5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因 鉴定功能性基因的流程是:1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域:2.在这段序列中选择一条短序列,寻找满足两个条件的基因(条件一:因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因,所以它必须有可读框:条件二:因为功能性基因是保守的,所以它必须是种间同源的.):3.使用zoo blot(动物基因组印记杂交),将待测序列作为探针,与种属基因组中的生物基因进行杂交,能够互补的探针即作为外显子候选片段.4.对该片段进行测序,确定是否有可读框5.若有可读框,就能…

日前,中国科学院神经科学研究所.中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心.香港科技大学生命科学部和分子神经科学国家重点实验室.中国科技大学自动化研究所在 Cell 上联合发表了一篇概述论文<China Brain Project: Basic Neuroscience, Brain Diseases, and Brain-Inspired Computing>,介绍了「中国脑计划」在基础神经科学.脑疾病和脑启发计算上的研究进展.机器之心对这篇论文进行了完整的编译,读者也可通过以下链接查看原论文.…

生命组学 研究old gene 和 young gene CAI选择信号:CGmutation信号 Neutrality plot:CG3与GC1.GC2的关系:平:mutation:正相关:selection signal Ks Ka Ka/ Ks代表选择压力,Core gene Ka/ Ks比较小,即纯化选择(负选择). =============== 热力学第二定律 利用二进制表示密码表,core gene的随机性更强(热二就是能量越强熵越大) ============ Gene gain…

paper:cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) - genome上的eQTL位点及其对特定组织的特定基因表达的影响,同时包含了不同eQTL之间的LD关系.这个整合多个疾病的数据.正如其名,该数据包含了genotype.…

观察单词表可以发现: 对于长度为3的单词,前两个字母相同的单词不超过7个 对于长度为4的单词,前两个字母相同的单词不超过35个 于是首先$O(26*26*nm)$预处理出 s1[x][i][j]表示(i,j)右上角里面字母x的出现次数 s2[x][y][i][j]表示(i,j)右上角里面单词xy的出现次数 枚举一个点,计算长度为1的单词的出现次数 枚举两个点,计算长度为2,3,4的单词的出现次数 总时间复杂度为$O(kn^2m^2)$,k不超过43 #include<cstdio> #incl…

题意:链接 方法:乱搞 解析: 出这道题的人存心报复社会. 首先这个单词表-先上网上找这个单词表- 反正总共2265个单词.然后就考虑怎么做即可了. 刚開始我没看表,找不到怎么做,最快的方法我也仅仅是想到了类n^6的做法. 然后我就卡关辣,这关怎么过! 神犇的方法是:观察表.发现规律: 发现表中的单词最长就是4个字母. 所以我们能够考虑求1,2,3,4长度的单词数. 1的话能够直接记录,扫的时候顺带加上即可. 然后神犇说了一句话: 表中长度为4的单词前两个字母同样的单词个数不超过35个. 长度为…

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

推荐关注微信公众号:AIPuFuBio,和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com. [Circular RNA的产生机制] Circular RNA,缩写为circRNA,中文名为环状RNA,属于非编码RNA,是近年的一个重要研究热点. CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生,明显不同于线性RNA(linear RNA)经典的5′–3′的模式.因此,circRNA不含有线性RNA的经典结构,如5′端加帽,3′端有poly A尾巴等…

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia   SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想…

tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装: tophat-fusion 是集成在tophat软件中的,具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法: 对于tophat-fusion 而言,要求固定的目录结构,比如我在result 文件夹下进行tophat-fusion的分析 那么我需要在该目录下准备几个文件: 1)物种对应的re…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

发表时间:(2019年4月) IF:3.950 单位:韦恩州立大学化学系 物种:小鼠心肌细胞 技术:谷胱甘肽修饰蛋白组学 一. 概述: 本研究采用化学选择性蛋白组学方法,鉴定出过氧化物诱导HL-1小鼠心肌细胞后的含有半胱氨酸特异位点谷胱甘肽修饰多肽1763个,经过生信分析发现125个与心肌疾病相关的谷胱甘肽修饰蛋白,这些被修饰蛋白包括肌节结构和收缩蛋白.分子伴侣.信号及调节蛋白.并进一步通过对修饰位点的结构分析,预测蛋白质谷胱甘肽修饰对功能的作用.本研究建立了一个选择性直接鉴定谷胱甘肽修饰蛋白质…

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注,俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”.关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可:miRNA的另一研究方向为功能机制研究,此时必须有miRNA靶基因的参与,可是如何确…

