单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA…

单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用.其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况.但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性.近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

RNA测序研究现状与发展 1 2,584 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 通常来说,某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的,只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异,才使这些细胞有所区别.诸如“为什么肿瘤细胞与正常细胞会不一样?”这样的重要问题都可以通过对这些不同细胞里的RNA进行研究来解决,比如转录组学(transcriptome)研究就是一个很好的方法,而这就需要用到RNA测序技术.本期的<自然 方法>(Nature Methods)杂志…

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1…

Web API入门指南有些朋友回复问了些安全方面的问题,安全方面可以写的东西实在太多了,这里尽量围绕着Web API的安全性来展开,介绍一些安全的基本概念,常见安全隐患.相关的防御技巧以及Web API提供的安全机制. 目录 Web API 安全概览 安全隐患 1. 注入(Injection) 2. 无效认证和Session管理方式(Broken Authentication and Session Management) 3. 跨站脚本(Cross-Site Scripting (XSS))…

经过前一段时间的翻译和编辑,我们陆续发出12篇ASP.NET MVC 5的入门文章.其中大部分翻译自ASP.NET MVC 5 官方教程,由于本系列文章言简意赅,篇幅适中,从一个web网站示例开始讲解,全文最终完成了一个管理影片的小系统,非常适合新手入门ASP.NET MVC 5 (新增.删除.查询.更新) ,并由此开始开发工作. 现将12篇文章汇总如下: 1. ASP.NET MVC 5 - 开始MVC 5之旅 2. ASP.NET MVC 5 - 控制器 3. ASP.NET MVC 5 -…

我们在前一篇文章微软新神器-Power BI,一个简单易用,还用得起的BI产品中,我们初步介绍了Power BI的基本知识.由于Power BI是去年开始微软新发布的一个产品,虽然已经可以企业级应用,但还在不断更新中,功能也在不断加强中,目前世面上的电子书和教程也几乎没有,所以本博客将持续提供相关咨询,以及原始整理的官方文档资料,以及会不断翻译以及制作中文版的学习资料,个人也在摸索之中,有不足,还请大家指正. 本文原文地址:一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(1)Power BI…

我们在文章: 一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(1)Power BI初步介绍中,我们介绍了官方入门文档的第一章.今天继续给大家介绍官方文档中,如何获取数据源的相关内容.虽然是英文,但又图像,还比较容易理解. 由于Power BI是去年开始微软新发布的一个产品,虽然已经可以企业级应用,但还在不断更新中,功能也在不断加强中,目前世面上的电子书和教程也几乎没有,所以本博客将持续提供相关咨询,以及原始整理的官方文档资料,以及会不断翻译以及制作中文版的学习资料,个人也在摸索之中,有不足,…

我们前2篇文章:一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(1)Power BI初步介绍 和一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(2)获取源数据 中,我们介绍了官方入门文档与获取数据等基本知识.今天继续给大家介绍官方文档中,最核定的一个步骤,建模,不管是在Power BI还是在Tableau中,建模都是一个必不可少的步骤,包括传统的Power Privot中,也需要建模这个过程.建模的过程是一个不断演变和需要不断总结经验的过程,和我们传统的关系类型数据库设计有一些类似. 本…

在前面的系列文章中,我们介绍了官方有关获取数据,以及建模的原始文档和基本介绍.今天继续给大家介绍官方文档中,有关可视化的内容.实际上获获取数据和建模更注重业务关系的处理,而可视化则关注对数据的解读.这是我的理解,因为可视化的手段非常丰富,在面对大量的数据和模型,如何从中提取重要的关系,发现重要的数据趋势,并来指导生产和业务开展,这个才是体现数据价值的地方.可视化虽然很简单,但过程非常体现你对业务的理解和发现问题的思路,并不是一个拖动图表的过程.这一块内容非常多,以后有机会再根据实际案例来一步步掌…

我们几篇系列文章中,我们介绍了官方入门文档与获取数据等基本知识.今天继续给大家另外一个重点,探索数据奥秘.有了数据源,有了模型,下一步就是如何解析数据了.解析数据的过程需要很多综合技能,不仅仅是需要掌握Power BI的功能要点,熟练的利用一些新功能来提高效率,同时还需要合理的利用仪表盘,以及合理的调整对象,同时作为一个完整的应用,必须掌握数据刷新和同步的技巧,避免做重复工作. 本文原文地址:一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(5)探索数据奥秘 Power BI系列文章地址:微软…

