I.4 Where the rare alleles are found p是基因A的频率,N是个体数目(也就是基因型个数,所以基因个数是2n,所以全部个体的基因A的个数是2np),p方是PAA,np2是:基因型是AA的个体数目,所以所有基因型是AA的个体的基因A的个数是2pn2:得到: 该比值是全部A基因中处于AA纯合基因型中的含量,为p(通常该值极小),处于杂合中为1-p. 所以: 因为基因频率小的基因被称作罕见基因,也就是p很小,就是说该基因在纯合基因型中的概率极小.而常见基因的基因频率大…

弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析. 用到命令:--min-alleles 2 --max-alleles 2 先在linux上下载安装vcftools软件,下载地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html” 具体命令如下 : software/vcftools-vcf…

I.5 Multiple alleles. 由两个等位基因拓展到多个等位基因,可以得到更多种二倍体基因型: 所以单个等位基因的概率(用i代指某个基因,pi*是该基因的频率)是(以计数的方法表示) 所以,减数分裂后的配子概率是pi’,所以得到: 又因为基于哈代公式的情况下: 所以:依据基因型和基因之间的关系(law1可以认为是两个独立事件方式的概率等于两个独立事件分别发生的概率的积) 得到: 又因为配子的基因概率就是下一世代的基因概率(因为random mating is equivalent t…

题目:给定一个数N.去掉末尾的数变成M.如今已知N-M,确定N. 分析:数论.简单题. 设N = 10*a + b { 当中0 ≤ b ≤ 9 }.则M = a: N - M = N - a = 9*a + b,枚举全部的b计算出满足条件的N就可以. 说明:目标500题(⊙_⊙). #include <iostream> #include <cstdlib> #include <cmath> using namespace std; int main() { long…

Problem Figure 2. The probability of each outcome for the sum of the values on two rolled dice (black and white), broken down depending on the number of pips showing on each die. You can verify that 18 of the 36 equally probable possibilities result…

@1: We all know about :wq, but we usually ignore :x. :x和:wq都是保存当前文件并退出. 这两个命令实际上并不完全等价,当文件被修改时两个命令时相同的.但如果未被修改,使用:x不会 更改文件的修改时间,而使用:q会改变文件的修改时间. @2: 当你很快地打字时,很有可能会连续输入同一个单词两次,就像this this.这种错误可能骗过任何一个人 即使是你自己重新阅读一遍也不可避免.幸运的是,有一个简单的正则表达式可以用来预防这个错误. 使用搜…

1. For the Impatient # Download bwakit (or from <http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/> manually) wget -O- http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.15_x64-linux.tar.bz2/download \ | gzip -dc | tar xf - # Genera…

http://www.gene-quantification.de/liquid-biopsy.html Liquid Biopsy -- Definitions Liquid Biopsy -- reliable biomarkers Liquid Biopsy -- the role in cancer diagnostics Liquid Biopsy -- the role of Exosomes Biofluids Guidelines Liquid Biopsy Research P…

引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf) Global minor allele frequency (MAF):  dbSNP is reporting the minor allele frequency for each rs included in  a default global population. Since this is being provided…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…