KEGG注释

使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系…

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG…

R包对植物进行GO，KEGG注释

1.安装,加载所用到到R包用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包…

AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释

️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站.通过它,能找到了几乎所有的注释资源.如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建. 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需数据库并下载 res <- query(ah,"Spinacia oleracea") spinach_org <…

GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

KEGG Pathway Anonatation

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE…

【豆科基因组】利马豆/洋扁豆Lima bean(Phaseolus lunatus L.)基因组2021NC

目录一.来源二.结果扁豆的染色体水平高质量组装扁豆相关农艺性状的QTL定位直系/旁系同源的演化和物种形成事件与农艺性状相关基因的直系同源物群体结构分析揭示扁豆遗传簇豆荚发育过程中的基因表达一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu…

【Perl示例】整合多个文件

这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点.这次以perl为例. 已知文件CT-VS-CON.All.xls为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果. 文件Homo_sapiens.ko为蛋白KEGG注释结果. 文件Homo_sapiens.fa为蛋白鉴定数据库(有的序列以多行展示). 需求将以上三表整合为一个表,输出需要的信息. 实现 #! /usr/bin/perl -w use strict; =pod Description: combine table Autho…

GO | KEGG的注释是怎么来的？

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons…

KEGG数据库的使用方法与介绍

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

kegg-kass注释--转载

在注释KEGG的时候,一直用到kaas,具体kaas是个什么东东,简单的总结一下吧. KEGG是由日本人搞的一个代谢图,收录基因和基因组的数据库,数据库可以分为 3大部分,基因数据库, 化学分子物质数据库,以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库,在KEGG数据库中,有一个"专有名词"KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K标签,KEGG ortho…

KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl…

KEGG and Gene Ontology Mapping in Bioinformatic Method

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

（转）基因芯片数据GO和KEGG功能分析

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组…

KEGG数据库介绍

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并…

手把手教你看KEGG通路图！

手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示: 1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图…

DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K…

【数据库】本地KEGG数据库如何拆分子库？

目录 KEGG本地库文件按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分…

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel…

植物GO注释

本文主要是对没有GO term库的植物进行注释. 1.选用AgriGo 进行注释,在agriGO中点击species后,查看与你目标物种相近的物种作为库 2.比如我以甜菜为例为了找到和GO term对应的ID,先找到PLAZA,进入网站https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/download/index 点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜,下载改ID对应的文件,进…

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------…

浅谈JSP注释

HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:  <table><tr><td>欢迎访问!</td></tr></table> 使用该方法注释的内容在客户端浏览器中是看不到的,但是可以通过查看页面源代码看到注释内容.查看源代码如下: <head> <met…

注释生成Api文档

1.开发背景最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口文档了.本来以前对这一块有点印象,但是并不熟悉,加上没有很强烈的要去使用的意图,所以一直没有弄.今天要感谢公司的大神,大家都叫他欧神,神一样的男人.让我用文档注释.然后就知道怎么弄了,以下是生成的流程. 2.生成方法先说生成的方法吧,免得一开始将注释规范可能读者觉得比较繁琐,而且注释规范基本上…

grep 查找bash脚本中的注释代码

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢…

在C#里面给PPT添加注释

平常开会或者做总结报告的时候我们通常都会用到PowerPoint演示文稿,我们可以在单个幻灯片或者全部幻灯片里面添加注释,这样观众可以从注释内容里面获取更多的相关信息. 有些朋友不清楚如何在幻灯片里面添加注释,下面我跟大家分享一下如何在C#里面为幻灯片添加注释. 在这里我使用了一个免费控件——Free Spire.Presentation,有兴趣的朋友可以下载使用. 需要添加的命名空间: using Spire.Presentation; using System.Drawing; 详细步骤和代…

设置eclipse中自动添加get,set的注释为字段属性的注释

一:说明首先具体来看一下是什么效果,上图可能会更清楚一点就是在get/set中自动加上属性的注释,那我们要怎么配置呢? 二:配置 2.1:下载附件下载附件 2.2:替换class 原生的eclipse是无法达到这个效果的,需要我们去修改里面的jar包才行. 我们找到eclipse的目录,然后用windows自带的搜索工具,搜索org.eclipse.jdt.ui_*.jar,*代表的是版本号. 我们先复制一份,备份出来,避免修改失败. 关闭eclipse. 用压缩软件打开这个jar,找到o…

go语言注释

Go语言注释实例代码教程 - Go支持C语言风格的/* */块注释,也支持C++风格的//行注释. 当然,行注释更通用,块注释主要用于针对包的详细说明或者屏蔽大块的代码. 每个包都应有一个包注解,即 package 前的块注解.对多个文件的包,包注解只需出现在一个文件中,随便哪个.包注解应该介绍此包,并作为一个整体提供此包的对应信息.它首先出现在 godoc 页面,来安排好后续的详细文档. 注解不需多余排版如星星横幅等.生成的结果呈现时可能不是等宽字体,所以不要靠空格对齐, godoc,类似 g…

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