参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste…

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的…

NGS基础 - 高通量测序原理 原创: 赑屃 生信宝典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析.ChIP-seq分析.DNA甲基化分析.重测序分析五部分内容. NGS基础系列文章包括高通量测序原理,测序数据获取和质量评估,常见文件格式解释和转换4部分. 本文 (高通量测序原理) 涉及测序文库构建原理.连特异性文库的构建方式和识别方法.测序簇生成过程.双端测序过程.测序接头产生.PCR duplicate.测序通量选择标准等.…

Android Studio升级到2.0之后,新增了Instant Run功能,该功能可以热替换apk中的部分代码,大幅提高测试安装的效率. 但是,由于我的项目中自定义了一些ClassLoader,当使用InstantRun时,经常出现class加载不正确的问题.分析后原因如下. 使用Instant Run编译出的apk里面会多出几个dex文件,和一个instant-run.zip,这个zip里也是一堆dex文件: 所以推测,instant Run的实现原理是: 根据代码结构,将App的源码分割…

手头有一套完整的PacBio技术资料,会慢慢的总结到博客上. 写在前面:PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS,一个是最新的Sequel,下面如果没有指明则是在讲RS平台. SMRT测序技术总览(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必须对下面几个东西形成概念: 1.SMRT Cell:纳米制造的,不可回收的消耗品,每个 cell 里有 1M 的well(即ZMW),ZMW是单分子实时测序的最小场所. Sequel SMRT Cell 1M are…

通过Eclipse的hadoop插件中的"run on hadoop"命令的原理:它不是把jar包发送到hadoop集群上去运行,而只是使用了hadoop集群上的hdfs,从hdfs中获取文件,至于执行,是执行你本地的hadoop包来运行你编写的MapReduce程序,所以Hadoop集群中不用启动YARN也可以运行. 因为要想在集群中让程序分布式运行还要经历上传类文件.分发到各个节点等过程,一个简单的“run on hadoop”只是启动了本地hadoop类库来运行你的程序而已,在H…

一些常用基本概念的介绍: flowcell流动池 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane通道 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 指一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测150bp junction 上面说的双端测序,中间会留有20…

1.什么是rsync?-rsync是类unix系统下的数据镜像备份工具——remote sync.一款快速增量备份工具 Remote Sync,远程同步 支持本地复制,或者与其他SSH.rsync主机同步. -第一次同步时rsync会复制全部内容,但在下一次只传输修改过的文件.rsync在传输数据的过程中可以实行压缩及解压缩操作,因此可以使用更少的带宽. -安全:可以使用scp.ssh等方式来传输文件,当然也可以通过直接的socket连接. -支持匿名传输,以方便进行网站镜象. 2.本人操作的时…

1.禁止指定IP地址的主机进行连接 iptables -I INPUT -s .***.***. -j DROP 2.解除禁止指定IP地址的主机进行连接 iptables -D INPUT -s .***.***. -j DROP 说明: [参数]-[规则]:-I Insert (添加)-D表示 Delete (删除)在实际中,我测试验证,该命令可以成功生效. # 禁止: iptables -I INPUT -s 172.168.166.185 -j DROP iptables -I INPUT…

1. 自然语言概念 自然语言,即我们人类日常所使用的语言,是人类交际的重要方式,也是人类区别其他动物的本质特征. 但是我们只能通过自然语言与人交流,无法与计算机进行交流. 2. 自然语言处理 自然语言处理,是人工智能的一部分,实现了人与计算机之间的有效通信.自然语言处理属于计算机科学领域与人工智能领域,其研究使用计算机编程来处理和理解人类的语言. 3.  应用场景 情感分析(从一段文本中提取该文本的感情色彩,是褒义.中性还是贬义) 机器翻译 文本相似度匹配(从多段文本中,分析两段文本内容的相似度…

Struts 使用 Model 2 架构.Struts 的ActionServlet 控制导航流.其他Struts 类,比如Action, 用来访问业务逻辑类.当 ActionServlet 从容器接收到一个请求,它使用URI (或者路径“path”) 来决定那个Action 将用来处理请求.一个 Action可以校验输入,并且访问业务层以从数据库或其他数据服务中检索信息.为校验输入或者使用输入来更新数据库, Action 需要知道什么指被提交上来.并不是强制每个Action 从请求中抓取这些值…

