目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda…

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque…

baidu出来的结果多是下面答案:<quote> MySQL中,如何查询两个日期之间的记录,日期所在字段的类型为datetime(0000-00-00 00:00:00) 解决方案: 直接使用><=就可以查询. where createDate<'2003-5-31' and createDate>'2003-2-30'; </quote>其实简单美好的写法可以是这样...WHERE LogTime BETWEEN '2010-08-01' AND '201…

描写叙述:表无主键ID,误插入两遍数据,怎样删除内容同样的记录,而仅仅留下1条. SELECT DISTINCT * INTO #temp FROM grade; DROP TABLE grade; SELECT * INTO grade FROM #temp; DROP TABLE #temp;…

7.1 T1看了半天发现会个暴力FWT,然后突然返发现随便容斥一下就好了 T2猜了个只有13和23的,结果打个表发现伪了,然后标号不只一种连搜索都写错了,也没想过可以轮廓线dp,菜哭了o(╥﹏╥)o T3利用扩展Cayley公式暴推式子,结果因为记错了Cayley公式求的东西成功爆5-- JS队好强啊,也只有pty还能肝一肝前三了 T3没做出来真的是自己学知识不扎实了,T2杨图这种东西我也只是在LIS计数时听过它的大名,但是不会,yfz的论文好仙啊! 7.2 T1点分治套NTT,卡常到怀疑人生.…

delete a from ( select *,ps=row_number()over(PARTITION by cCaption  order by getdate()) from AA_ColumnDic where ckey='r003')a  where a.ps=2…

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 DNA 的碱基序列.利用该技术可在全基因组水平上检测单核苷酸变异 (SNV).插入缺失 (InDel).拷贝数变异 (CNV) 和结构变异 (SV) 等多种全面的突变信息. 研究应用 全基因测序广泛应用于临床医药研究.群体遗传学研究.关联分析.进化分析.变异检测.遗传图谱构建.功能基因挖掘和群体进化…

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science…