生命组学 蛋白质之间的互作可以有以下应用: Eg:改变蛋白质基因,从而组改变结构,削弱蛋白质之间的相互作用. Eg:数据模拟出蛋白质的靶点,即结合腔,将此数据存入结合化合物的dataset,用于制药 结构预测: 通用方法:首先将得到序列采用Fasta(全局序列比对)&blast(局部序列比对)在PDB中(此数据库中有实验数据和计算预测得到的数据)找模板modeling.找模板的方法可以基于sequence similarity.可以基于structure相似性,因为存在氨基酸序列不同但是最终组成…
igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytoscape http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml…
Problem The 20 commonly occurring amino acids are abbreviated by using 20 letters from the English alphabet (all letters except for B, J, O, U, X, and Z). Protein strings are constructed from these 20 symbols. Henceforth, the term genetic string will…
该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Growth Genetics Consortium(网址:http://egg-consortium.org/) » 30 studies (European ancestry) N=75,891 » 6 studies (Non-European ancestry), N=10,104 UK Bio…
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES…
做生物信息,遗传发育,分析数据的时候总是要narrow down分析范围,高通量数据尤其是基因表达,在庞大的confounder面前,缩小分析范围是必须的,否则你会一直在混沌中游荡. 看一篇文章:2018 - Identification of genes associated with Hirschsprung disease, based on whole-genome sequence analysis, and potential effects on enteric nervous s…
Generating Topology and Coordinates Files Using xLeap (AmberTools V1.5) Parameter and example files: leaprc.zinc znb.lib hin.lib hydroxide.lib frcmod.zinc original_zinc.pdb revised_zinc.pdb Download and copy the parameter files to respective director…
I-TASSER是一款用于预测蛋白质结构和功能的工具,网站链接:https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 具体描述如下: I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement) is a hierarchical approach to protein structure and function prediction. It first identifies structural templates…
Middlebury数据集 http://vision.middlebury.edu/stereo/data/ KITTI数据集简介与使用 https://blog.csdn.net/solomon1558/article/details/70173223 http://www.dataguru.cn/article-12197-1.html 摘要: 一路走来,Matterport见证了3D数据集在深度学习多领域的巨大力量.我们在这个领域研究了很久,希望将一部分数据分享给研究者使用.令人兴奋的是…
参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…
20180710完成这份工作.简单,但是完成了还是很开心.在我尝试如何使用pickle保存数据后,尝试保存PDB文件中“HEADER”中的信息.文件均保存于实验室服务器(97.73.198.168)/home/RaidDisk/BiodataTest/zyh_pdb_test/tests路径下.本文将记录流程并分享统计结果. 先插入一段代码看看 from PDBParseBase import PDBParserBase import os import json import datetime…
Accepted Papers     Title Primary Subject Area ID 3D computer vision 93 UPnP: An optimal O(n) solution to the absolute pose problem with universal applicability 128 Video Registration to SfM Models 168 Image-based 4-d Modeling Using 3-d Change Detect…
快速搭建brat 通过docker: docker run --name=brat -d -p 38080:80 -e BRAT_USERNAME=brat -e BRAT_PASSWORD=brat -e BRAT_EMAIL=brat@example.com cassj/brat 启动会拉取镜像,耐心等待,然后打开IP:38080,使用brat,brat登录 braf 的四类配置文件 the configuration of an annotation project is controll…
题目链接 Some scientists are working on protein recombination, and during their research, they have found a remarkable fact: there are 4 proteins in the protein ring that mutate after every second according to a fixed pattern. For simplicity, proteins ar…
introduction: 1.Olfactory receptors (ORs)很重要 2.已知的ORs的分子结构,但仍存在没清楚的地方: Though the relationship between odors and ORs is not clear, it has been hypothesized that a combinatorial coding scheme might allow a  single OR to identify multiple odors and als…
distmat 可用于计算遗传距离,得到距离矩阵 1 在线运算 可通过在线进行遗传距离的计算,网址:http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/distmat 输入的文件为比对文件,可以在上述网站看示例即可. 选择模型后,进行运算 而后得到如下的距离矩阵 可以看到,相同样本间距离为0,数字越大,表示距离越远 2.命令模式 安装 conda install -c bioconda emboss=6.6.0 还是以上述的示例文件为例,进行运行 distma…
