下载GSEA 网址:http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp gsea2-2.2.2.jar c2.cp.kegg.v5.1.symbols.gmt P53.cls P53_hgu95av2.gct HG_U95Av2.chip 运行示例: java -cp gsea2-2.2.2.jar -Xmx1024m xtools.gsea.Gsea -gmx c2.cp.kegg.v5.1.symbols.gmt -res P53_hg…

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结…

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过…

第一次看到LayerMask根本不知道是什么东东,后来问问度娘,看了几篇文章,终于看明白一点点,在网上看到各路大神的解释,终于明白了,LayerMask实际上是一个位码操作,在Unity3d中Layers一共有32层,这个是不能增加或者减少的,中文名字叫层蒙版 LayerMask允许你在检视面板中显示LayerMask弹出菜单,类似与camera.cullingmask.LayerMask可以选择性地过滤物体,例如当投射射线时 摘自官网:Layers are used throughout Un…

Hadoop集群硬件环境 4台机器 ip地址 172.16.1.131 172.16.1.132 172.16.1.133 172.16.1.134 每台内存16G 8核cpu 直接使用报错:…

前言 通过前面的MyBatis部分学习,已经可以使用MyBatis独立构建一个数据库程序,基本的增删查改/关联查询等等都可以实现了.简单的单表操作和关联查询在实际开的业务流程中一定会有,但是可能只会占一部分,很多业务需求往往夹杂着一些需要我们在后台去判断的参数,举个例子,我们基本都上过购物网站,想要查看心仪的商品列表,可以通过商品分类筛选,也可以通过商品价格来筛选,还可以同时根据分类和价格来筛选,这里我们可以简单的理解为通过商品分类和商品价格的筛选分别为select语句中where后面的2个子句…

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组…

转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中…