http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据…

总结: 1.ACK包可以和其他包合在一起,比如ACK包可以携带数据 2.可以接收多个数据包后,一次性给一个应答,不用每个数据包一一对应给应答 3.在通信过程中,通过接收到的包的ack值可以判断是否是上一个本机发送包的应答包(ack值与上一个本机发送包的seq有关),seq值和ack值的确定规则如下: 三次握手: 第一次握手(发送):seq为x(x为任意值),无视ack(因为是第一个包,不需要给其他包应答) 第二次握手(发送):seq为y(y为任意值),ack等于接收包seq+1(即x+1) 第三…

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c…

chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 [怪毛匠子] [独家整理-怪毛匠子] 书籍资料 生物信息学 许忠能 生物信息学——计算的视角 李岭 译 工具 UCSU http://genome.ucsc.edu 安装 获得源文件 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/…

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白. 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平. 特性:远距离效应,无方向性. 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶…

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因. 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白.组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术.由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率.更低的噪声和更大的覆盖范围.随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具. 原理:甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内.再利用抗…

TCP连接的建立和释放 概述 TCP运输连接的建立和释放是每一次面向连接的通信中必不可少的过程,运输连接有三个阶段:连接建立,数据传送和连接释放. TCP连接的建立 如图所示,假定A主机是客户端程序,B主机是服务端程序.最初两端的TCP进程都是出于CLOSED(关闭)状态. (1)B的TCP服务器进程先创建传输控制块TCB(transmission Control Block),准备接受客户进程的连接请求.然后服务器就进入LISTEN(监听)状态,等待客户端的连接请求. (2)A的TCP客户进程…

总是跑数据,却对数据一无所知,这说不过去吧. 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses(只讲二代) Assembly of large genomes using second-generation sequencing(参考文献) Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome asse…

现在的移动端应用几乎都会通过网络请求来和服务器交互,通过抓包来诊断和网络相关的bug是程序员的重要技能之一.抓包的手段有很多:针对http和https可以使用Charles设置代理来做,对于更广泛的协议可以使用tcpdump或者wireshark.wireshark提供GUI,方便做深入全面的数据分析.tcpdump则输出原始的包内容,好处是快速高效,之前写过一篇简单的微信红包图片的破解教程,就是用tcpdump来操作的.这篇文章主要介绍tcpdump的基本使用方法,阅读目标是能基本掌握并运用t…

如何在 Android 手机上实现抓包? http://www.zhihu.com/question/20467503 我想知道某个应用究竟在数据提交到哪里,提交了什么.网上的教程太复杂,不想麻烦.有没有快速的方式实现在android网络抓包?比如手机流量类监控软件是否已经实现可否借鉴? 4 条评论 分享   按投票排序按时间排序 48 个回答 190赞同反对,不会显示你的姓名 Trinea,微信codek2,专注于源码解析分享 万象为宾客.殷xx.断掌小馒头 等人赞同 两种方式,各有优劣且互补…