单细胞ENS发育数据库

iSyTE 2.0: a database for expression-based gene discovery in the eye - 眼睛发育 StemMapper: a curated gene expression database for stem cell lineage analysis - 干细胞的lineage数据库 DBTMEE: a database of transcriptome in mouse early embryos - 早期胚胎发育 EMAGE: a sp…

孕期出血是否先兆流产——B超看婴儿是否在子宫内+hcg值是否过低孕激素不足

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a869c130102e7nu.html 很多人都经历过孕早期阴道出血,但结局大不一样. 人类受孕后,从一个单细胞逐渐发育成为一个活蹦乱跳的婴儿是一个很复杂的生理过程,首先要有健康的精子.健康的卵子才能够有健康的受精卵.受精卵在很好的环境中才能够生存,这“很好的环境”首先就包括我们人类生存的大环境,要少接触污染,少接触有毒有害的物品.其次是每个母亲自身的环境条件要适合于胎儿生长,首先要有好的心情,愉快的心态迎接这个来之不易的生…

最优运输（Optimal Transfort）：从理论到填补的应用

目录引言 1 背景 2 什么是最优运输? 3 基本概念 3.1 离散测度 (Discrete measures) 3.2 蒙日(Monge)问题 3.3 Kantorovich Relaxation (松弛的蒙日问题) 3.4 Wasserstein距离 3.5 最优运输问题初解 3.6 熵(Entropic)正则化 3.7 Sinkhorn算法 (NIPS, 2013) 4 Wasserstein GAN (WGAN) 填补 (ICML, 2017) 5 最优运输填补 (ICML, 2020…

JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读…

CNS、ENS和PNS的发育过程

central nervous system (CNS) peripheral nervous system (PNS) enteric nervous system (ENS) 做这部分的科研必须要把这个问题搞得一清二楚,当前到底研究到什么地步了? 从胚胎发育的起源到成熟个体大脑中各种subtype的细胞类型的作用. entoderm 内 mesoderm 中 ectoderm 外分清两个发育过程: 生命发育,就是个体的其他器官的发育智能发育,特指神经系统地发育 The single-ce…

文献阅读 | The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis | 器官形成 | 单细胞转录组

The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起. 文献阅读 | Molecular Architecture of the Mouse Nervous System 这篇侧重强调的是神经系统的单细胞发育过程测序. Mouse Organogenesis Cell Atlas (MOCA) - 所有…

MGI数据库挖掘 | MGI-Mouse Genome Informatics | InWeb database

做生物信息,遗传发育,分析数据的时候总是要narrow down分析范围,高通量数据尤其是基因表达,在庞大的confounder面前,缩小分析范围是必须的,否则你会一直在混沌中游荡. 看一篇文章:2018 - Identification of genes associated with Hirschsprung disease, based on whole-genome sequence analysis, and potential effects on enteric nervous s…

paper 28 ：一些常见常用数据库的下载网站集锦

做图像处理+模式识别的童鞋怎么可以没有数据库呢? 但是,如果自己做一个数据库,费时费力费钱先不说,关键是建立的数据库的公信力一般不会高,做出的算法也别人也不好比较,所以呢,下载比较权威的公共数据库还是来得方便.直接.有效. 原先我也收藏了一些公共数据库的下载链接,但是由于近期电脑损坏给搞没了,那个后悔那........ 现在专门收集的这些链接一定要保存好,希望在与大家共同分享的同时,也能收藏些其它新的链接,呵呵. 闲话少说,现在开始: 1, http://www.multitel.be/cant…

单细胞文章分享：Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells

Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 本文作者的官网:Ventral midbrain 顺便找到了:Download all the data and Python Notebooks from GitHub to reproduce the main figures. GitHub:linnarsson-lab/ipynb-lamanno2016 教程:scRNA-Seq Data…

常用数据库ID格式

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG…

day 35初识数据库

一.数据库概述 1.什么是数据库?先来看看百度怎么说的. 数据库,简而言之可视为电子化的文件柜——存储电子文件的处所,用户可以对文件中的数据运行新增.截取.更新.删除等操作. 所谓“数据库”系以一定方式储存在一起.能予多个用户共享.具有尽可能小的冗余度.与应用程序彼此独立的数据集合. 百度的貌似不好理解啊,让我说啊,数据库是存储数据的地方,你这不是废话么?你你你你你说的对,哈哈,存数据的地方是存在哪里呢,存在硬盘上,为什么不是存在内存里面,因为内存无法永久保存.之前我们存数据都是使用的文…

xgene：之ROC曲线、ctDNA、small-RNA seq、甲基化seq、单细胞DNA, mRNA

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1…

Nature Methods | 新软件SAVER-X可对单细胞转录组学数据进行有效降噪

图片来源(Nature Methods) 摘要单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)数据有高噪音和稀疏的特点.原文作者展示了跨数据集的迁移学习可显著提高数据的质量.通过将深度自动编码器与贝叶斯模型相结合,原文开发的SAVER-X软件可从不同实验室.不同条件和不同物种的数据中提取可迁移的基因关系,以对新的目标数据…

