http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据…

[怪毛匠子]独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40-115984-1.html online tools http://chipseek.cgu.edu.tw/main_menu.py RSAT http://rsat.sb-roscoff.fr https://bioconductor.org/help/course-materials/2010/…

DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是基模么?基模是对DNA结合位点的一种描述.它有几种描述方式,一种是共同序列(consensus sequences)一种是位点倾向距阵(Position Specific Frequency Matrices(PSFM))而对于PSFM,有两种表示方式,一种叫PCM,一种叫PFM,前者是Positi…

DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al., BMC Bioinformatics 2007, 8(suppl 7):S21 dio:10.1186/1471-2105-8-s7-s21 DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在…

Problem To allow for the presence of its varying forms, a protein motif is represented by a shorthand as follows: [XY] means "either X or Y" and {X} means "any amino acid except X." For example, the N-glycosylation motif is written as…

Problem A common substring of a collection of strings is a substring of every member of the collection. We say that a common substring is a longest common substring if there does not exist a longer common substring. For example, "CG" is a common…

Problem Given two strings ss and tt, tt is a substring of ss if tt is contained as a contiguous collection of symbols in ss (as a result, tt must be no longer than ss). The position of a symbol in a string is the total number of symbols found to its…

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A…

Motif discovery is in loose terms the problem of finding interesting patterns in sequences. motif: interest patterns/ subsequences in sequences. two ways: 1. operate directly on sequences of real numbers, 2. operate on sequences of symbols. time seri…

化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-principle ab initio folding| 生命组学 对Protein的分析可以从Sequence到structure到function,最后研究interaction. Structure: 化学键形成骨架,化学元素的选取基于合成蛋白质选择容易获取的元素,氨基酸化学元素的选取决定了其结构,…

目录 Network Motifs Configuration Model Graphlets How to Find Motifs and Graphlets Structural Roles 转自本人:https://blog.csdn.net/New2World/article/details/105291956 大量真实网络都有一个规律,即这些网络都是由一些 building block 构成,类似 Kronecker 图有大量的重复结构.而我们需要一种度量方式来衡量某个结构在图中的显著…

Network Motif 文献调研 概述:Network motifs,可以认为是网络中频繁出现的子图模式,是复杂网络的"构建块".有两篇发表在science上的论文给出motif比较权威的解释:① MILO, Ron, et al将motifs描述为:recurring, significant patterns of inter-connections. ②BENSON et al. 将motif描述为:The most common higher-order structure…

Source: Connected Brain Figure above: Bullmore E, Sporns O. Complex brain networks: graph theoretical analysis of structural and functional systems.[J]. Nature Reviews Neuroscience, 2009, 10(3):186-198. Graph measures A graph G consisting of a set of…

本系列博客主要是以对战游戏为背景介绍3D对战网络游戏常用的开发技术以及C++高级编程技巧,有了这些知识,就可以开发出中小型游戏项目或3D工业仿真项目. 笔者将分为以下三个部分向大家介绍(每日更新): 1.实现基本通信框架,包括对游戏的需求分析.设计及开发环境和通信框架的搭建: 2.实现网络底层操作,包括创建线程池.序列化网络包等: 3.实战演练,实现类似于CS反恐精英的3D对战网络游戏: 技术要点:C++面向对象思想.网络编程.Qt界面开发.Qt控件知识.Boost智能指针.STL算法.STL.…

openGL是一个强大的底层图形库,其命令最初的时候使用C语言实现的.openGL定义了一个图形程序接口,常用于制作处理三维图像,功能强大,调用方便,在图像处理十分受欢迎. 实现图形主要使用的是openGL的一个工具包:GLUT. GLUT (pronounced like the glut in gluttony) is the OpenGL Utility Toolkit, a window system independent toolkit for writing OpenGL prog…

Qt with OpenCascade 摘要Abstract:详细介绍了如何在Qt中使用OpenCascade. 关键字Key Words:Qt.OpenCascade 一.引言 Introduction 1.1 Overview of Qt Qt是1991年奇趣科技开发的一个跨平台的C++图形用户界面应用程序框架.它提供给应用程序开发者建立艺术级的图形用户界面所需的所有功能.Qt很容易扩展,并且允许真正地组件编程.基本上,Qt同X Window上的Motif,Openwin,GTK等图形界面库…

小编心语:现下,各种视频播放软件层出不穷,竞争也越演越烈,不知道大家有木有这个想法,小编有时在想能不能做一款属于自己的视频播放器呢~小编特意去实验楼,整理出了这篇关于如何实现简易视频播放器的博文.简易播放器,你值得拥有~ 友情提示:这里只是前篇,只是一些简单的功能,其他功能将会在后篇为大家介绍—— C语言基于GTK+Libvlc实现的简易视频播放器 一.课程说明 如果你学习过之前上线的pygtk实现有道词典的项目课,那应该对gtk的使用有一些了解了,这个项目课学起来会相对轻松一些. 关于Gtk或…

