闲言碎语不讲,直接进入正题.Python在科学计算的应用越来越丰度,而hdf(5)数据的应用也非常广泛.python提供了h5py包供开发者处理数据(http://www.h5py.org/).在windows下配置h5py,可以通过安装Anaconda以及pythonxy来做相对方便,现在主要说在linux下该环境的配置. (1)使用: sudo apt-get install python-pip安装pip工具,然后使用pip install numpy和pip install numpy安…

1 安装h5py sudo apt-get install libhdf5-dev sudo pip install h5py 假设你已经安装好python和numpy模块 2 读取mat文件数据 import numpy as np import h5py f = h5py.File('data.mat') data = f['cell_name'][:] cell_name是元胞数组的名称,假如有多级元胞目录,可以指定任意的元胞数组进行读取,比如 data = f['cell_name/..…

1.关于安装: 如果你使用的是Anaconda的话,安装命令如下: conda install h5py 如果没有,安装命令如下: pip install h5py 2.核心概念 读取HDF5文件,假如现有一个HDF5文件test.hdf5 >>> import h5py >>> f = h5py.File("test.hdf5", "r") 第一行导入h5py模块,第二行读取文件为File object.对File object…

h5文件格式,HDF 的版本 5(HDF 版本 5不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容)．HDF是什么呢?就是Hierarchical Data Format,可以存储不同类型的图像和数码数据的文件格式,并且可以在不同类型的机器上传输,同时还有统一处理这种文件格式的函数库.大多数普通计算机都支持这种文件格式.美国国家高级计算应用中心(National Center for Supercomputing Application,NCSA)为了满足各种领域研究需求而研制的一种能高效存储和分发科学数…

h5py是Python语言用来操作HDF5的模块.下面的文章主要介绍h5py的快速入门指南,翻译自h5py的官方文档:http://docs.h5py.org/en/latest/quick.html .该翻译仅为个人学习h5py为目的,如有翻译不当之处,请速联系笔者或提供正确的翻译,非常感谢! 安装 使用Anaconda或者Miniconda: conda install h5py 用Enthought Canopy,可以使用GUI安装包安装或用 enpkg h5py 安装.用pip或setu…

HDF(Hierarchical Data Format)指一种为存储和处理大容量科学数据设计的文件格式及相应库文件.HDF 最早由美国国家超级计算应用中心 NCSA 开发,目前在非盈利组织 HDF 小组维护下继续发展.当前流行的版本是 HDF5.HDF5 拥有一系列的优异特性,使其特别适合进行大量科学数据的存储和操作,如它支持非常多的数据类型,灵活,通用,跨平台,可扩展,高效的 I/O 性能,支持几乎无限量(高达 EB)的单文件存储等. HDF5文件层次化的存储两类对象: dataset:数据…

H5py官网教程完全有问题,这个大家都这么说,但是貌似问题出现在Numpy上,由于numpy的版本过高! 这里是官网的教程:http://docs.h5py.org/en/latest/build.html#install 问题提示:Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating.... 网上的解决思路:http://www.cnblogs.com/Ponys/p/3671458.html…

一.上代码 import os import h5py svhnPath = 'D:\\Project\\AIProject\\SVHNClassifier\\data' def loadSvhn(path, subdir): print('process folder : %s' % subdir) filenames = [] dir = os.path.join(svhnPath, subdir) for filename in os.listdir(dir): filenameParts…

一篇很短的小短文,主要推荐下做科学计算是大量数据的储存问题 最近在做一个CNN的项目,文件夹里有20w张图片要读入并保存到一个data文件(不然每次都读20w文件太麻烦). 折腾了一个下午,发现了一个极好用的包 h5py:将数据储存在hdf5文件中. 这东西有多好用呢? 速度,内存占用,压缩程度都比cPickle+gzip来的优秀. 相比之下上面两个变逗比了…… 我把所有图片都放在一个ndarray并保存为一个文件: 8190张图片的.mat 16GB, 81900图片的.pkl.gz……根本就…

sudo pip install cython sudo apt-get install libhdf5-dev sudo pip install h5py test: python import h5py 如果出现“Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated...”错误,则是numpy版本问题,重新安装numpy的1.13.3这个版本.问题解决.…