今天介绍了官方入门文档中有关PowerBI和Excel的知识.前几篇入门文档有点仓促,加上最近时间的研究,会有更多技巧性和入门型的文章或者视频发布,最后2篇入门文档将更加详细一点,因为部分文章进行简单的翻译. 本文原文地址:一起学微软Power BI系列-官方文档-入门指南(6)Power BI与Excel Power BI系列文章地址:微软Power BI技术文章与资源目录 1.系列文章说明 一起学微软Power BI系列 文章将分为 官方文档,文档翻译,中文入门教程,中文视频教程和案例等内容…

接触Power BI的时间也只有几个月,虽然花的时间不多,但通过各种渠道了解收集,谈不上精通,但对一些重要概念和细节还是有所了解.在整理官方文档的过程中,也熟悉和了解了很多概念.所以从前到后把微软官方的入门稳定粗略的介绍了一下.本篇文章也是这个小系列的终结篇.我将所有的章节整理为了一个完整的PDF文档分享给大家.其实了解之后发现文档还是有些简单的,过程其实没介绍到.因为微软也提供了支持文档,但限于篇幅太大,我就不打算按照原文一个个复制给大家了.入门文档是让大家有个粗略的了解.技术文档就是细节了,…

ReactJS入门指南 本文旨在介绍ReactJS的基本知识,并一步步详细介绍React的基本概念和使用方法等,以及相应的Demo.本文在很大程度上参考了React官方文档和官方指南.如果你英语还不错,大可直接去官网查看对应的英文文档和指南,写的非常不错:但如果你的英语跟我一样蹩脚或者不喜欢直接读文档,那么希望这篇文章能够给你带来帮助.如果你用React很久了,恰好你也看到这篇文章,欢迎指正错误!如果你不乐意看一大片文字,想直接看程序,那么直接戳这里! 1.React是什么? React是由工作…

Webpack 入门指南 - 1.安装 Webpack 入门指南 - 2.模块 这一次,我们使用 Webpack 来打包 Angular 2 的应用. 与官方的 Hello, Angular 2 项目相比,我们不使用 System.js,而是使用 TypeScript 直接编译,然后使用 Webpack 打包生成代码. 1. 下载 Angular 2 以及依赖包 修改我们的 package.json 文件,添加 Angular 2 涉及的包,和 Angular 2 所依赖的包,以后,我们可以慢慢…

这一次我们谈谈模块问题. 通常我们希望这个项目可以分为多个独立的模块,比如,上一次提高的 hello 函数,如果我们定义为一个模块,其它模块引用之后,直接调用就好了.在前端怎么使用模块呢?这可说来话长了. 如果我们把 hello 函数定义在文件 hello.js 中,内容如下: function hello(){ alert("Hello, Webpack!"); } 然后把主入口函数 index.js 的内容写成下面的内容,你应该会得到一个错误信息. require("./…

Microsoft Orleans 在.net用简单方法构建高并发.分布式的大型应用程序框架. 原文:http://dotnet.github.io/orleans/ 在线文档:http://dotnet.github.io/orleans/What's-new-in-Orleans 源码地址:https://github.com/dotnet/orleans 简介:Orleans 框架可以构建大规模.高并发.分布式应用程序,而不需要学习专业分布式以及并发知识框架.它是由微软研究和设计应用于云计…

Vue 入门指南 章节导航 英文:http://vuejs.org/guide/index.html 介绍 vue.js 是用来构建web应用接口的一个库 技术上,Vue.js 重点集中在MVVM模式的ViewModel层,它连接视图和数据绑定模型通过两种方式.实际的DOM操作和输出格式被抽象的方式到指令(Directives)和过滤器(Filters) 在哲学领域内,尽量让MVVM数据绑定API尽可能简单.模块化和可组合性也是重要的设计考虑.vue不是一个全面的框架,它被设计成简单的和灵活的.…

猫都能学会的Unity3D Shader入门指南(二) 关于本系列 这是Unity3D Shader入门指南系列的第二篇,本系列面向的对象是新接触Shader开发的Unity3D使用者,因为我本身自己也是Shader初学者,因此可能会存在错误或者疏漏,如果您在Shader开发上有所心得,很欢迎并恳请您指出文中纰漏,我会尽快改正.在之前的开篇中介绍了一些Shader的基本知识,包括ShaderLab的基本结构和语法,以及简单逐句地讲解了一个基本的shader.在具有这些基础知识后,阅读简单的sha…

AngularJS使用新的attributes扩展了HTML AngularJS对单页面应用的支持非常好(SPAs) AngularJS非常容易学习 现在就开始学习AngularJS吧! 关于本指南 本指南旨在帮助你尽可能快速而有效地学习AngularJS.通过该指南你会学习到AngularJS的一些基本特性,例如指令.表达式.过滤器.模块和控制器等.以及其它所有你需要知道的有关AngularJS的东西,如事件.DOM节点.表单.用户输入.数据验证.Http对象等. AngularJS快速入门指…

