BWA/BWT 比对软件

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名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项比对精确性估计插入大小分布内存需求速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要 b w a i n d e x r e f . f ab w a m e m r e f . f a r e a d s . f q > a l n - s e . s a mb w a m e m r e…

GATK--使用转载

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录一.准备工作二.流程概览三.流程首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/…

3D-DNA 挂载染色体

3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平.其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介将Hi-C数据比对到draft.genome.fa.(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,得到染色体水平的组装结果(3D-DNA分析) Juicebox 进行人工纠错所需软件及安…

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am…

bwa index|amb|ann|bwt|pac|sa

-.gapcloser.fa | > t1.fa bwa index -a bwtsw -p t1 t1.fa >t1.bwa_index.log >& #$ ll #total 292K #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.amb #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.ann #-rw-r--r-- XXX 98K Jul : t1.bwt #-rw-r--r-- XXX 99K Jul : t1.fa #-rw-r--r-- XXX 25K Jul…

【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

NGS中的一些软件功能介绍

1.bowtie 短序列比对工具,blast也是短序列比对工具,速度快,结果易理解. 输入可以是fastq或者fasta文件. 生成比对结果文件sam格式的吧. 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件,包含三种算法: BWA-backtrack:适合比对长度不超过100bp的序列: BWA-SW:合于长度为70-1M bp的序列: BWA-MEM:合于长度为70-1M bp的序列,高质量的测序数据,其比…