R包对植物进行GO，KEGG注释

1.安装,加载所用到到R包用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包…

R 包

[下面列出每个步骤最有用的一些R包] .数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据: feather:一种快速,轻量级的文件格式:在R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据 haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网…

极简 R 包建立方法--转载

https://cosx.org/2013/11/building-r-packages-easily/ 最近想试一下捣腾一个 R 包出来,故参考了一些教程.现在看到的最好的就是谢益辉大大之前写过的开发 R 程序包之忍者篇,以及 Hadley 大神(ggplot2 devtools 等一系列包的作者)的教程.但是前者有一些过时,后者是全英文的,所以我这里记录一下比较简单的过程,给读者们一个参考思路.如果你有一些 R 程序,想塞到去一个自创的 R 包中,那么这篇文章就可能是你想要的.为了方便说明…

R语言无网络安装R包，彻底解决依赖问题！

R version: 3.5.3, 3.6.3 更新日期: 2020-9-10 大家测试后多提建议哈, 有问题我会持续更新的在工作中,我们使用的服务器通常是不能联外网的,这在安装R包的时候产生了巨大的不便.网上有很多帖子使用tools::package_dependencies这个工具下载依赖,但是这个工具是有坑的,相信尝试过的同学依然会发现有些依赖包在下载时被漏掉了,查了很多帖子,这个问题一直没有很好的解决. 今天,我就来解决这个问题,一来,方便自己,二来,服务他人. 我们就用R自己来解决自…

标准化R包开发流程

3个武器: devtools:各种开发小工具的合集,让开发变得简单,非常实用 roxygens:通过注释的方式,生成文档,远离LaTex的烦恼 testthat:单元测试,让R包稳定.健壮.减少升级的痛苦 5个步骤 1.编写功能代码 2.调试程序 3.单元测试 4.撰写文档 5.程序打包 sudo apt-get install libssl-dev…

R包MetaboAnalystR安装指南（Linux环境非root）

前言这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta…

R包开发过程记录

目的走一遍R包开发过程,并发布到Github上使用. 步骤 1. 创建R包框架 Rsutdio --> File--> New Project--> New Directory --> R Package 创建完成后,在R包文件夹下有如下文件(夹): man: 存放*.Rd文件 R: 存放R脚本 DESCRIPTION: R包描述信息 NAMESPACE: 命令空间 rmytools.Rproj: R工程文件 2. 自定义R包上面是Rstudio为开发者创建的一个框架,接下来是…

普通用户安装 R 包

转自 http://bnuzhutao.cn/archives/901 一般 R 语言的书籍上,介绍安装 R 包的方法都是这样的: install.packages("packagename"); 一般而言这不会成功,因为它默认会安装到系统目录下面,而普通用户在这个目录里并没有写入的权限. 因此,需要在 install.packages 这个函数里面指定安装的路径,例如想安装到 /home/myname/R 这个目录,就这么写: install.packages("packa…

R包介绍

R语言的使用,很大程度上是借助各种各样的R包的辅助,从某种程度上讲,R包就是针对于R的插件,不同的插件满足不同的需求,截至2013年3月6日,CRAN已经收录了各类包4338个. 一. R语言包的安装 1.通过选择菜单: 程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定. 2.使用命令 install.packages("package_name","dir") package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写. dir:包…

R(三): R包原理及安装

包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用.越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装.包的生命周期一般会经历 source.bundled.binary.installed和in-memory五个阶段.参考资料 (http://r-…

高质量、处于持续更新的R包

本文在Creative Commons许可证下发布自由软件的问题是开发人员没有稳定的资金来源支持,可能更新上做不到持续.经过考证和圈内朋友的帮助,现在把R包中高质量.持续更新的跟大数据事业相关的R包罗列如下:…

如何将R包安装到自定义路径

参考设置环境变量R_LIBS将R包安装到自定义路径实际上是可以解决问题的, #环境变量完成以后,启动(重启)R,运行 .libPaths() 加载R包时,发现路径仍然未变成自定义的. 那么参考 quantreg软件包加载失败.是要改路径么?新手求帮忙开启R的时候用管理者身份打开[鼠标右键RStudio→以管理者身份运行],再运行,就会发现路径自定义成功. .libPaths()…

