MindSponge分子动力学模拟——使用MDAnalysis工具进行后分析（2024.02）

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分子动力学模拟软件VMD的安装与使用

技术背景在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

Gromacs分子动力学模拟流程概述

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

分子动力学模拟之基于自动微分的LINCS约束

技术背景在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

分子动力学模拟之SETTLE约束算法

技术背景在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

关于解决DevExpress用DevExpress patch工具破解后经常弹出试用框的问题

方法有效自己试过很棒!!!!!!!! 第一:破解工具:DevExpressComponents-14.1.4和破解工具第二:解决DevExpress用DevExpress patch工具破解后经常弹出试用框的问题方法很多人使用devexpress patch这个破解工具,破解完后编译程序的时候经常会弹出使用窗口的,出现这个原因是license.licx这个控件凭证文件导致的,一般破解完后新建的项目不会出现这个问题,未破解前的项目就会出现这问题. 解决的方案有两个:1.直接删除properti…

vsdbg 下载方法使用下载工具下载后手动安装

vsdbg国内下载太慢了,这里提供一个使用下载工具下载后,手动安装的处理方法查看vs build控制台输出: 1>C:\WINDOWS\System32\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe -NonInteractive -NoProfile -WindowStyle Hidden -ExecutionPolicy RemoteSigned -File "C:\Users\xx\AppData\Local\Temp\GetVsDbg.ps1&quo…

解决安装编译工具gcc后无法连接mysql

在安装编译工具gcc后: yum -y install make gcc g++ gcc-c++ libtool autoconf automake imake mysql-devel libxml2-devel expat-devel mysql断开了连接. 查看mysqld.log 日志: mysql日志 171210 19:38:22 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled. 171210 19:38:22 InnoDB: The InnoDB memo…