tophat的用法】的更多相关文章

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…
StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA…
title: EditText 基本用法 tags: EditText,编辑框,输入框 --- EditText介绍: EditText 在开发中也是经常用到的控件,也是一个比较必要的组件,可以说它是用户跟Android应用进行数据传输的窗户,比如实现一个登陆界面,需要用户输入账号密码,然后我们获取用户输入的内容,提交给服务器进行判断. EditText 支持的 XML 属性及相关方法 XML 属性 相关方法 说明 android:text setText(CharSequence text)…
一.使用cookie 插件 插件官方网站下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ cookie 插件的用法比较简单,直接粘贴下面代码示例: //生成一个cookie: $.cookie('user', 'bnbbs'); //设置cookie 参数 $.cookie('user', 'bnbbs', { expires : 7, //过期时间,7 天后 path : '/', //设置路径,上一层 domain : 'www.ycku.com', //设置域名…
                               Java中的Socket的用法 Java中的Socket分为普通的Socket和NioSocket. 普通Socket的用法 Java中的网络通信时通过Socket实现的,Socket分为ServerSocket和Socket两大类,ServerSocket用于服务器端,可以通过accept方法监听请求,监听请求后返回Socket,Socket用于完成具体数据传输,客户端也可以使用Socket发起请求并传输数据.ServerSocke…
一.C#中MessageBox.Show用法 MessageBox.Show (String) 显示具有指定文本的消息框. 由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWin32Window, String) 在指定对象的前面显示具有指定文本的消息框. MessageBox.Show (String, String) 显示具有指定文本和标题的消息框.由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWi…
A new built-in function, enumerate() , will make certain loops a bit clearer. enumerate(thing) , where thing is either an iterator or a sequence, returns a iterator that will return (0, thing [0]) , (1, thing [1]) , (2, thing [2]) , and so forth. A c…
本文对Jquery中$.get(),$.post(),$.ajax(),$.getJSON()的用法进行了详细的总结,需要的朋友可以参考下,希望对大家有所帮助. 详细解读Jquery各Ajax函数: $.get(),$.post(),$.ajax(),$.getJSON() 一,$.get(url,[data],[callback]) 说明:url为请求地址,data为请求数据的列表,callback为请求成功后的回调函数,该函数接受两个参数,第一个为服务器返回的数据,第二个参数为服务器的状态,…
用法: <div id="test">   <span style="color:red">test1</span> test2</div> 在JS中可以使用: test.innerHTML: 也就是从对象的起始位置到终止位置的全部内容,包括Html标签. 上例中的test.innerHTML的值也就是“<span style="color:red">test1</span>…
[root@localhost tmp]# umask 0022 一.chattr用法 1.创建空文件attrtest,然后删除,提示无法删除,因为有隐藏文件 [root@localhost tmp]# cd /tmp [root@localhost tmp]# touch attrtest[root@localhost tmp]# chattr +i attrtest [root@localhost tmp]# rm attrtest rm: remove regular empty file…
vim有许多命令,网上搜有一堆贴子.文章列举出各种功能的命令. 对于"="."d"."y",我在无意中发现了它们所具有的相同的一些用法,先举以下三个例子: =nG dnG ynG 其中,n为行号.注意行号后面接的是大写字母"G".而"nG"恰好是光标移动到第n行的命令. 对于"=","=nG"的意思就是从当前行到第n行之间进行格式化.常用的一个命令"gg=G…
