Fastqc 能够自动识别序列的碱基编码格式,我查看一下源代码,发现是碱基编码格式一共分为 1)sanger/illumina 1.9 2) illumina 1.3 3) illumina 1.5 其核心的代码为 public static PhredEncoding getFastQEncodingOffset(final char lowestChar) { if (lowestChar < '!') { throw new IllegalArgumentException("No…

chardet库文档 http://chardet.readthedocs.io/en/latest/usage.html 小文件的编码判断 detect函数只需要一个 非unicode字符串参数,返回一个字典.该字典包括判断到的编码格式及判断的置信度. with open('test1.txt', 'rb') as f: result = chardet.detect(f.read()) print(result) 返回结果 {'encoding': 'utf-8', 'confidence'…

转自http://blog.jobbole.com/104886/ 一.TCP/IP 协议介绍 在介绍 HTTP 协议之前,先简单说一下TCP/IP协议的相关内容.TCP/IP协议是分层的,从底层至应用层分别为:物理层.链路层.网络层.传输层和应用层,如下图所示: 从应用层至物理层,数据是一层层封装,封装的方式一般都是在原有数据的前面加一个数据控制头,数据封装格式如下: 其中,对于TCP传输协议,客户端在于服务器建立连接前需要经过TCP三层握手,过程如下: 二.HTTP协议 2.1 简介 超文本…

一.TCP/IP 协议介绍 在介绍 HTTP 协议之前,先简单说一下TCP/IP协议的相关内容.TCP/IP协议是分层的,从底层至应用层分别为:物理层.链路层.网络层.传输层和应用层,如下图所示: 从应用层至物理层,数据是一层层封装,封装的方式一般都是在原有数据的前面加一个数据控制头,数据封装格式如下: 其中,对于TCP传输协议,客户端在于服务器建立连接前需要经过TCP三层握手,过程如下: 二.HTTP协议 2.1 简介 超文本传输协议(Hypertext Transfer Protocol,简…

转载自:http://www.cnblogs.com/lanxuezaipiao/p/3202169.html CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发人员遵守某些编码规范的工具.它能够自动化代码规范检查过程,从而使得开发人员从这项重要但是枯燥的任务中解脱出来. CheckStyle检验的主要内容 ·Javadoc注释 ·命名约定 ·标题 ·Import语句 ·体积大小 ·空白 ·修饰符 ·块 ·代码问题 ·类设计 ·混合检查(包活一些有用的比如非必须…

Encoding 类 .NET Framework 4  表示字符编码. 继承层次结构 System.Object  System.Text.Encoding    System.Text.ASCIIEncoding    System.Text.UnicodeEncoding    System.Text.UTF32Encoding    System.Text.UTF7Encoding    System.Text.UTF8Encoding 命名空间:  System.Text程序集:  m…

HTTP 协议简介 博客分类: acl开发--HTTP协议篇 网络协议http协议  一.TCP/IP 协议介绍 在介绍 HTTP 协议之前,先简单说一下TCP/IP协议的相关内容.TCP/IP协议是分层的,从底层至应用层分别为:物理层.链路层.网络层.传输层和应用层,如下图所示: 从应用层至物理层,数据是一层层封装,封装的方式一般都是在原有数据的前面加一个数据控制头,数据封装格式如下: 其中,对于TCP传输协议,客户端在于服务器建立连接前需要经过TCP三层握手,过程如下: 二.HTTP协议 2…

提高Java代码质量的Eclipse插件之Checkstyle的使用详解 CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发人员遵守某些编码规范的工具.它能够自动化代码规范检查过程,从而使得开发人员从这项重要但是枯燥的任务中解脱出来. CheckStyle检验的主要内容 ·Javadoc注释 ·命名约定 ·标题 ·Import语句 ·体积大小 ·空白 ·修饰符 ·块 ·代码问题 ·类设计 ·混合检查(包活一些有用的比如非必须的System.out和printst…

编写Javadoc代码在Java代码的类.函数.数据成员前中输入/**回车,Eclipse能够自动生成相应的Javadoc代码.可以在后面添加相关的文字说明. Type is missing a javadoc commentClass缺少类型说明 2“{” should be on the previous line“{” 应该位于前一行.解决方法:把“{”放到上一行去 Methos is missing a javadoc comment 方法前面缺少javadoc注释.解决方法:添加jav…

