核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.…

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而…

The top 100 papers Nature explores the most-cited research of all time. The discovery of high-temperature superconductors, the determination of DNA’s double-helix structure, the first observations that the expansion of the Universe is accelerating —…

处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能,但不是每一种语言都侧重于处理文本.R语言是统计的语言,处理文本不是它的强项,perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍.幸运的是R语言的可扩展能力很强,DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理. nchar 字符的个数 toupper 转换为大写字符 tolower 转换为小写字符 substr 求字符串的字串 grep 基于正则表达式的匹配 sub 基于正则表达式的替换 strsplit 字符串分割 paste 字符向量连接 match…

注:从进入生信领域到现在,已经过去快8年了.生物信息学包含了我最喜欢的三门学科:生物学.计算机科学和数学.但是如果突然问起,什么是生物信息学,我还是无法给出一个让自己满意的答案.于是便有了这篇博客. 起源 据说在1970年,荷兰科学家Paulien Hogeweg和Ben Hesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词,英语中的"bioinformatics" 在1978年首次被使用.这两位科学家当时使用该词来表示: The study of…

Real-time qPCR So Easy? [2016-05-27]       实时荧光定量PCR技术是在定性RCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,于1996年由美国Applied biosystems公司推出.是目前确定样本中DNA(或cDNA)拷贝数最敏感.最准确的方法.实时荧光定量PCR法最大的优点是克服了终点PCR法进入平台期或饱和期后定量的较大误差,实现DNA/RNA的精确定量.该技术具有灵敏度和特异性高.能实现多重反应.自动化程度高.无污染.实时和准确等特点,所以该技术从产生…

#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp…

R语言:文本(字符串)处理与正则表达式 (2014-03-27 16:40:44) 转载▼ 标签: 教育 分类: R 处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能,但不是每一种语言都侧重于处理文本.R语言是统计的语言,处理文本不是它的强项,perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍.幸运的是R语言的可扩展能力很强,DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理. R语言处理文本的能力虽然不强,但适当用用还是可以大幅提高工作效率的,而且有些文本操作还不得不用.高效处理文本少不了正则表达式(r…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler…

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f…