complexHeatmap包画分类热图

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complexHeatmap包画分类热图

用途:一般我们画热图是以连续变量作为填充因子,complexHeatmap的oncopoint函数可以以类别变量作为填充因子作热图. 用法:oncoPrint(mat, get_type = function(x) x,alter_fun = alter_fun_list, alter_fun_list = NULL, col,row_order = oncoprint_row_order(),column_order = oncoprint_column_order(),show_column…

matplotlib包画基本的图

画直线图 1.最简单的用法: import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np x=np.linspace(-3,3,50) #在(-1,1)范围内生成50个数,等分的, y=2*x+1 #一张图里画一条线 plt.figure() #如果是一张图里只有一条线,则使用它与不使用他差别不大,如果是在一张图里有2条或多条线,则使用它可以把两条线放在一个图里. plt.plot(x,y) plt.show() 2.有的时候需要在一张图里画两条或多条线…

用R包中heatmap画热图

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data…

Matplotlib学习---用matplotlib画热图（heatmap）

这里利用Nathan Yau所著的<鲜活的数据:数据可视化指南>一书中的数据,学习画图. 数据地址:http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv 首先查看一下数据文件的前5行: Name G MIN PTS FGM FGA FGP FTM FTA FTP ... \ 0 Dwyane Wade 79 38.6 30.2 10.8 22.0 0.491 7.5 9.8 0.765 ... 1 LeBron James 81 37.7 28.4 9.7 1…

R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图

相信很多人都看到过上面这种方块图,有点像"华夫饼图"的升级版,也有点像"热图"的离散版.我在一些临床多组学的文章里面看到过好几次这种图,用它来展示病人的临床信息非常合适,我自己也用R包或者AI画过类似的图.今天给大家演示一下,如何用ggplot2里面的geom_tile函数画这种图. 先构造一个练习数据集,假设有15个病人,每个病人有年龄.性别.症状.是否有RNA-seq和WES测序等信息. library(ggplot2) library(tidyverse) l…

seaborn（2）---画分类图/分布图/回归图/矩阵图

二.分类图 1. 分类散点图 (1)散点图striplot(kind='strip') 方法1: seaborn.stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None, jitter=True, dodge=False, orient=None, color=None, palette=None, size=5, edgecolor='gray', linewidth=0, ax=None, **kwa…