关于本系列 这是Unity3D Shader入门指南系列的第二篇,本系列面向的对象是新接触Shader开发的Unity3D使用者,因为我本身自己也是Shader初学者,因此可能会存在错误或者疏漏,如果您在Shader开发上有所心得,很欢迎并恳请您指出文中纰漏,我会尽快改正.在之前的开篇中介绍了一些Shader的基本知识,包括ShaderLab的基本结构和语法,以及简单逐句地讲解了一个基本的shader.在具有这些基础知识后,阅读简单的shader应该不会有太大问题,在继续教程之前简单阅读一下Un…

HTML5 Plus应用概述 HTML5 Plus移动App,简称5+App,是一种基于HTML.JS.CSS编写的运行于手机端的App,这种App可以通过扩展的JS API任意调用手机的原生能力,实现与原生App同样强大的功能和性能. HTML5 Plus规范 通过HTML5开发移动App时,会发现HTML5很多能力不具备.为弥补HTML5能力的不足,在W3C中国的指导下成立了www.html5plus.org组织,推出HTML5+规范.HTML5+规范是一个开放规范,允许三方浏览器厂商或其他…

web前端基础知识及快速入门指南 做前端开发有几个月了,虽然说是几个月,但是中间断断续续的上课.考试以及其它杂七杂八的事情,到现在居然一直感觉自己虽然很多前端的知识很眼熟,却也感觉自己貌似也知识在门口徘徊.不过还好,相比之前一直苦逼不知道如何下手,没人指点的时候,好多了.现在相对来说,知道怎么走了.现在总结一下前端的基础知识,顺便推荐几本书.因为每个知识点都可以拉开架势写几本书都不一定写的全,所以我就不去详细展开了,就大概讲一下前端的一点概念,顺便介绍下前端的基础知识等.如果能给你带来点知识涵养…

原地址:http://www.xuanyusong.com/archives/3075 李剑英的CSLight入门指南文档撰写者:GraphicQQ: 1065147807 一． CSLIGHT 作者简介 CSLight的作者是李剑英,一个有着美丽心灵的游戏圈程序员,群中人称李总,他的技术群是:[低端编程高端研究–223823428]. 二． CSLIGHT 为何而生 CSLight 最初出现的目的是为了解决Unity3D在IOS平台上的代码热更新的问题. 因为IOS平台上的代码热更新问题无法通…

安全检测的工具站点:https://www.owasp.org/index.php/Category:Vulnerability_Scanning_Tools Web API入门指南有些朋友回复问了些安全方面的问题,安全方面可以写的东西实在太多了,这里尽量围绕着Web API的安全性来展开,介绍一些安全的基本概念,常见安全隐患.相关的防御技巧以及Web API提供的安全机制. 目录 Web API 安全概览 安全隐患 1. 注入(Injection) 2. 无效认证和Session管理方式(Br…

以下所列出的链接均为在线文档,有志于信息安全的爱好者可由此作为入门指南. 背景知识 常规知识 Sun认证-Solaris 9&10安全管理员学习指南 PicoCTF资料 应用软件安全 OWASP安全编码规范 漏洞挖掘 Windows ISV软件安全防御 移动安全 OWASP十大移动手机安全风险 网络安全 常规网络攻击类型 逆向工程 华盛顿大学:硬件/软件接口 伦敦大学:恶意软件和地下产业——一个巴掌拍不响 Web安全 OWASP十大Web应用安全风险 在线课程 多学科课程 ISIS实验室黑客之夜…

Asp.Net MVC4.0 官方教程 入门指南之四--添加一个模型 在这一节中,你将添加用于管理数据库中电影的类.这些类是ASP.NET MVC应用程序的模型部分. 你将使用.NET Framework框架下的实体框架(Entity Framework)数据访问技术,与模型类协同工作.实体框架(常简称为EF)支持一种称之为编码先行(Code First)的开发模式.编码先行使你通过编写简单的类(简称为POCO类,全称为"plain-old CLR objects."),来创建模型对象…

iOS React-Native入门指南之HelloWorld React-native 作为facebook开源项目,最近是火的一塌糊涂,它采用node.js能够写ios和android的native界面代码,简直是太酷了.支持动态更新,而且appstore 提交不会拒绝. 学习新的技术都是从HelloWorld开始的,我们先搞个HelloWorld看看React-native. 一,环境配置(1)需要一台Mac(OSX),这个是前提,建议还是入手一本啦.(2)在Mac上安装Xcode,建议X…