这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析. This directory contains compressed phastCons scores for multiple alignments of 45 vertebrate genomes to the human genome, plus an alternate set of scores …

有什么特征可以帮助我们来区分导致功能和表型变化的变异和其他变异,然后我们如何综合特征来做出一个预测模型? 表型或功能的改变(phenotypical/functional effect)a,个体表型上的体现(导致疾病的或不导致疾病的)b,演化上的概念(它是不是会影响这个人的适应性,deleterious,还是说它对人的 这个 适应性没有影响,即neutral)c,特征(比如头发,身高)…………一般来说,蛋白序列的改变,它就更有可能结构和功能的改变,就更有可能在细胞水平的改变,可能最终造成人的各个…

chainbin/nnet3-chain-train.cc int main(int argc, char *argv[]) { ... Nnet nnet; ReadKaldiObject(nnet_rxfilename, &nnet); bool ok; { fst::StdVectorFst den_fst; ReadFstKaldi(den_fst_rxfilename, &den_fst);   //NnetChainTrainer读取训练参数opts.分母词图den_fst.神…

02-线性结构1. 一元多项式求导 (25) 设计函数求一元多项式的导数.(注:xn(n为整数)的一阶导数为n*xn-1.) 输入格式:以指数递降方式输入多项式非零项系数和指数(绝对值均为不超过1000的整数).数字间以空格分隔. 输出格式:以与输入相同的格式输出导数多项式非零项的系数和指数.数字间以空格分隔,但结尾不能有多余空格.注意“零多项式”的指数和系数都是0,但是表示为“0 0”. 输入样例: 3 4 -5 2 6 1 -2 0 输出样例: 12 3 -10 1 6 0 最简单的方式是用…

生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物…

微信公众号:生物信息学起步如果觉得对你有帮助,欢迎关注/转发/分享[1] 内容目录 1.目的2.实验数据2.1 候选增强子识别2.2 转基因小鼠分析2.3 注释3.搜索数据库3.1 概括3.2 高级搜索3.3 搜索结果3.4 数据集页面4. Gallery5. 教程6. 试剂和胚胎可用性原文链接 1.目的 该项目的目的是鉴定人和小鼠基因组中的远距离转录增强子,首先通过各种计算和实验分析来完成鉴定推定的增强子元件,然后在转基因小鼠测定中进行测试以验证其体内功能并确定其活性模式. 2.实验数据 2.…

化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-principle ab initio folding| 生命组学 对Protein的分析可以从Sequence到structure到function,最后研究interaction. Structure: 化学键形成骨架,化学元素的选取基于合成蛋白质选择容易获取的元素,氨基酸化学元素的选取决定了其结构,…

### miRNA特点 (1)广泛存在于真核生物中, 是一组不编码蛋白质的短序列RNA,它本身不具有开放阅读框架(ORF),并且由不同于mRNA的独立转录单位表达. (2)通常的长度为20-24 nt,但在3′端可以有1-2 个碱基的长度变化(对miRNA 的具体长度范围尚无统一标准). (3)成熟的miRNA , 5′端有磷酸基团, 3′端为羟基,且具有独特的序列特征.它们可以和上游或下游的序列不完全配对形成茎环结构. (4)miRNA5′端第一个碱基对U有强烈的倾向性,而对G却有抗性,但第2…

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl…

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制…

circRNA 是一类动物体内的内源性的RNA,尽管circRNA的种类丰富,但是其在神经系统中的 功能,并不清楚.科学家通过对人和小鼠的不同脑部组织的RNA 测序,发现了上千种circRNA,经过分析发现,circRNA 在哺乳动物的脑部组织中大量富集,在序列上有一定的保守性,大部分的circRNA 在人和小鼠中同时表达:通过敲低RNA编辑酶ADAR1,发现ADAR1 的表达与circRNA 呈现负相关的关系: 参考资料: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed…

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…

位点特异性重组 和 DNA转座 视频 https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 很多重要DNA重排是由两类重要遗传重组造成的 保守位点特异性重组CSSR 两端特定序列之间 需要重组酶 形成联会复合体 转座重组 transpositional recombination 不一定特定 一.保守性位点特异性重组 1.CSSR的三种类…

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由…

使用默认的设置: $ Gblocks proteins.fasta -t=p 必须是 fasta 文件在前,参数在后.若没有参数,则进入交互式界面. Gblocks cds.fasta −t=c −b1= −b4= −b5=h ################################ ################################ -t= default:p 设置序列的类型,可选的值是 p,d,c 分别代表 protein, DNA, Codons . -b1= % +…

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. miRNA命名 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下…