文献名:Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay(利用多重邻位延伸分析技术进行宫颈癌血浆蛋白候选生物标记物的鉴定研究) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019.04.01 IF:5.232 单位: 1.      乌普萨拉大学 2.      乌普萨…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics.上的一篇关于富马酸二甲酯在脑细胞蛋白质中新作用靶点的鉴定及功能性验证的文章,题目是Identification of Novel Protein Targets of Dimethyl Fumarate Modification in Neurons and Astrocytes Reveals Actions Independent of Nrf2 Stabilization,通讯作者是南卡罗来纳大学的N…

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一…

生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因组,在个体角度两个人之间基因组差异不到1%,主要是SNP,所以CRISPR/Cas9也由细菌得来),所以转而收集同一细菌物种中所有菌株中所有基因的并集. 微生物基因组可塑性是细菌基因突变的基础,可以是环境改变使得基因的得到和丢失,由于寄居在宿主上导致基因丢失,细菌与另外生物的互作导致基因组中基因的增多.最终…

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

期刊:Clinical and Translational Medicine 发表时间:2021年7月19日 影响因子:11.492 角膜炎是一种眼科常见疾病,也是我国主要致盲眼病之一,其特征是炎性细胞的浸润和角膜结构的破坏.目前,角膜炎的临床治疗多使用抗炎药物或免疫抑制剂,但这些药物的选择有限,且可能会产生白内障.青光眼和角膜愈合延迟等较严重的副作用.因此寻找有效而安全的角膜炎新型治疗手段显得尤为重要.NLRP3炎症小体是一类监测细胞内稳态的大分子聚合物,可感知多种病原体源性.环境和内源性应激…

os.walk()返回三个参数:os.walk(dirpath,dirnames,filenames) for dirpath,dirnames,filenames in os.walk(): 返回dirnames,filenames的类型为列表list[] 返回的dirpath为filenames的上级路径,如果要获得全路径和文件名,以便open的话,可以用在for filename in filenames的循环下用os.path.join(dirpath,filename)进行拼接…

/* 依旧考虑新增 2^20 个点. i 只需要向 i 去掉某一位的 1 的点连边. 这样一来图的边数就被压缩到了 20 · 2^20 + 2n + m,然后 BFS 求出 1 到每个点的最短路即可. 时间复杂度 O(20 · 2^20 + n + m) */ #include<cstdio> ,M=; int n,m,i,x,y,cnt,g0[N],g1[N],v[M],nxt[M],ed,h,t,q[N],d[N]; void add(int*g,int x,int y){v[++ed]=…

[BZOJ1688][Usaco2005 Open]Disease Manangement 疾病管理 Description Alas! A set of D (1 <= D <= 15) diseases (numbered 1..D) is running through the farm. Farmer John would like to milk as many of his N (1 <= N <= 1,000) cows as possible. If the mil…

zookeeper的默认配置文件为zookeeper/conf/zoo_sample.cfg,需要将其修改为zoo.cfg.其中各配置项的含义,解释如下: tickTime:CS通信心跳时间 Zookeeper 服务器之间或客户端与服务器之间维持心跳的时间间隔,也就是每个 tickTime 时间就会发送一个心跳.tickTime以毫秒为单位. tickTime=2000 initLimit:LF初始通信时限 集群中的follower服务器(F)与leader服务器(L)之间初始连接时能容忍的最多…

转自:http://www.asimovinstitute.org/neural-network-zoo/ THE NEURAL NETWORK ZOO POSTED ON SEPTEMBER 14, 2016 BY FJODOR VAN VEEN   With new neural network architectures popping up every now and then, it's hard to keep track of them all. Knowing all the a…

One of the key ways Google achievesgood results with fewer testers than many companies is that we rarely attemptto ship a large set of features at once. In fact, the exact opposite is oftenthe goal: build the core of a product and release it the mome…

Description One of the more popular activities in San Antonio is to enjoy margaritas in the park along the river know as the River Walk. Margaritas may be purchased at many establishments along the River Walk from fancy hotels to Joe’s Taco and Marga…

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

os.walk() 方法用于通过在目录树种游走输出在目录中的文件名,向上或者向下. walk()方法语法格式如下: os.walk(top[, topdown=True[, onerror=None[, followlinks=False]]]) top -- 根目录下的每一个文件夹(包含它自己), 产生3-元组 (dirpath, dirnames, filenames)[文件夹路径, 文件夹名字, 文件名]. topdown --可选,为True或者没有指定, 一个目录的的3-元组将比它的任…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…