原文地址:http://www.tomcatexpert.com/blog/2012/12/05/use-spring-insight-developer-analyze-code-install-it-tomcat-and-extend-it-plugins People are still discovering the benefits of the free tool from VMware SpringSource, called Spring Insight Developer. T…
最早关注蛋白质互作网络,是在来GDMC第一年的时候,中间停了半年看互作-各种算法,网络分析停滞不前,没想到搞到最后,还是和网络碰到了一起,我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object,包括人.用PPI来做证据,当然要选择证据性最强的网站,先列表如下:1. DIP (database of interacting proteins)    http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击   Search by:[protein] [sequenc…
STRING database的挖掘 这个数据库绝对是做实验人的宝藏,里面包含了各种蛋白互作关系,不用做实验就有一大堆证据. IPA了解一下,收费的高端分析软件,大部分就是整合的这个数据库,很多大佬喜欢用IPA来找明星基因,再来讲故事,实例请看之前解读的CSC paper. 首先了解一下STRING里面有哪些文件可以下载: https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=yMNmD7s36wS8 选你的物种,减少文件大小,常用的就是互作数据: 一般…
Composer and: 创建自定义类库时,按命名空间把文件夹结构组织好 composer.json>autoload>classmap>psr-4 composer dump-autoload ServiceProvider: 顾名思义,服务提供器,laravel框架里的每个模块都作为一个服务形式存在,目录位于vendor/laravel/framework/src/Illuminate/ 基本上每一个目录都有一个XXXServiceProvider.php,框架运行时根据app/c…
主要是基于达索软件Composer Player.的基础上做些二次开发. public class ComposerToolBarSetting { public bool AntiAliasingOnIdle { get; set; }//抗锯齿化 public bool AssySelectionMode { get; set; }//使能选择装配树 public bool AssySelectionModeViewportIndicator { get; set; }//装配树选择模式 p…
composer概述 一开始,最吸引我的当属 Composer 了,因为之前从没用过 Composer . Composer 是PHP中用来管理依赖关系的工具,你只需在自己的项目中声明所依赖的外部工具库,Composer就会帮你安装这些依赖的库文件.运行 Composer 需要 PHP 5.3.2+ 以上版本. 使用composer 第一步,声明依赖关系.比方说,你正在创建的一个项目需要一个库来做日志记录.你决定使用 monolog.为了将它添加到你的项目中,你所需要做的就是创建一个 compo…
出现这样的问题是,镜像使用的是http,而原地址是需要https,所以配置下关掉https就好了. 我们来个全局设置的方法: composer config -g secure-http false 再次运行效果果然不错 就可以了.…
转自:http://shashanzhao.com/archives/837.html 1.Perforce 首先需要为perforce设置系统环境变量,以便perforce命令行可以正常使用. 环境变量名 值 P4CLIENT 填写你的workspace的名字,例:code_myname P4PORT 填写perforce服务器地址和端口号,例:172.23.3.3:1666 P4USER 填写你的用户名,例:myname P4DIFF(可选) 填写比较工具的路径,例: d:\Programs…
Figure above: Critchley H D, Harrison N A. Visceral influences on brain and behavior[J]. Neuron, 2013, 77(4): 624-638. Figure 3. Diagram Illustrating Central Afferent and Efferent Neural Pathways of Interaction Mediating the Central Control of Autono…
原创文章,转载请注明出处. 工欲善其事,必先利其器.Source Insight绝对是阅读C和C++代码的利器,另外,Source Insight的体量很小,安装便捷,显示直观,比vim+cscope或ctags的组合要强不少.本文介绍Source Insight 3.5在ubuntu15.10下的安装过程. 首先,在ubuntu中安装wine.可以利用ubuntu软件中心安装,非常简单.安装后wine会在用户主目录下生成一个.wine隐含文件夹,其中包含一个虚拟的windows文件系统,如下所…
  Composer可以理解成一个依赖管理工具 它能解决以下问题 a) 你有一个项目依赖于若干个库. b) 其中一些库依赖于其他库. c) 你声明你所依赖的东西. d) Composer 会找出哪个版本的包需要安装,并安装它们(将它们下载到你的项目中) 声明依赖关系 比方说, 你正在创建一个项目, 你需要一个库来做日志记录. 你决定使用 monolog. 为了将它添加到你的项目中,你所需要做的就是创建一个 composer.json 文件,其中描述了项目的依赖关系. { "require&quo…
composer 是PHP框架的包安装工具,类似于bower ,npm.bundler. 是命令行工具,没有图形界面. 系统要求 运行 Composer 需要 PHP + 以上版本.一些敏感的 PHP 设置和编译标志也是必须的,但对于任何不兼容项安装程序都会抛出警告. 我们将从包的来源直接安装,而不是简单的下载 zip 文件,你需要 git . svn 或者 hg ,这取决于你载入的包所使用的版本管理系统. Composer 是多平台的,我们努力使它在 Windows . Linux 以及 OS…
composer 报错: - Your requirements could not be resolved to an installable set of packages xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-> no matching package found. xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-> no matching package found. Potential causes: - A typo in the package name - The pac…
使用composer 更新项目比如: composer create-project topthink/think wwwroot dev-master --prefer-dist提示openssl异常信息解决办法:禁用提示 composer config -g -- disable-tls true 建立composer配置 composer config secure-http false   composer config -g secure-http false  …