thinkphp 模板显示display和assign的用法 $this->assign('name',$value); //在 Action 类里面使用 assign 方法对模板变量赋值,无论何种变量类型都统一使用 assign 赋值$this->display() // 输出模版文件批量赋值$array['name'] = 'thinkphp'$array['email'] = 'liu21st@gmail.com'$array['phone'] = '12335678'$this->…
通过前两章Lodging和Destination类的演示,大家肯定基本了解Code First是怎么玩的了,本章继续演示一些很实用的东西.文章的开头提示下:提供的demo为了后面演示效果,前面代码有些是注释了的,请按照文章讲解的顺序先后释放注释并运行查看效果. I.EF里Guid类型数据的自增长 现在新添加一个Trip旅行类: /// <summary> /// 旅行类 /// </summary> public class Trip { public Guid Identifie…
一般this在各类语言中都表示“调用当前函数的对象”,java中也存在这种用法: public class Leaf { int i = 0; Leaf increment(){ i++; return this; //this指代调用increment()函数的对象 } void print(){ System.out.println("i = " + i); } public static void main(String[] args) { Leaf x = new Leaf()…
目录 PropertyGrid控件由浅入深(一):文章大纲 PropertyGrid控件由浅入深(二):基础用法 控件的外观构成 控件的外观构成如下图所示: PropertyGrid控件包含以下几个要素: 属性名称 属性的名称.标题. 属性编辑器(属性值) 这里显示的是属性的当前值,显示的一般为文字,也可以以图标的形式.编辑器会自动根据数据的类型定义一个验证器,比如属性类型为int类型,你是无法输入字符内容的.另外,一般属性的编辑是直接在属性值这栏直接输入,但是复杂的属性,一般都会提供一个自定义…
我之前在 <前端搭环境之从入门到放弃>这篇文章中吐槽过,webpack中可以写commonjs格式的require同步语法,可以写AMD格式的require回调语法,还有一个require.ensure,以及webpack自己定义的require.include,再加上ES6的import语法,这么多岂不是会把人给搞乱.本篇就来梳理一下这些require各自的特点,以及都在什么场景下使用. commonjs同步语法 经典的commonjs同步语法如下: var a = require('./a…
写在前面的话:随着CSS文件越来越大,内容越来越复杂,对其进行很好的维护将变的很困难.这时CSS预处理器就能够帮上大忙了,它们往往拥有变量.嵌套.继承等许多CSS不具备的特性.有很多CSS预处理器,这里总结Sass的使用方法. ======正文开始====== 我们可以通过一种类似css的编程语言编写代码,保存为.scss后缀名的文件,然后使用Sass进行处理为css文件,而这种.scss文件中可以有变量.嵌套等功能,有些编程的味道,Sass简单介绍看这里:Sass:同时.scss文件也能够通过…
因为自 Visual Studio 2012 开始,微软已经取消了对宏的支持,所以本篇文章所述内容只适用于 Visual Studio 2010 或更早期版本的 VS. 在上一篇中,我已经介绍了如何编写一个最简单的宏,本文将进一步介绍如何用宏来实现对代码编辑窗口控制.在本文结束的时候,你应该能自己实现如下两个功能,第一个用于对方法体进行 phase0 标记:第二个可以将当前窗口中的代码进行归类,将所有方法.属性.变量通过region进行分块. 动画演示:phase0 动画演示:设置 region…
Azure Storage 是微软 Azure 云提供的云端存储解决方案,当前支持的存储类型有 Blob.Queue.File 和 Table. 笔者在<Azure File Storage 基本用法>中介绍了 File Storage 的基本用法,本文将介绍 Queue Storage 的主要使用方法. 文章来源:葡萄城产品技术社区 Queue Storage 是什么? Azure Queue Storage 是一个存储大量消息的存储服务,这些消息可以在任何地方通过 HTTP/HTTPS 访…
Azure Storage 是微软 Azure 云提供的云端存储解决方案,当前支持的存储类型有 Blob.Queue.File 和 Table. 笔者在<Azure Blob Storage 基本用法>中介绍了 Blob Storage 的基本用法,本文将介绍 File Storage 的主要使用方法. 文章来源:葡萄城产品技术社区 File Storage 是什么? Azure File Storage 是一个通过 Server Message Block (SMB) 协议提供云端文件共享的…
1.如果想判断list是否为空,可以这么判断: if(null == list || list.size() ==0 ){ //为空的情况 }else{ //不为空的情况 } 2.list.isEmpty() 和  list.size()==0  有啥区别呢 答案:没有区别 .isEmpty()判断有没有元素,而size()返回有几个元素, 如果判断一个集合有无元素 建议用isEmpty()方法.比较符合逻辑用法. 3.list!=null  跟  ! list.isEmpty()有什么区别?…
