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基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两…

单细胞测序技术(single cell sequencing)

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

单细胞测序|单细胞基因组|单细胞转录组|Gene editing|

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一…

无废话ExtJs 入门教程九[数字字段：NumberField、隐藏字段Hidden、日期字段：DataFiedl]

无废话ExtJs 入门教程九[数字字段:NumberField.隐藏字段Hidden.日期字段:DataFiedl] extjs技术交流,欢迎加群(201926085) 继上第六节内容,我们在表单里加了个一个数字字段,隐藏字段,日期字段.如下代码所: 1.代码如下: 1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml…

RabbitMQ入门教程(九)：首部交换机Headers

原文:RabbitMQ入门教程(九):首部交换机Headers 版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/vbirdbest/article/details/78638988 分享一个朋友的人工智能教程.比较通俗易懂,风趣幽默,感兴趣的朋友可以去看看. 简介 首部交换机和扇形交换机都不需要路由键routingKey,交换机时通过Headers头部来将消息映射到队列的,有点像HTTP的…

WPF教程九：理解WPF中的对象资源

在WPF中,所有继承自FrameworkElement的元素都包含一个Resources属性,这个属性就是我们这篇要讲的资源. 这一篇讲解的资源是不是上一篇的程序集资源(那个是在编译过程中打包到程序集中),这个是资源是我们想在公共的地方写一个对象让其他元素重复使用. 先贴个例子: <Window x:Class="NETResource.MainWindow" xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/pre…

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人. 第一位读者做的是非模式物种的单细胞. 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的 让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目.这个表其实没有多少信息,且容易给人误导.应该直接从小提琴图看. 解答完了这个问题,另一个问题还是回到"非模式物种如何找marker".找同源基因是一个思路,…

CRL快速开发框架系列教程九(导入/导出数据)

本系列目录 CRL快速开发框架系列教程一(Code First数据表不需再关心) CRL快速开发框架系列教程二(基于Lambda表达式查询) CRL快速开发框架系列教程三(更新数据) CRL快速开发框架系列教程四(删除数据) CRL快速开发框架系列教程五(使用缓存) CRL快速开发框架系列教程六(分布式缓存解决方案) CRL快速开发框架系列教程七(使用事务) CRL快速开发框架系列教程八(使用CRL.Package) CRL快速开发框架系列教程九(导入/导出数据) CRL快速开发框架系列教程十(…

Json.Net系列教程 2.Net类型与JSON的映射关系

原文 Json.Net系列教程 2.Net类型与JSON的映射关系 首先谢谢大家的支持和关注.本章主要介绍.Net类型与JSON是如何映射的.我们知道JSON中类型基本上有三种:值类型,数组和对象.而.Net中的类型比较多.到底它们是如何映射的呢? 总体来讲,Json.Net将.Net中的基本类型(int,float,string等)转换为Json的值,数组和集合转换为Json的数组,其它转换为Json对象. 1.基本类型: 2.复杂类型: 3.注意 3.1数组和集合 如果你自定义了实现了数组和…

黄聪：Microsoft Enterprise Library 5.0 系列教程(九) Policy Injection Application Block

原文:黄聪:Microsoft Enterprise Library 5.0 系列教程(九) Policy Injection Application Block 代理对象(Proxy Object)会通过Handler链定位到真实对象(Real Object),而Policy则被注入到代理对象和真实对象中.整个流程如图: 我个人对Policy Injection Application Block使用的看法是: 用户先创建一个代理,用这个代理间接操作实体,在调用实体的方法或者成员属性时可以透明…