HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软…

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件…

NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transfor…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

最新phpstudy2016安装教程及流程,帮助站长快速搭建网站服务器平台! phpstudy软件简介 该程序包集成最新的Apache+Nginx+LightTPD+PHP+MySQL+phpMyAdmin+Zend Optimizer+Zend Loader,一次性安装,无须配置即可使用,是非常方便.好用的PHP调试环境.该程序绿色小巧简易迷你仅有32M,有专门的控制面板.总之学习PHP只需一个包. 最新版本,完美支持win10服务器,贿支持自定义php版本.对学习PHP的新手来说,WINDO…

PHP开发环境&MySQL下载安装及配置流程 因工作须要,从0開始学PHP,前几天看完视频教程后開始搞开发环境,到今天才好.这里把安装配置流程梳理一下分享出来. 一.概述 要搭建一个开发环境无非就是这么几步,下载->安装->配置.PHP的环境须要三样东西.php.mysql.apache(按序例如以下图),依照我的理解.它们各自是语言解释器.数据库.server. 二.下载 PHP100.com是个奇妙的站点,我从这上面找到了前两样东西的下载地址,apache的链似乎坏了.官网上也找不…

简介 一. Nodejs是什么? Node.js 是一个基于 Chrome V8 引擎的 JavaScript 运行环境.Node.js 使用了一个事件驱动.非阻塞式 I/O 的模型,使其轻量又高效.Node.js 的包管理器 npm,是全球最大的开源库生态系统. 二.我们为什么要学习Nodejs? 三.安装步骤流程: 1.   首先在我们官网下载Nodejs的安装包:https://nodejs.org/en/ 2.  下载完后进行nodejs安装.可自定义安装,默认是安装在C:\Progra…

安装 参考如下博文安装thttpd软件 http://blog.csdn.net/21aspnet/article/details/7045845 http://blog.csdn.net/dragoncheng/article/details/5614559 thttpd配置文件: root@fqs:/usr/local/bin# cat /usr/local/thttpd/conf/ etc/  logs/ man/  sbin/ www/  root@fqs:/usr/local/bin#…