转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并…

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分…

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl…

第1章 数据库介绍及mysql安装 1.1 数据库简介 数据库,简而言之可视为电子化的文件柜——存储电子文件的处所,用户可以对文件中的数据运行新增.截取.更新.删除等操作. 所谓“数据库”系以一定方式储存在一起.能予多个用户共享.具有尽可能小的冗余度.与应用程序彼此独立的数据集合. 1.1.1 什么是数据 数据是指对客观事件进行记录并可以鉴别的符号,是对客观 事物的性质.状态以及相互关系等进行记载的物理符号或这些物 理符号的组合.它是可识别的.抽象的符号. 1.1.2 数据库管理系统 非关系型数…

二.部署在本地服务器 在上次的学习过程中,我们主要进行了MongoDB运行环境的搭建和可视化工具的安装.此次我们将学习MongoDB有关的基本概念和在adminmongo上的基本操作.该文档中的数据库.集合等名称均无特殊意义,只是代指. 2.1配置环境变量 在文件资源管理器中找到可执行文件mongod.exe的路径,4.0版本默认路径为C:\Program Files\MongoDB\Server\4.0\bin. 我的电脑/此电脑(右键)→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量(S) 找到系统…

[转]数据库介绍(MySQL安装 体系结构.基本管理) 第1章 数据库介绍及mysql安装 1.1 数据库简介 数据库,简而言之可视为电子化的文件柜——存储电子文件的处所,用户可以对文件中的数据运行新增.截取.更新.删除等操作. 所谓“数据库”系以一定方式储存在一起.能予多个用户共享.具有尽可能小的冗余度.与应用程序彼此独立的数据集合. 1.1.1 什么是数据 数据是指对客观事件进行记录并可以鉴别的符号,是对客观 事物的性质.状态以及相互关系等进行记载的物理符号或这些物 理符号的组合.它是可识别…

数据库介绍 数据库(Database)是按照数据结构来组织.存储和管理数据的仓库,每个数据库都有一个或多个不同的API接口用于创建,访问,管理,搜索和复制所保存的数据. 我们也可以将数据存储在文件中,但是在文件中读写数据速度相对较慢,所以现在我们使用关系型数据库管理系统(RDBMS)来存储和管理的大数据量. 所谓的关系型数据库,是建立在关系模型基础上的数据库,借助于集合代数等数学概念和方法来处理数据库中的数据.   RDBMS即关系数据库管理系统(Relational Database Mana…

引言 redis是一个开源的.使用C语言编写的.支持网络交互的.可基于内存也可持久化的Key-Value数据库. redis数据结构 redis是一种高级的key:value存储系统,其中value支持五种数据类型: 字符串(strings) 字符串列表(lists) 字符串集合(sets) 有序字符串集合(sorted sets) 哈希(hashes) 而关于key,有几个点要提醒大家: key不要太长,尽量不要超过1024字节,这不仅消耗内存,而且会降低查找的效率: key也不要太短,太短的…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…