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的…

1Type is missing a javadoc commentClass  缺少类型说明 2“{” should be on the previous line“{” 应该位于前一行.解决方法:把“{”放到上一行去 3Methos is missing a javadoc comment 方法前面缺少javadoc注释.解决方法:添加javadoc注释 类似这样: /** * set default mock parameter.(方法说明) * @param additionalPara…

在很多情况下,我们需要把多个样本混合在一起,在同一个通道(lane)里完成测序.像转录组测序.miRNA测序.lncRNA测序.ChIP测序等等,通常每个样本所需要的数据量都比较少,远少于HiSeq一个通道的产出能力,混合样本是普遍作法.以转录组测序为例,一个样本测序20 M片段(reads),就能够满足绝大部分研究所需.而HiSeq 2000的一条通道,使用v3试剂,数据产出>175 M片段(如果双端分别计算,则为350M).为了充分利用测序仪产能,节约成本,需要把8个RNA样本混合起来.如果…

CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发者遵守某些编码规范的工具.它可以自己主动化代码规范检查过程.从而使得开发者从这项重要可是枯燥的任务中解脱出来. CheckStyle检验的主要内容  ·Javadoc凝视  ·命名约定  ·标题  ·Import语句  ·体积大小  ·空白  ·修饰符  ·块  ·代码问题  ·类设计  ·混合检查(包活一些实用的比方非必须的System.out和printstackTrace) 从上面能够看出,CheckSty…

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率…

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

原文网址:http://www.cnblogs.com/sunrisezhang/articles/2802397.html 一个好的coder,他首先必须是一个熟练工.对于C++程序员来说,只有掌握VC的IDE使用方法和技巧,才称得上是“C++”熟练工,让自己工作事半功倍.这里以VC 10.0 为例(VS2010) 对于VC++10来说,最好的代码辅助工具就是番茄插件 Tomato Visual Assitant,用它可以提高查看代码和编写代码的速度. 1.重构(Refactor) 使用重构时…

大项目都需要小组中的多人共同完成,但是每个人都有自己的编码习惯,甚至很多都是不正确的.那么如何使小组所有开发人员都遵循某些编码规范,以保证项目代码风格的一致性呢?如果硬性地要求每个开发人员在提交代码之前,都要对照的编码规范将自己的代码检查一遍,将是一个非常枯燥而且耗时的任务.Checkstyle是一个开源代码分析工具,能够帮助开发人员保证他们的代码遵循一定的代码规范.Checkstyle通过不断地检查你的代码,一旦发现有违反定义的代码规范的地方就立马提示,以便开发人员能够及时发现和修改不规范代码…

TCP/IP 协议介绍 在介绍 HTTP 协议之前,先简单说一下TCP/IP协议的相关内容.TCP/IP协议是分层的,从底层至应用层分别为:物理层.链路层.网络层.传输层和应用层,如下图所示: 从应用层至物理层,数据是一层层封装,封装的方式一般都是在原有数据的前面加一个数据控制头,数据封装格式如下: 其中,对于TCP传输协议,客户端在于服务器建立连接前需要经过TCP三层握手,过程如下: HTTP协议简介 超文本传输协议(Hypertext Transfer Protocol,简称HTTP)是应用…

一.HTTP协议简介 什么是HTTP?全称是HyperText Transfer Protocal,即:超文本传输协议,从1990年开始就在WWW上广泛应用,是现今在WWW上应用最多的协议,目前版本是1.1. Http是应用层协议,当你上网浏览网页的时候,浏览器和Web服务器之间就会通过HTTP在Internet上进行数据的发送和接收. Http是一个基于请求/响应模式的.无状态的协议.即我们通常所说的Request/Response. 二.HTTP URL HTTP URL格式如下: http…

1.CheckStyle是SourceForge下的一个项目,提供了一个帮助JAVA开发者遵守某些编码规范的工具. CheckStyle提供了大部分功能都是对于代码规范的检查 CheckStyle检验的主要内容  ·Javadoc凝视  ·命名约定  ·标题  ·Import语句  ·体积大小  ·空白  ·修饰符  ·块  ·代码问题  ·类设计  ·混合检查(包活一些实用的比方非必须的System.out和printstackTrace) 一.CheckStyle 安装方法 安装的的时候能够…