为什么要了解这些名词的解释呢?因为在学一个新的知识或者领域的时候,我们需要知道它所定义的概念和名词意思,因为只有这样我们才能理解和掌握这个新的知识点,才能更加系统的掌握这个技术. 一.名词解释 1.broker Kafka单个节点称为broker,一个Kafka服务就是一个broker,多个broker可以组成一个Kafka集群. 2.topic (主题) topic相当于传统消息系统MQ中的一个队列queue,producer端发送的message必须指定是发送到哪个topic上.在一个大型的…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

一.前言 DNS 域名系统(英文:Domain Name System,缩写:DNS)是因特网的一项服务.它作为将域名和IP地址相互映射的一个分布式数据库,能够使人更方便地访问互联网.DNS使用TCP和UDP端口53(TCP 53端口用于dns服务器自己同步数据,UDP 53端口用于查询解析).是一个域名服务,应用层协议.  DNS查询原理及名词解释: dns查询:迭代查询.递归查询 如下图,从客户端到本地DNS服务器是属于递归查询,而DNS服务器之间的交互查询就是迭代查询. 总结: 1.递归查…

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序 更多 个人分类: 测序原理   最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA…

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

航空航天尔雅 选择题1. 已经实现了<天方夜谭>中的飞毯设想.—— A——美国2. 地球到月球大约—— C 38 万公里3. 建立了航空史上第一条定期空中路线—— B——德国4. 对于孔明灯来说,最重要的是—— C——自重5. 世界公认的人类第一次重于空气的,有动力驱动的飞行器进行的载人飞行的空速是每小时—— B——46 公里6. 一战期间飞机使用的是双翼飞机—— B——双翼7. 航空业才逐渐兴起—— B——(一次世界大战后)8. 德国制造了第一架喷气式飞机—— D——德国9. 美国实现了人类…

目录 导论 DNA甲基化基本概论 检测DNA甲基化的方法 DNA甲基化数据分析流程及方法 DNA甲基化在肿瘤研究中的应用 导论 表观遗传:非DNA决定的基因表达,或表型改变中可遗传因素的研究 DNA水平:甲基化(胞嘧啶(二代测序为主)5mC,腺嘌呤(三代为主)6mA,羟甲基化 RNA水平:甲基化,ncRNA 染色质水平:组蛋白修饰(甲基化/乙酰化/磷酸化/泛素化),核小体定位,染色质重塑和构象 DNA甲基化被广泛的应用与表观遗传生物的标志 DNA甲基化基本概论 DNA甲基化广泛存在:胚胎发育时期…

Prometheus 包含一个存储在本地磁盘的时间序列数据库,同时也支持与远程存储系统集成,比如grafana cloud 提供的免费云存储API,只需将remote_write接口信息填写在Prometheus配置文件即可. 本文不涉及远程存储接口内容,主要介绍Prometheus 时序数据的本地存储实现原理. 什么是时序数据? 在学习Prometheus TSDB存储原理之前,我们先来认识一下Prometheus TSDB.InfluxDB这类时序数据库的时序数据指的是什么? 时序数据通常以…

这里整理一下实验课实现的基于单层决策树的弱分类器的AdaBoost算法. 由于是初学,实验课在找资料的时候看到别人的代码中有太多英文的缩写,不容易看懂,而且还要同时看代码实现的细节.算法的原理什么的,就体验很不好. 于是我这里代码中英文没有用缩写,也尽量把思路写清楚. 基本概念 集成学习:通过组合多个基分类器(base classifier)来完成学习任务,基分类器一般采用弱学习器. 弱学习器:只学习正确率仅仅略优于随机猜测的学习器.通过集成方法,就能组合成一个强学习器. Bagging和Boo…

理解完aop的名词解释,继续学习spring aop的工作原理. 首先明确aop到底是什么东西?又如何不违单一原则并实现交叉处理呢? 如果对它的认识只停留在面向切面编程,那就脏了.从oop(Object Oriented Programming)说起,oop引入封装,多态,继承等概念建立对象层次的结构,处理公共行为属性的集合.对于一个系统而言,需要把分散对象整合到一起的时候,oop就虚了,因为这样的需求已经在对象层次之上了.如订单模块,还款模块都需要User对象配合(当然不止于User对象完成的…