Mouse Genome Informatics（MGI）数据库介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界有些人研究了很久的基因,都不一定知道他们研究的基因在小鼠模型上发挥什么作用--陈文燕今天想介绍一个数据库MGI,全称Mouse Genome Informatics. 网站地址:http://www.informatics.jax.org/ 下面仔细讲一下MGI可以获得什么信息 1 基因在ENSEMBL, Havana/Vega, MGI,NCBI的可视化比较下图是某个基因区域在几大数据库的可视化结果.可以很直接的比较小鼠和人类基因组的区别. 感兴…

nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

GreenDao 数据库：使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

一.使用Raw文件夹下的数据库文件在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public static abstract class OpenHelper extends SQLiteOpenHelper { public OpenHelper(Context context, String name, CursorFactory factory) { super(context, name,…

ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章：利用模型类创建视图、控制器和数据库

在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类.指定数据库连接字符串以及创建一个数据库.最后,我们还将添加视图和控制器来管理和显式产品和分类数据. 注意:如果你想按照本章的代码编写示例,你必须完成第一章或者直接从www.apress.com下载第一章的源代码. 2.1 添加模型类 Entity Framework的代码优先模式允许我们从模型类创…

Java MyBatis 插入数据库返回主键

最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User(); user.setUserName("chenzhou"); user.setPassword("xxxx"); user.setComment("测试插入数据返回主键功能"); System.out.println("插入前主键为:…

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa…

分享一个SQLSERVER脚本（计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间）

分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tablespaceinfo ( nameinfo ) , rowsinfo BIGINT , reserved ) , datainfo ) , index_size ) , unused ) ) ); DECLARE Info_cursor CURSOR FOR SELECT '[' + [name]…

SQL Server2014 SP2新增的数据库克隆功能

SQL Server2014 SP2新增的数据库克隆功能创建测试库 --创建测试数据库 create database testtest use testtest go --创建表 )) --插入数据 ,'sdfsdf' --创建存储过程 create proc testproc as 创建克隆数据库的命令形式 DBCC CLONEDATABASE (source_database_name, target_database_name) –– Default CLONE WITH SCHEMA…

数据库优化案例——————某市中心医院HIS系统

记得在自己学习数据库知识的时候特别喜欢看案例,因为优化的手段是容易掌握的,但是整体的优化思想是很难学会的.这也是为什么自己特别喜欢看案例,今天也开始分享自己做的优化案例. 最近一直很忙,博客产出也少的可怜,今天整理了一下自己做过优化或各种方案的客户已经超过100家了,今天分享的案例算是在这些客户中比较典型的了!没有什么高大上都是常见的问题!在之前的博客中都有过提及,那么本篇我们就结合之前的技术点来看看这个案例.学习优化手段的看官们可以参见我的优化系列: SQL SERVER全面优化-------…

NoSql数据库使用半年后在设计上面的一些心得

NoSql数据库这个概念听闻许久了,也陆续看到很多公司和产品都在使用,优缺点似乎都被分析的清清楚楚.但我心里一直存有一个疑惑,它的出现究竟是为了解决什么问题? 这个疑惑非常大,为此我看了很多分析文章,但却总感觉是隔靴搔痒.为了一探究竟,半年前我决定用Mongodb这个著名的NoSql数据库做个产品试试.只有在真实的使用环境中才能得到最贴切的感受. 一晃眼,半年过去了,现在我能用亲身的体会来谈谈NoSql数据库存在的理由和试图解决的问题了.就像所有的哲学思考都来源于对日常活动的观察一样,我们也从最…

如何在高并发环境下设计出无锁的数据库操作（Java版本）

一个在线2k的游戏,每秒钟并发都吓死人.传统的hibernate直接插库基本上是不可行的.我就一步步推导出一个无锁的数据库操作. 1. 并发中如何无锁. 一个很简单的思路,把并发转化成为单线程.Java的Disruptor就是一个很好的例子.如果用java的concurrentCollection类去做,原理就是启动一个线程,跑一个Queue,并发的时候,任务压入Queue,线程轮训读取这个Queue,然后一个个顺序执行. 在这个设计模式下,任何并发都会变成了单线程操作,而且速度非常快.现在的n…

当忘记mysql数据库密码时如何进行修改

因为长时间没有使用数据库了,或者把密码改完之后就忘了数据库密码,不能正常进入数据库,也无法修改密码,有一个简单的常用修改密码方式: 1.首先找到和打开mysql.exe和mysqld.exe所在的文件夹(在你所安装的Mysql的bin文件夹下),复制路径地址. 2.Windows+R打开cmd命令提示符,进入上一步mysql.exe所在的文件夹. 3.输入命令 mysqld --skip-grant-tables 回车,此时就跳过了mysql的用户验证.注意输入此命令之后命令行就无法操作了,…

SQL数据库之DQL

初来乍到,我是一个Java行业的小学生,刚学半年. 今天老师讲了数据库的操作语句,在这里与大家分享一下我学到的知识吧,要是有不足的地方麻烦大家指出来,共同进步,共同提高! 1.数据库中的各种符号 %:表示匹配0或多个字符 _:表示匹配单个字符 in:通配符,模糊查找的关键字,某些表中或值中包含某个值.例:select * from student where studentname in '赵,钱,孙,李'; like:模糊查找的关键字,通常和%._一起使用.例如:select * from s…