R data formats: Rdata Rda Rds 1.概念 rds是R语言中利用二进制保存的源文件,加载readr包以后,使用write_rds(x,file='x.rds')保存文件,read_rds('x.rds')读取文件,比csv的好处是加载rds文件时不需要花时间再进行列项匹配,速度更快.…

由于基因组数据过大,想进一步用R语言处理担心系统内存不够,因此想着将文件按染色体拆分,发现python,awk,R 语言都能够非常简单快捷的实现,那么速度是否有差距呢,因此在跑几个50G的大文件之前,先用了244MB的数据对各个脚本进行测试,并且将其速度进行对比. 首先是awk处理,awk进行的是逐行处理,具有自己的语法,具有很大的灵活性,一行代码解决,用时24S, #!/usr/bin/sh function main() { start_tm=date start_h=`$start_tm…

https://www.datamentor.io/r-programming/data-frame/ Check if a variable is a data frame or not We can check if a variable is a data frame or not using the class() function. > x SN Age Name 1 1 21 John 2 2 15 Dora > typeof(x) # data frame is a specia…

东莞市 东莞城市标志 东莞城市标志 1985年,广东省东莞县经国务院批准列为珠江三角洲经济开发区,同年9月撤消东莞县,建立(县级)东莞市,1988年1月升格为地级市.东莞市是全国五个不设市辖区的地级市之一,直属广东省.行政区划代码:441900,区号:0769 .截至2011年10月10日,东莞市辖32个镇(街道):其中包括4个街道(莞城街道.南城街道.东城街道.万江街道):28个镇(石碣镇.石龙镇.茶山镇.石排镇.企石镇.横沥镇.桥头镇.谢岗镇.东坑镇.常平镇.寮步镇.大朗镇.黄江镇.清溪镇.…

最近换了小米手机做自动化测试,执行命令的时候报安装失败错误,错误如下 解决:设置小米允许USB安装就好了 pm install -r "/data/local/tmp/com.macaca.android.testing"…

NVIDIA TensorRT supports different data formats NVIDIATensorRT公司 支持不同的数据格式.需要考虑两个方面:数据类型和布局.              数据类型格式 数据类型是每个单独值的表示.它的大小决定了值的范围和表示的精度:它们是FP32(32位浮点或单精度).FP16(16位浮点或半精度).INT32(32位整数表示)和INT8(8位表示). 布局格式 布局格式决定了存储值的顺序.通常,批处理维度是最左边的维度,其他维度是指图像…

################################################### 问题:数据框 data.frame 查.排序等,   18.4.27 怎么对数据框 data.frame实施 查询位置.查询满足条件的个案数..排序. ??? 解决方案: #查询位置 weizhi <- which(iris$Sepal.Length >= 6.9)   #返回一个向量,显示的是所有 >=6.9的行的行号 max(iris$Sepal.Length)    #[1] 7…

################################################### 问题:生成.操作数据框   18.4.27 怎么生成数据框 data.frame.,,及其相关操作 ??? 解决方案: iris[,2,drop = FALSE]   #用drop参数,控制截取的子集所生成变量的格式,为单列的"数据框" dfm1 <- cbind(c1,c2,c3,c4);   #cbind 要求向量c1 c2 c3 c4长度必须一样. dfm2 <-…

Reading Data There are a few principal functions reading data into R. read.table, read.csv, for reading tabular data readLines, for reading lines of a text file source, for reading in R code files (inverse of dump) dget, for reading in R code files (…

转载:http://quweiprotoss.wap.blog.163.com/ Push data to Solr or have Solr pull it 尽管一个应用通过HTTP方式与Solr通信,并不意味着它需要将文档通过HTTP发送给Solr.Solr支持一种它称为remote streaming的方式,这种方式需要提供给它一个URL,它可以是一个HTTP URL,但一般它是一个基于文件系统的URL,基于文件系统的URL,可以在数据已经在Solr所在的本机或是在网络驱动中时可以使用.这…

In preparation for a R Workgroup meeting, I started thinking about what would be my "Top 5 R Functions". I ruled out the functions for basic mechanics - save, load, mean, etc. - they're obviously critical, but every programming language has them…

SparkR (R on Spark) 概述 SparkDataFrame 启动: SparkSession 从 RStudio 来启动 创建 SparkDataFrames 从本地的 data frames 来创建 SparkDataFrames 从 Data Sources(数据源)创建 SparkDataFrame 从 Hive tables 来创建 SparkDataFrame SparkDataFrame 操作 Selecting rows(行), columns(列) Groupin…

文章标题 Introducing DataFrames in Apache Spark for Large Scale Data Science 一个用于大规模数据科学的API——DataFrame 作者介绍 Reynold Xin, Michael Armbrust and Davies Liu 文章正文 Today, we are excited to announce a new DataFrame API designed to make big data processing even…

Index Data Author: David Smiley Eric Pugh 译者:Koala++ / 屈伟 在这一章中我们将了解如何将数据传入Solr.这个传入的过程称之为索引,尽管中间还包含了导入的过程.本章的结构如下: l  与Solr交互. l  以Solr的Update-XML格式发送数据. l  提交,优化,回滚和删除. l  以CSV 格式发送数据. l  通过Solr的DataImportHandler直接读数据库和XML. l  通过Solr的ExtractingRequ…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

R in Nutshell 前言 例子(nutshell包) 本书中的例子包括在nutshell的R包中,使用数据,需加载nutshell包 install.packages("nutshell") 第一部分:基础 第一章 批处理(Batch Mode) R provides a way to run a large set of commands in sequence and save the results to a file. 以batch mode运行R的一种方式是:使用系统…