5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因 鉴定功能性基因的流程是:1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域:2.在这段序列中选择一条短序列,寻找满足两个条件的基因(条件一:因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因,所以它必须有可读框:条件二:因为功能性基因是保守的,所以它必须是种间同源的.):3.使用zoo blot(动物基因组印记杂交),将待测序列作为探针,与种属基因组中的生物基因进行杂交,能够互补的探针即作为外显子候选片段.4.对该片段进行测序,确定是否有可读框5.若有可读框,就能…

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac…

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下,数…

在前面的上.中篇中,我们已经可以看到园子里朋友的点评“后山见! WPF就比winform好! 激情对决”.看到大家热情洋溢的点评,做技术的我也很受感动.老实说,如何在本文收笔--WPF系列文章,我很紧张:我希望大家阅读完本系列文章后:各取所取.尽兴而归. 坦白的说,葡萄城作为一家专注.NET技术的公司(仅海外分公司之一的西安葡萄城已经成立26年),我们几乎走遍了微软的技术路线,无论从技术前瞻性.或是技术深度均有涉猎. 我们做控件的,也是非常想知道WPF未来走势如何. 但抱歉的是,我无法预测未来W…

psi-blast学习 最近自己学习了一些新工具,最近在学习关于蛋白质相互作用位点的预测,在学习中,接触了几个新的工具,下面说说自己正在学习的psi-blast. 首先要说我用psi-blast用来做什么,在提取特征时,我需要用到pssm矩阵(保守性得分),用psi-blast可以得到我所需要的.pssm文件,该文件的内容就是我所需要的. psi-blast的输入文件是.fasta文件,输出时按照自己的需求设置输出文件的格式及路径. python调用Shell脚本具体实例代码如下: import…

来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html,http://wenku.baidu.com/link?url=3mRTbARl0uPHHRFO9CdqhBNeUj-nb8dRwtqRN2oGqu8u1kN6IsqgYy-H8ggB7jOkPXhx703oM9YW9ftfOlh2dz7KJmlliOhDa4-WZFEEus_,http://www.dxy.cn/bbs/thread/28263194#28263194 一.假设检验基…

前言 真正意义上的程序员都很懒,懒的连多余的一行代码也不写. 如果能将底层满手油污的活儿都可以交给别人去做,自己就扮演个智囊团成员的角色,生活会比想象中的还要惬意. 严格的按照指令执行长时间不知疲倦的计算是计算机所擅长的事情,那么给它一个代码模板,留些运行时它可以获取的值的占位符,再揉进一些固定套路的指令,程序员的生活也可以很美好. 尽管如此,但工具永远不是软件工程中的银弹(看看人月神话吧),适可而止,让富有攻击性的洞察力指引前进的方向,而在实际工作中持适当的保守性态度.   内容 1 Stri…

一位IT行业高收入者的理财规划方案 http://zhuanlan.zhihu.com/invest/19670220 Alex · 12 天前 回望2013,这一年是极其不寻常的.理财浪潮席卷大江南北,理财意识被前所未有的普遍性激发.然而,到底什么是理财,多数人没有清晰明确的认识,往往把理财和投资等价起来.实际上,理财的内涵远远大于投资,投资只是理财的一个组成部分.理财既涉及开源,也涉及节流,更重要的是如何通过个人财务分析.明确理财目标.制定理财方案.做好投资规划.防控各类风险,从而让自身现有…

我们在解决一些线性区间上的最优化问题的时候,往往也能够利用到动态规划的思想,这种问题可以叫做线性dp.在这篇文章中,我们将讨论有关线性dp的一些问题. 在有关线性dp问题中,有着几个比较经典而基础的模型,例如最长上升子序列(LIS).最长公共子序列(LCS).最大子序列和等,那么首先我们从这几个经典的问题出发开始对线性dp的探索. 首先我们来看最长上升子序列问题. 这个问题基于这样一个背景,对于含有n个元素的集合S = {a1.a2.a3……an},对于S的一个子序列S‘ = {ai,aj,ak…

MSU Perceptual Video Quality tool是莫斯科国立大学(Moscow State University)的Graphics and Media Lab制作的一款视频主观评价工具.使用起来比較方便.近期这段时间赶上毕设须要大量的主观评价试验.使用了一阵子这个软件.感觉还是挺方便的.记录一下它的用法. 软件地址:http://www.compression.ru/video/quality_measure/perceptual_video_quality_tool_en.…

一.路由常规设置 1.URL模式     路由系统用一组路由来实现它的功能.这些路由共同组成了应用程序的URL架构或方案. URL的两个关键行为:     a.URL模式是保守的,因而只匹配与模式具有相同片段数的URL.     b.URL模式是宽松的,如果一个URL正好居右正确的片段数,该模式就会用来为片段变量提取值,而不管这个值可能是什么.   2.使用静态URL片段             //Controller会加上X             routes.MapRoute("&quo…