【xsy1154】 DNA配对 FFT

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【xsy1154】 DNA配对 FFT

题目大意:给你一个字符串$s$和字符串$w$,字符集为${A,T,C,G}$,你要在字符串$s$中选出一个与$w$长度相同的子串,使得这两个串的差异度最小. 两个字符$c1$,$c2$的差异度为给定的$c[c1][c2]$. 字符串长度$≤2*10^5$. $FFT$套路题. 我们将串$w$翻转. 设$p[i]$为$s$中子串$s[i-|w|+1.......i]$与$w$的差异度. 显然$p[i]=\sum_{j=0}^{i} c[s[j]][w[i-j]]$.(此处的$w$是翻转后的) 显然…

[TJOI2017]DNA （FFT）

[Luogu3763] FFT做字符串匹配即可,详见代码 // luogu-judger-enable-o2 #include<cstdio> #include<cstring> #include<iostream> #include<algorithm> #include<cmath> #define debug(...) fprintf(stderr,__VA_ARGS__) #define Debug(x) cout<<#x&l…

MIT molecular Biology 笔记11 位点特异性重组和 DNA转座

位点特异性重组和 DNA转座视频 https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition J.D. Watson et. al 很多重要DNA重排是由两类重要遗传重组造成的保守位点特异性重组CSSR 两端特定序列之间需要重组酶形成联会复合体转座重组 transpositional recombination 不一定特定一.保守性位点特异性重组 1.CSSR的三种类…

Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA

生物信息学 GU也可以配对,即“wobble” pairing GU. Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基.没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对假结,游离的leading edge与hairpin相结合.大部分软件不考虑此结构. 表示RNA5种结构: 如果有假结,则环形图会有交叉: 颜色代表稳定性: 但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升.所以采用150bp以内的序列预测比较准确. 常用方法: 1.共变化(进化)方法,基于相似性比对. 2.单序列预…

AC日记——配对碱基链 openjudge 1.7 07

07:配对碱基链总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述脱氧核糖核酸(DNA)由两条互补的碱基链以双螺旋的方式结合而成.而构成DNA的碱基共有4种,分别为腺瞟呤(A).鸟嘌呤(G).胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C).我们知道,在两条互补碱基链的对应位置上,腺瞟呤总是和胸腺嘧啶配对,鸟嘌呤总是和胞嘧啶配对.你的任务就是根据一条单链上的碱基序列,给出对应的互补链上的碱基序列. 输入一个字符串,表示一条碱基链.这个字符串只含有大写字母A.T.G.C,分别表示腺瞟呤.胸腺嘧啶.…

Codeforces 528D Fuzzy Search（FFT）

题目 Source http://codeforces.com/problemset/problem/528/D Description Leonid works for a small and promising start-up that works on decoding the human genome. His duties include solving complex problems of finding certain patterns in long strings cons…