基​于​W​D​M​模​型​的​A​V​S​t​r​e​a​m​驱​动​架​构​研​ 这篇论文2006年早就发表, 与当时开发这个驱动正好几乎相同的时间. 近期实际项目须要, 又回过头来将AVStream中的主要框架列举一下. 整个框架由: KSDevice KSFilter KSPin所构成 KSDevice负责了PNP相关的DISPATCH, 如START, STOP, ADD, REMOVE KSFilter构成软件AVSTREAM设备的DISPATCH, 这就是所谓的FILTER CEN…

RStudio介绍超详细的教程:https://www.jianshu.com/p/132919ca2ca9 前辈的心得:https://blog.csdn.net/kMD8d5R/article/details/78967610 管道:%>% grep(pattern = "an", x, value = T) / grep(pattern = "", replacement = "**", x) date : library(lubri…

本文知识点:     1潜在畸形页面使用htmlTreeParse函数 2startElement的用法 3闭包 4handler函数的命令和函数体主要写法 5节点的丢弃,取出,取出标签名称.属性.属性值.内容 6修改树中节点的属性.节点计数.存储节点 7匿名函数写法 8xmlHashTree函数和xmlRoot函数和trun参数(此条存疑) 9编码 10try和trycatch,中断 11xinclude   原书中虽然主要是关于HTML的,但是我想把重心放在2.4解析一节的内容,进行扩充和增…

旅行商问题 北工商-经研143班共有30位同学,来自22个地区,我们希望在假期来一次说走就走的旅行,将所有同学的家乡走一遍.算起来,路费是一笔很大的花销,所以希望设计一个旅行方案,确保这一趟走下来的总路程最短. 旅行商问题是一个经典的NP问题 NP就是Non-deterministic Polynomial,即多项式复杂程度的非确定性问题,是世界七大数学难题之一. 如果使用枚举法求解,22个地点共有: (22-1)!/2 = 25545471085854720000 种路线方案 GA算法 遗传算…

R data analysis examples 功效分析 power analysis for one-sample t-test单样本t检验 例1.一批电灯泡,标准寿命850小时,标准偏差50,40小时的差值是巨大的,此研究设定效应值d= (850-810)/50,希望有90%的可能检测到,即功效值为0.9,还希望有95%的把握不误报显著差异, 问需要多少支电灯泡. H0=850,HA=810 library('pwr') pwr.t.test(d=(850-810)/50,power=0.…

很多时候,mysql的数据会非常大,数据默认放在/var/lib/mysql,由于/var所划分的空间不够大,所以我们需要将mysql数据存放路径修改一下,放到大分区里面,以便可以应付mysql数据增长. 1.设置新的存放路径 mkdir -p /data/mysql 2.复制原有数据 cp -R /var/lib/mysql/* /data/mysql 3.修改权限 chown -R mysql:mysql /data/mysql 4.修改配置文件 vim /etc/mysql/my.cnf…

android DDMS 连接真机(己ROOT),用file explore看不到data/data文件夹的解决办法 问题是没有权限,用360手机助手或豌豆荚也是看不见的. 简单的办法是用RE文件管理器(授予root权限),把data和data/data设置成777权限 注意:用RE管理器打开看到默认不是777的,只是可读写还是不够的. 另外就是使用adb shell命令,但android下的shell是阉割了的 不能用-R参数 既使su到root帐号也执行不了 C:\Documents and…

此书网上有英文电子版:Machine Learning with R - Second Edition [eBook].pdf(附带源码) 评价本书:入门级的好书,介绍了多种机器学习方法,全部用R相关的包实现,案例十分详实,理论与实例结合. 目录 第一章 机器学习简介 第二章 数据的管理和理解 第三章 懒惰学习--使用近邻分类 第四章 概率学习--朴素贝叶斯分类 第五章 分而治之--应用决策树和规则进行分类 第六章 预测数值型数据--回归方法 第七章 黑箱方法--神经网络和支持向量机 第八章 探…

1.先查找备库控制文件路径 先在备库上找出控制文件的路径,通过和主库一样,不过为了以防万一,还是check为好. SQL>  select name from v$controlfile; NAME -------------------------------------------------------------------------------- /Oracle/app/oracle/oradata/powerdes/control01.ctl /oracle/app/oracle/…

MySQL簇概述 MySQL簇是一种技术,该技术允许在无共享的系统中部署“内存中”数据库的簇.通过无共享体系结构,系统能够使用廉价的硬件,而且对软硬件无特殊要求.此外,由于每个组件有自己的内存和磁盘,不存在单点故障. MySQL簇将标准的MySQL服务器与名为NDB的“内存中”簇式存储引擎集成了起来.在我们的文档中,术语NDB指的是与存储引擎相关的设置部分,而术语“MySQL簇”指的是MySQL和NDB存储引擎的组合. MySQL簇由一组计算机构成,每台计算机上均运行着多种进程,包括MySQL服…

While R's base graphics library is almost limitlessly flexible when it comes to create static graphics and data visualizations, new Web-based technologies like d3 and webgl open up new horizons in high-resolution, rescalable and interactive charts. G…

Introduction Deep learning is a recent trend in machine learning that models highly non-linear representations of data. In the past years, deep learning has gained a tremendous momentum and prevalence for a variety of applications (Wikipedia 2016a).…

What Is It? A hash table, or associative array, is a well known key-value data structure. In R there is no equivalent, but you do have some options. You can use a vector of any type, a list, or an environment. But as you’ll see with all of these opti…

In this post I will run SAS example Logistic Regression Random-Effects Model in four R based solutions; Jags, STAN, MCMCpack and LaplacesDemon. To quote the SAS manual: 'The data are taken from Crowder (1978). The Seeds data set is a 2 x 2 factorial…