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最近用R语言画图,plot 函数是用的最多的函数,而他的参数非常繁多,由此总结一下,以供后续方便查阅. plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL, log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes, panel.…
聚类分析:对样品或指标进行分类的一种分析方法,依据样本和指标已知特性进行分类.本节主要介绍层次聚类分析,一共包括3个部分,每个部分包括一个具体实战例子. 1.常规聚类过程: 一.首先用dist()函数计算变量间距离dist.r = dist(data, method=" ") 其中method包括6种方法,表示不同的距离测度:"euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra…
plot()是R中为对象作图的一个泛型函数(它的输出将根据所绘制对象类型的不同而变化):plot(x,y,type="b")表示将x置于横轴,y置于纵轴,绘制点集(x,y),然后使用线段将其连接:type="b"表示同时绘制点和线,使用help(plot)可以查看其它选项. 实例: > dev.new() # 打开一个新的图形窗口NULL> dose<-c(20,30,40,45,60)> drugA<-c(16,20,27,40,60…
画图从直觉上来讲就是为了更加清晰的展示时序数据所呈现的规律(包括趋势,随时间变化的规律(一周.一个月.一年等等)和周期性规律),对于进一步选择时序分析模型至关重要.下面主要是基于pandas库总结一下都有哪些常见图可以用来分析.总共有下面几种: 线形图 直方图和密度图 箱形图 热力图 滞后图 散点图 自相关图 (1)线形图 这是最基本的图了,横轴是时间,纵轴是变量,描述了变量随着时间的变化关系,图中显然也容易发现上述的潜在规律.直接上代码: # -*- coding: utf-8 -*- fro…
http://www.sthda.com/english/wiki/create-and-format-word-documents-using-r-software-and-reporters-package Install and load the ReporteRs R package Create a simple Word document Add texts : title and paragraphs of texts Format the text of a Word docum…
help.start()//打开帮助文档 q()//推出函数 ls()//返回处于现在名空间的对象名称 rm()//清楚对象:rm(list=ls())清除所有内存数据 gc()//垃圾回收数据 sqrt(x)//标准差 rnorm()函数 rnorm(n, mean = 0, sd = 1)   n 为产生随机值个数(长度),mean 是平均数, sd 是标准差,如果没有设置mean和sd的话,他们的默认值分别为0和1 . 使用该函数的时候后,一般要赋予它 3个值.rnorm() 函数会随机正…
线图 #定义 matplotlib.pyplot.plot() plot([x], y, [fmt], data=None, **kwargs) plot([x], y, [fmt], [x2], y2, [fmt2], ..., **kwargs) 解释说明: x和y分别代表坐标,x是可以不填,有默认值range(len(y)): 可选参数fmt是定义基本格式(如颜色.标记和线条样式)的便捷方式: #简单示例: plot(x,y) #默认的基本格式为"b-" plot(x,y,'bo…
Circos官网   http://circos.ca 在线绘图工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Circos图诞生于2009年,当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可为“Circos之父”,我们姑且尊称他为“马老师”.从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志,比如Nature.Science.Cell上.截…
最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找…
在Python调用R,最常见的方式是使用rpy2模块. 简介 模块 The package is made of several sub-packages or modules: rpy2.rinterface —— Low-level interface to R, when speed and flexibility matter most. Close to R’s C-level API. rpy2.robjects —— High-level interface, when ease-…