文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

文献名:Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay(利用多重邻位延伸分析技术进行宫颈癌血浆蛋白候选生物标记物的鉴定研究) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019.04.01 IF:5.232 单位: 1.      乌普萨拉大学 2.      乌普萨…

题目:Metabolic Signatures of Cystic Fibrosis Identified in Dried Blood Spots For Newborn Screening Without Carrier Identification(新生儿筛查(不含携带者鉴定)中使用干血片鉴定囊性纤维化的代谢特征) 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 3, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00351…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

实验设计中,一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性,尤其在下游分析中.但有时会遇到没有生物学重复,而又需要进行差异分析的情况,这时一般建议考虑foldchange即可,因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛.但是如果必须要算一个P值(个人觉得没啥必要...),那么不同组学有各自处理的方法(虽然并不是靠谱),比如NGS的转录组的一些软件会预估一个离散度做校正,而质谱的蛋白组则是用Significance A/B算法,这篇文章主要讲下Significance A/B是怎么来的 一般在网上搜Si…

水稻是我国重要的粮食作物,稻曲病是水稻三大病害之一,不仅造成稻米产量损失,更重要的是稻曲球中的稻曲菌素的毒性和致畸作用,给人畜健康带来严重威胁.病原菌对植物的侵袭是由病原菌的毒力和植物免疫系统相互作用决定的.深入研究这种复杂的互作过程,对全面理解细菌如何引起植物病害以及植物如何保护自己免受病原菌侵染至关重要. 蛋白翻译后修饰(PTMs)在病原菌与植物互作过程中起关键作用.最新研究发现,组蛋白赖氨酸2-羟基异丁酰化(Khib)修饰是拟南芥.水稻.烟草等多种植物中保守的表观基因组标记,参与植物对暗诱…

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上.不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样).毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰. 主要特点: 支…

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…

文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 单位: 台湾桃园长庚大学医学院 台湾桃园林口长庚纪念医院 台湾台中国立中兴大学 物种:人唾液 技术:非靶向和靶向组学组学…