531630.shtml http://www.360doc.com/content/17/1113/04/49584305_703463159.shtml 不过感觉lncRNA序列的收集还是ID的格式问…

生物信息学 GU也可以配对,即“wobble” pairing GU. Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基.没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结,游离的leading edge与hairpin相结合.大部分软件不考虑此结构. 表示RNA5种结构: 如果有假结,则环形图会有交叉: 颜色代表稳定性: 但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升.所以采用150bp以内的序列预测比较准确. 常用方法: 1.共变化(进化)方法,基于相似性比对. 2.单序列预…

生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则,研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面,其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法,方方面面是指lncRNA的位置特征. Background:根据中心法则,发现DNA与RNA与protein之间的关系,此时认为找到的RNA全部用于编码protein,但是实验结果中:非编码RNA含量高,而coding区只占很少的一部分.研究非编码RNA,发现noncoding与protein expression有关,所以总思路变成了研究n…

巨噬细胞 (macrophage, Mϕ) 是先天免疫系统中重要的免疫细胞,也是血液.淋巴和所有哺乳动物组织类型中最常见的吞噬细胞,具有极强的功能多样性.其中,肿瘤微环境组织中存在的巨噬细胞也被称作肿瘤相关巨噬细胞 (tumor-associated macrophages, TAMs).一般来说,在不同生理病理因素刺激下,巨噬细胞可分化成两种极化状态,即经典活化的M1型和替代活化的M2型.其中,M1型参与促炎反应,同时也发挥抗肿瘤活性,而M2型则参与抗炎反应,并能通过肿瘤免疫抑制等作用促进肿瘤…

http://bioinformatics.mdanderson.org/main/Main_Page http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html…

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R…

关于数据挖掘发表文章,我们知道很多人是看不上.瞧不起.嗤之以鼻的.大抵是因为这些人平时只发 CNS 主刊,所以才认为通过数据挖掘这种用「别人的数据」或者叫「干实验」来发文章是“「垃圾」,没有什么价值. 真的是这样吗?今天我们要介绍的就是一篇做数据挖掘的 Cancer Cell 杂志的文章(IF: 27.4),大家来看看文章怎么样. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cance…

转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中…

最出名,http://www.cbioportal.org/ 特色:最基本的简单分析基因突变.共表达/共突变的基因,下载数据也可以,最常看的应该还是oncoPrint那个. 详细用法:TCGA数据库的数据怎么查? 最方便,Ge-mini 特色:手机app,可随时查看,主要关注基因表达量的变化 详细用法:装这个app,妈妈再不骂我捧着手机不干正事了 最细致,http://ualcan.path.uab.edu/index.html 特色:1. 对肿瘤样本做了很细很专业的分组subgroup,生存分…

STRING database的挖掘 这个数据库绝对是做实验人的宝藏,里面包含了各种蛋白互作关系,不用做实验就有一大堆证据. IPA了解一下,收费的高端分析软件,大部分就是整合的这个数据库,很多大佬喜欢用IPA来找明星基因,再来讲故事,实例请看之前解读的CSC paper. 首先了解一下STRING里面有哪些文件可以下载: https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=yMNmD7s36wS8 选你的物种,减少文件大小,常用的就是互作数据: 一般…

mRNA文库构建 Posted: 三月 27, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments RNA-seq测序方法 在测mRNA过程中,首先要去除rRNA.以人为例,在抽提的总RNA中,95%的RNA是rRNA,2%的RNA是mRNA,剩下的则是lncRNA.microRNA.siRNA等. rRNA整个人类当中是非常保守的,在各个组织器官中也是非常稳定的,因此这些测序结果对我们的研究是没有用处的.mRNA则是RNA中比较重要的部分. Il…

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据. 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心.打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 (外显子和目标区域测序) RNA-seq测序 - 基因表达 (smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切) 甲基化测序 ChIP-seq和ATAC-seq 蛋白组 - 所有蛋白的变化 代谢组 - 植物…

[转载]如何通过RNA-Seq了解转录本的结构 已有 1942 次阅读 2014-12-26 15:22 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:RNA-Seq,转录组测序,转录本结构| RNA-seq, 转录组测序, 转录本结构 |文章来源:转载 测序转录组的方法可不止一种.一些研究人员的目标是计数转录本,评估表达水平,则测序可代替DNA芯片.而另一些研究人员感兴趣的是转录本的结构.大家都知道,真核生物的基因常常经过选择性剪接.是否包含特定的外显子,这有着深远的生物学影响. 前一个…

circRNA 最初研究的很少,只有很小一部分基因有检测到circRNA, 当时都认为是剪切错误形成的,对于其功能也没人去研究:学者对人类的成纤维细胞进行转录组测序,构建去核糖体文库, 同时采用了RNase酶消化线性RNA 和 不消化线性RNA的两种文库,同时检测circRNA , 最终检测到了25000 多种circRNA ,这些circRNA 来源于exon 区, 叫做 ecircRNA, 保守估计,有14%的基因都产生了circRNA. 利用同样的方法,在小鼠睾丸组织中,鉴定到了69种和人…

TCGA的关键数字:图片来源<细胞> 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划于2006年联合启动,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量.全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱.这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,同时研究者也将它们与临床和影像数据相关联,展…

对自己的定位要明确,不要定义为码农,我是computational biologist. 入了这一行就不要三心二意,这基本注定你未来10年都在干这个,就算要转行也要先把这个做好.其实大多数人最喜欢的肯定是心理学.哲学.脑科学.人工智能,其他的真的没什么意思,虽然有时候觉得未来挺没劲的,老是做这些,但是稍微比较一下,computational biologist还是挺有意思的. 抵抗诱惑,科研是真的枯燥,大部分人是完全无法忍受这份无聊.孤独和压力的,还好现在是论文和基金导向的,大部分人才有目标,如…

这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 2017 Molecular Cell - Single-Cell Alternative Splicing Analysis with Expedition Reveals Splicing Dyn…

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne…

hg19有哪些染色体? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来.比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组. gene_type有哪些? cat gencode.v27.annotation…

参考: 诱导性多能干细胞 Induced pluripotent stem cell Induced Pluripotent Stem Cells: Problems and Advantages when Applying them in Regenerative Medicine Induced pluripotency: history, mechanisms, and applications Targeting RNA foci in iPSC-derived motor neuron…

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte…

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

qRT-PCR是指先由RNA进行反转录生成cDNA,然后以cDNA为模板进行检测,检测的是该cDNA的含量,而cDNA由特定的RNA逆转录而来,所以间接地检测了RNA的含量. 基因表达: 转录:DNA到RNA 翻译:RNA到氨基酸.蛋白 一般认为RNA, mRNA的量和最后的蛋白量一致「不考虑转录后调控」: 当然目前绝大数研究基因表达的都是qPCR和WB一起来. 基因表达水平一定意义上就是转录水平,转录出来的RNA经反转录成cDNA,荧光定量PCR时经多次复制扩增,使得其含量到达一定值, 所以复…