Android View.setId(int id) 用法 当要在代码中动态的添加View并且为其设置id时,如果直接用一个int值时,Studio会警告. 经过查询,动态设置id的方法有两种; 1. View.generateViewId(); 这个方法的返回值是个int值,方法的意思是获取一个可以用在setId(int id)方法中的int类型id; 官方文档说明: int generateViewId () Added in API level 17 Generate a value su…
SharedPreferences 的另一种场景的用法 昨天,下班在家想做什么来着,然后想用SharedPreferences存点数据,但是不知道咋地突然想到,SharedPreferences是应用启动时一次性加到内存里的.适合少量的存储,多的话还是用数据库吧.实际项目中都是数据库,我私下写写demo就不搞那么麻烦了=.= 然后,问题来了,如果我要使用SharedPreferences,如何在比较小的单位里存储更多的信息. 好了,正题. 1. 昨天谷歌提供了国内的 android develo…
今天看到一个没见过的函数参数列表test(int... a),查看资料,原来是如下用法:类型后面三个点(String...),是从Java 5开始,Java语言对方法参数支持一种新写法,叫可变长度参数列表,其语法就是类型后跟...,表示此处接受的参数为0到多个Object类型的对象,或者是一个Object[]. 例如我们有一个方法叫做test(String...strings),那么你还可以写方法test(),但你不能写test(String[] strings),这样会出编译错误,系统提示出现…
如果老周没记错的话,园子里曾经有朋友写过如何在 UWP 项目中使用 Sqlite数据库的文章.目前我们都是使用第三方封装的库,将来,SDK会加入对 Sqlite 的支持. 尽管目前 UWP-RT 库中还没有自带操作Sqlite数据库的API,不过,真要使用的话也不难,因为通过 Nuget ,我们其实可以获取很多支持 Sqlite 操作的第三方组件,当然了,组件虽多,但不是个个都好用,有的会发生这样那样的错误.老周试过几个库,找到一个比较不错的,而且支持 LINQ 操作. 其实呢,如果数据不是很多…
本片文章主要介绍boost::function的用法. boost::function 就是一个函数的包装器(function wrapper),用来定义函数对象. 1.  介绍 Boost.Function 库包含了一个类族的函数对象的包装.它的概念很像广义上的回调函数.其有着和函数指针相同的特性但是又包含了一个调用的接口.一个函数指针能够在能以地方被调用或者作为一个回调函数.boost.function能够代替函数指针并提供更大的灵活性. 2. 使用 Boost.Function 有两种形式…
关于call,apply,bind这三个函数的用法,是学习javascript这门语言无法越过的知识点.下边我就来好好总结一下它们三者各自的用法,及常见的应用场景. 首先看call这个函数,可以理解成"借用“,"请求".想像一下如下的情景:你孤单一人漂泊在外,有急事想往家里打电话,可是很不巧,手机欠费了,或者没电了,或者掉坑里了,总之你的手机就是用不成.可是你非打这个电话不可,于是你可以去借一下朋友的手机,或者借用一下邻居的手机,或者公用电话,这样呢,你就可以在自己没有手机可…
作者:彭东林 邮箱:pengdonglin137@163.com 在阅读kernel代码的时候,总是看到有很多驱动都在第一行定义pr_fmt,闲来没事,分析了一下, 发现,确实挺方便的.下面记录分享一下. 我们知道,在驱动中可以使用dev_dbg来输出log,在输出的log中会有一些额外的信息,如所属的device的name. 而pr_fmt就可以实现这个目的,先看一个用法(drivers/i2c/i2c-core.c): #define pr_fmt(fmt) "i2c-core: "…
前言 如果你在系统中用到了Solr的话,那么肯定会碰到从Solr中反推数据的需求,基于数据库数据生产索引后,那么Solr索引的数据相对准确,在电商需求中经常会碰到菜单.导航分类(比如电脑.PC的话会有很多品牌).新车二手车导航会有车的品牌.还会根据价格区间自由组合组成自定义查询条件.常用高级用法如下: 1.根据基础数据反推数据分类用于导航(电脑品牌.手机品牌.车的品牌). 2.数据量大的要分页. 3.自定义价格区间. 4.时间段分组. 5.高亮. 以下我罗列三个我遇到的实际问题用来演示下Solr…
为了解决C++内存泄漏的问题,C++11引入了智能指针(Smart Pointer). 智能指针的原理是,接受一个申请好的内存地址,构造一个保存在栈上的智能指针对象,当程序退出栈的作用域范围后,由于栈上的变量自动被销毁,智能指针内部保存的内存也就被释放掉了(除非将智能指针保存起来). C++11提供了三种智能指针:std::shared_ptr, std::unique_ptr, std::weak_ptr,使用时需添加头文件<memory>. shared_ptr使用引用计数,每一个shar…