tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框 在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构 选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为 >tdbD00000241|…

生物信息学 GU也可以配对,即“wobble” pairing GU. Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基.没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结,游离的leading edge与hairpin相结合.大部分软件不考虑此结构. 表示RNA5种结构: 如果有假结,则环形图会有交叉: 颜色代表稳定性: 但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升.所以采用150bp以内的序列预测比较准确. 常用方法: 1.共变化(进化)方法,基于相似性比对. 2.单序列预…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 调控RNA 一.细菌中RNA介导的调控 sRNA对翻译的激活与抑制 色氨酸trp操纵子 色氨酸浓度高时: 先导核糖体顺利通过先导RNA的两个Trp密码子 占据位置2 位置3.4形成发夹 形成衰减子(4后面有polyU终止信号) 色氨酸浓度低时: 先导核糖体被两个Trp密码子阻滞…

上一篇我们已经说到了,增强学习的目的就是求解马尔可夫决策过程(MDP)的最优策略,使其在任意初始状态下,都能获得最大的Vπ值.(本文不考虑非马尔可夫环境和不完全可观测马尔可夫决策过程(POMDP)中的增强学习). 那么如何求解最优策略呢?基本的解法有三种: 动态规划法(dynamic programming methods) 蒙特卡罗方法(Monte Carlo methods) 时间差分法(temporal difference). 动态规划法是其中最基本的算法,也是理解后续算法的基础,因此本…

题目:House Robber You are a professional robber planning to rob houses along a street. Each house has a certain amount of money stashed, the only constraint stopping you from robbing each of them is that adjacent houses have security system connected a…

March 26, 2013 作者:Hawstein 出处:http://hawstein.com/posts/dp-novice-to-advanced.html 声明:本文采用以下协议进行授权: 自由转载-非商用-非衍生-保持署名|Creative Commons BY-NC-ND 3.0 ,转载请注明作者及出处. 前言 本文翻译自TopCoder上的一篇文章: Dynamic Programming: From novice to advanced ,并非严格逐字逐句翻译,其中加入了自己的…

转自:http://segmentfault.com/blog/exploring/ LCS 问题描述 定义: 一个数列 S,如果分别是两个或多个已知数列的子序列,且是所有符合此条件序列中最长的,则 S 称为已知序列的最长公共子序列. 例如:输入两个字符串 BDCABA 和 ABCBDAB,字符串 BCBA 和 BDAB 都是是它们的最长公共子序列,则输出它们的长度 4,并打印任意一个子序列. (Note: 不要求连续) 判断字符串相似度的方法之一 - LCS 最长公共子序列越长,越相似. Ju…

 //动态规划查找两个字符串最大子串         public static string lcs(string word1, string word2)         {             int max = 0;             int index = 0;             int[,] nums = new int[word1.Length + 1,word2.Length+1];             for (int i = 0; i <= word1.L…

//递归         public static long recurFib(int num)         {             if (num < 2)             {                 return num;             }             else             {                 return recurFib(num - 1) + recurFib(num - 2);             }   …

1. 问题描述 子串应该比较好理解,至于什么是子序列,这里给出一个例子:有两个母串 cnblogs belong 比如序列bo, bg, lg在母串cnblogs与belong中都出现过并且出现顺序与母串保持一致,我们将其称为公共子序列.最长公共子序列(Longest Common Subsequence, LCS),顾名思义,是指在所有的子序列中最长的那一个.子串是要求更严格的一种子序列,要求在母串中连续地出现.在上述例子的中,最长公共子序列为blog(cnblogs, belong),最长公…