原文:http://homepages.ulb.ac.be/~dgonze/TEACHING/bioinfo_glossary.html Affine gap costs: A scoring system for gaps within alignments that charges a penalty for the existence of a gap and an additional per-residue penalty proportional to the gaps length…

Java'中的几种Look and Feel 1.Metal风格 (默认) String lookAndFeel = "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"; UIManager.setLookAndFee(lookAndFeel); 2.Windows风格 String lookAndFeel = "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"; UIManage…

Oracle EBS R12 (12.1.3) Installation Linux(64 bit) Contents Objective. 3 1 Download & Unzip. 3 Download. 3 Unzip. 3 MD5 Checksums. 4 2 Pre-Install Task. 5 Disk Space. 5 Specific Software Requirements. 5 RPM... 6 JDK. 8 OS User & Group. 11 3 Instal…

Emacs 版本:http://mirror.bjtu.edu.cn/gnu/emacs/emacs-24.5.tar.gz CentOS 内核版本:2.6.32-573.el6.x86_64 参考资料: [1] http://blog.itpub.net/7719012/viewspace-1163875/ [2] http://www.tuicool.com/articles/umAVzm [3] /[Your Emacs Directory]/emacs-24.5/INSTALL 源码安装…

关于wxWidgets的优越已经在它的官方网站有所阐述,本文不再赘述. 本系列主要记录学习这个软件包过程中遇到的问题以及心得. 1.  安装 从源码安装虽然大多时候不是一件轻松的过程,但是基于以下两个优点作者选择从源码安装.(顺便提一句如果是Linux的新手,首要的选择还是看看正在使用的发行版本所提供的package管理工具,诸如apt .yast等) 在解决各种依赖关系的时候能够认识不少接受程度比较高的库 好奇的时候可以潜入到源码中去看看究竟. 1.1 下载源码 源码下载地址,点这里.我选择的…

转自:http://www.math.org.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=14819&extra=&page=1 原作者: wcboy 现在的论坛质量比以前差了,大部分都是来解题问答的,而且层次较低.以前论坛中,Qullien很令人印象深刻,但愿他能在国外闯出一片天空.现在 基础数学版代数&数论子版中那几个讨论代数几何的还不错.不期望目前论坛出现很多高层次高手,高层次高手应该站在好课题上高观点讨论数学,出 现这样的网友,看他们的言论非常过…

这是个精心编排的列表,它包含了优秀的 iOS 框架.库.教程.XCode 插件.组件等等. 这个列表分为以下几个部分:框架( Frameworks ).组件( Components ).测试( Testing )和其他的开源项目,免费的和付费的服务.每个部分中的项目没有先后顺序,均是按照提交的先后顺序排列的. Swift 语言写成的项目会被标记为 ★ ,AppleWatch 的项目则会被标记为 ▲.你可以自由添加你的项目. 整理项目:链接:https://github.com/jobbole/a…

今天早上起来开机发现Ubuntu进不去了,启动项选择之后长时间的black of screen,击键盘.点鼠标毫无反应,后来实在等不下去了就按了一下电源键,以平时的性格就是强制关机的,这次轻轻碰一下就关掉了.由于怀疑是给强制关掉了,又试了一下,发现不是强制关机.没办法,只能进入恢复模式,试了clean然后直接退回正常启动的选项,这次可以看到东西了,跟server的命令界面一样,除了中文名全为钻石乱码.试了一下statx,这条命令便是server进入GUI的命令,返回了未安装xinit的消息,但是…

该Qt4项目以前是使用Qt4.7.4 MSVC2008开发的,因为使用到了OWC10(Office Web Components),使用MSVC编译器的话无法正常升级到Qt4.8.x和Qt5,于是将编译器转成了MinGW4.7,Qt升级到了4.8.4.今天Qt 5.0.1-MinGW预编译版本发布了,于是就拿它练手,将它升级到Qt5,以减少系统中存在的多个Qt版本 .遇到的问题如下: 1.  由于Qt5将大部分桌面部件移到了Qt Widgets模块中,所以在.pro中要增加下面一行 QT += …

Java'中的几种Look and Feel1.Metal风格 (默认)String lookAndFeel = "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel";UIManager.setLookAndFeel(lookAndFeel);2.Windows风格String lookAndFeel = "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel";UIManager.set…

Java'中的几种Look and Feel 1.Metal风格 (默认) String lookAndFeel = "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"; UIManager.setLookAndFee(lookAndFeel); 2.Windows风格 String lookAndFeel = "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"; UIManage…

http://www-igm.univ-mlv.fr/~lecroq/string/node14.html Main features performs the comparisons from right to left; preprocessing phase in O(m+) time and space complexity; searching phase in O(mn) time complexity; 3n text character comparisons in the wo…

转自http://biancheng.dnbcw.info/linux/417992.html 命令: qsub   -  submit a batch job to Grid Engine. qsh    -  submit an interactive X-windows session to Grid Engine. qlogin -  submit an interactive login session to Grid Engine. qrsh   -  submit an inter…