工业级GBDT算法︱微软开源的LightGBM（R包正在开发....）

看完一篇介绍文章后,第一个直觉就是这算法已经配得上工业级属性.日前看到微软已经公开了这一算法,而且已经发开python版本,本人觉得等hadoop+Spark这些平台配齐之后,就可以大规模宣传啦~如果R包一发我一定要第一时间学习并更新在本帖下~ 哈哈看好它是因为支持分布式.GPU运算,而且占用内存小,这几个特制已经足以让她从学界走到工业界,之前的XGboosting更多的使用场景在学术.竞赛.之前我也有写过,感觉局限挺多: R语言︱XGBoost极端梯度上升以及forecastxgb(预测)+…

安装 R 包报错 clang: error: unsupported option '-fopenmp' 的解决方法

MacOS 上安装 R 包 install.packages("data.table") 后面提示是否安装需要编译的版本: Do you want to install from sources the package which needs compilation?y/n 选择了 y 之后,报错 clang: error: unsupported option '-fopenmp' 网上找到的解决方法是: 安装 clang-omp brew install clang-omp 但是提…

《R语言入门与实践》第二章:R包和帮助文档

这一章讲了两方面的内容,如何使用 R 包和帮助文档. R包下载 R 包命令: install.packages("<nameofpackage>") R 会话中启用 R 包命令: library(<nameofpackage>) 帮助页面求助命令帮助页面 : ?sample帮助页面的帮助页面: ??sample 内容帮助页面的内容包括 Description Usage Argument Details Value See Also:另请参阅 Exa…

R包的小技巧

通常我们都是直接使用library(pkg_name) 的形式加载R包,在同一台机器上面,对于我们而言,这个包所在的路径一定是在.libPaths() 路面的,但是对于其他用户而言,这个路径可能不存在.libPaths() 里面,此时,就无法正确的加载该R包,为了解决这一问题,可以通过添加 lib.loc 参数,指定查找该包的路径. 用法示例: library(gplots, lib.loc="/usr/lib64/R/library/gplots") 通过lib.loc 参数可以解…

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集选自Microsoft www.tz365.Cn 作者:Lee Scott 机器之心编译参与:李亚洲.吴攀.杜夏德要学习怎么使用微软 Azure 机器学习,最重要的是获取样本数据集和进行实验. 在微软,我们有大量的样本数据集可用.这些数据集已经在 Azure Cortana Intelligence Gallery 中的样本模型中得到了应用. 其中一些数据集可以通过 Azure Blob 存储获取,所以…

原创：R包制作--windows

1.下载安装Rtools,添加环境变量: 打开R,分别输入下面指令,看有无包错: system('g++ -v') system('where make') 2.package.skeleton()函数,生成R包中的Description 文件和帮助文件.rd package.skeleton(name=”hello”,code_files=(c("path/f1.r”,"path/f2.r")) 3.按要求填写生成的Description 文件和帮助文件.rd rd文件中的…

如何创建R包并将其发布在 CRAN / GitHub 上--转载

转载--https://www.analyticsvidhya.com/blog/2017/03/create-packages-r-cran-github/ 什么是 R 包?我开始创建 R 包的原因是?创建包的好处和挑战必要条件开始创建你的第一个包发布包向CRAN 做贡献后的体验附加提示Additional resources 1. 什么是 R 包? R 包就是一个可重复使用的 R 函数,附带有关如何使用的标准.简要说明文档.有时,包还附带简单的数据. 直至今日,CRAN 上有 10000多个…

开发自己的R包(转)

R不必说,数据统计分析可视化的必备语言,R包开发的门槛比较低,所以现在随便一篇文章都会发表一个自己的R包,这样有好处(各种需求早有人帮你解决了)也有坏处(R包太多,混乱,新手上手较难).作为生信工程师,日常就是查看别人写的R包,分析数据,然后借鉴.修改,根据自己的需求开发新的R包. 参考: http://blog.fens.me/r-build-package/ R包开发如何系统地学习 R 语言的各种 packages? Developing Packages with RStudio To…

ML: 聚类算法R包-对比

测试验证环境数据: 7w+ 条,数据结构如下图: > head(car.train) DV DC RV RC SOC HV LV HT LT Type TypeName 1 379 85.09 0.00 0.0 62.99 3.99 0.00 12 0 10f689e8-e6cc-47a3-be5a-dbc3833428ef EV200 2 379 85.09 370.89 59.9 63.99 4.01 0.00 12 0 10f689e8-e6cc-47a3-be5a-dbc3833428…

用R包中heatmap画热图

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data…

Ubuntu安装R及R包

安装R $sudo apt-get update $sudo apt-get install r-base $sudo apt-get install r-base-dev 安装一些可能的依赖包 $sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/imagemagick $sudo apt-get update $sudo apt-get install -y libmagick++-dev $sudo apt-get install libcurl4-openssl…