综述 记录了mov转mp4格式的方法 记录了自己是多蠢 问题背景 这学期选修的<工程英语视听说>课,需要提交一段口语考试视频,于是乎: 带着我的大疆Mavic Mini 和iPad Pro出去,一顿操作之后,有了视频和录音文件 回到实验室用Final Cut Pro剪了一下 原片3G多 压成720p刚好满足提交的300M要求 但是你以为这样就完了吗? 学校的这鬼系统告诉你:没这么简单 他有格式要求! 期末考试口语视频录制任务 [本项为期末考试口语测试部分,占期末考试总分20%] 内容要求: 观…

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G…

CheckStyle报错的常见问题及解决方式 声明: 本文摘自百度文库.希望这篇文章提到的规范能对大家编程起到好的效果,此文不定期更新,将推出更加详尽的编程规范. 1   提示:Type is missing a javadoc commentClass 说明:缺少类型说明 解决方法:增加javadoc说明 2   提示:“{” should be on the previous line 说明:“{”应该位于前一行. 解决方法:把“{”放到上一行去 3   提示:Methos is missi…

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一…

学习了 fopen() 函数后,我们知道它的第二个参数是一个字符串,用来表示文件打开方式.如果字符串中出现b,则表示以二进制方式打开文件:如果字符串中出现t,或者两者都不出现,则表示以文本方式打开文件. 文本文件和二进制文件的区别 根据我们以往的经验,文本文件通常用来保存肉眼可见的字符,比如.txt文件..c文件..dat文件等,用文本编辑器打开这些文件,我们能够顺利看懂文件的内容.二进制文件通常用来保存视频.图片.程序等不可阅读的内容,用文本编辑器打开这些文件,会看到一堆乱码,根本看不懂.但是…

Halcon环境下可通过设置set_system(‘filename_encoding’, ‘utf8’),可以将二维码的识别结果解析出汉字. VS环境下则需要将utf8转换成gbk格式.代码如下: int UTF8ToGBK(unsigned char * lpUTF8Str,unsigned char * lpGBKStr,int nGBKStrLen) { wchar_t * lpUnicodeStr = NULL; int nRetLen = 0; if(!lpUTF8Str)  //如…

横坐标代表每个每个碱基的位置,反映了读长信息,比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150: 纵坐标代表碱基质量值, 图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布, 中间的红线代表的是中位数 用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数: 箱线图最上方的短线代表90%,最下方的短线代表10% 蓝色的线代表平均值 背景色从上到在下依次为green, orange, red; 分别代表very good, reasonable, poor;将碱基质量分成3个不同的标准 当有一个位…

1, 用juniversalchardet: http://code.google.com/p/juniversalchardet/ 官方示例: import org.mozilla.universalchardet.UniversalDetector; public class TestDetector { public static void main(String[] args) { byte[] buf = new byte[4096]; java.io.FileInputStream…

在“如何用MediaCapture解决二维码扫描问题”这篇文章中,我们通过“成像”.“截图”与“识别”三个步骤介绍了使用MediaCapture扫码的主要过程及注意事项.本文主要针对“识别”的过程,对Barcode的概念作出一个较为简单的介绍,同时也会讨论ZXing的使用方法. ZXing是一个Java实现的开源库,可以支持多种Barcode的识别和生成,同时也为其它的语言提供了相应的接口,比如C++.Python..Net等等.这里,我们使用ZXing.Net,可以很方便的集成在UWP环境中,…

Text文档编码识别方法 在做文档读取的时候,时常碰到编码格式不正确的问题,而要怎么样正确识别文档的编码格式,成了很多程序员的一块心病,今天我就要试着治好这块心病,这段代码的浓缩来自上千万文档的数据分析所得,可靠率极其高. 应朋友要求,需要帮他做一个文章操作工具,既然想操作,就有文件的读取和修改,本来花费几个小时信心满满把程序交给朋友的时候,朋友突然来了句,很多文章打开出现乱码的情况,我哩个去,像是晴天霹雳深深的击在我的心窝里,我突然想到了文件编码问题,而这个问题,我曾经无数次的尝试,最终都以失…