tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2…

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg…

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get…

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc…

不废话,直接上如何利用Asp.NET操作XML文件,并对其属性进行修改,刚开始的时候,是打算使用JS来控制生成XML文件的,但是最后却是无法创建文件,读取文件则没有使用了 index.aspx 文件 <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="index.aspx.cs" Inherits="XmlManager.index" %> <!…

同意文件操作同意文件的问题在于逻辑有些地方不合适,如果多个线程同时写入,在不加锁的情况下,可能导致得到结果不如意,为了安全,和脏读(数据库的词),应该使用排他锁,这就意味着每次只能被一个线程操作.其他线程只能等待,如果超时则会报错. 关键函数: fopen() // 打开文件或一个http地址,形成一个文件流 flock() // 对文件加锁及解锁 fwrite() // 对文件读写操作 fclose() // 关闭文件流 fopen() resource fopen ( string $fil…

Java生成和操作Excel文件   JAVA EXCEL API:是一开放源码项目,通过它Java开发人员可以读取Excel文件的内容.创建新的Excel文件.更新已经存在的Excel文件.使用该API非Windows操作系统也可以通过纯Java应用来处理Excel数据表.因为它是使用Java编写的,所以我们在Web应用中可以通过JSP.Servlet来调用API实现对Excel数据表的访问. 下载: 官方网站 http://www.andykhan.com/jexcelapi/ 下载最新版本…

平时自诩为使用.NET做开发,但是实际上从一开始学习C#直到现在除了做个几个不登大雅之堂的小网站,做过几个winform程序和几个控制台应用程序,真的没有踏踏实实地用.NET开发过某些属于自己的东西. 除了之前写的一个Extjs开发MIS系统的系列文章涉及到的实验室框架程序,真的用到了开发较完整的系统流程涉及到的开发模式和设计模式,具体的作用的设计流程就不细说了,那些是一个系统的东西,一两句话说不完. 于是就将平时自己整理的一些东西拿出来做一个系列,当做笔记留下来,供以后查阅算了. 一.抓取网页…

JAVA EXCEL API:是一开放源码项目,通过它Java开发人员可以读取Excel文件的内容.创建新的Excel文件.更新已经存在的Excel文件.使用该API非Windows操作系统也可以通过纯Java应用来处理Excel数据表.因为它是使用Java编写的,所以我们在Web应用中可以通过JSP.Servlet来调用API实现对Excel数据表的访问. 下载: 官方网站 http://www.andykhan.com/jexcelapi/ 下载最新版本(本人下的是jexcelapi_2_6…

终端输入: /usr/libexec/PlistBuddy -c "Print CFBundleIdentifier" /Users/achen/Desktop/testBundle/testBundle/Info.plist /usr/libexec/PlistBuddy 是系统工具的命令,用于操作plist文件. -c "Print CFBundleIdentifier" ,这里的CFBundleIdentifier 可以被替换为其他键值. /Users/ach…