细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两…

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1…

DStream转换操作包括无状态转换和有状态转换. 无状态转换:每个批次的处理不依赖于之前批次的数据. 有状态转换:当前批次的处理需要使用之前批次的数据或者中间结果.有状态转换包括基于滑动窗口的转换和追踪状态变化的转换(updateStateByKey). DStream无状态转换操作包括: map(func) :对源DStream的每个元素,采用func函数进行转换,得到一个新的DStream: * flatMap(func): 与map相似,但是每个输入项可用被映射为0个或者多个输出项: *…

几乎每个应用系统都需要通过访问数据来完成工作.要想使用领域设计方法,你就需要为实体类定义和构建资源库来实现领域对象的持久化.目前开发人员经常使用JPA来实现持久化库.JPA让持久化变得非常容易,但是仍然需要编写很多模板代码.Hades是一个开源库,基于JPA和Spring构建,通过减少开发工作量显著的改进了数据访问层的实现.本文是Hades的向导性教程,会带你走进Hades的世界,帮助你了解Hades在数据持久化方面能为你做些什么,并简要介绍了最新的2.0版本的新特性.…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

前言:“我们有一个订单列表,希望能够根据当前登陆的不同用户看到不同类型的订单数据”.“我们希望不同的用户能看到不同时间段的扫描报表数据”.“我们系统需要不同用户查看不同的生产报表列”.诸如此类,最近经常收到项目上面的客户提出的这种问题,即所谓的“数据权限”,经过开会讨论决定:在目前的开发框架上面搭建一套通用的数据权限功能. 本文原创地址:http://www.cnblogs.com/landeanfen/p/7760803.html 一.大话权限模块 有了上面的引言,自然而然就引出了今天需要和大…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

线程概述 在应用程序中,不同的程序块是可以同时运行的,这种多个程序块同时运行的现象被称作并发执行. 多线程可以使程序在同一时间内完成很多操作. 多线程就是指一个应用程序中有多条并发执行的线索,每条线索都被称作一个线程 进程Process 在一个操作系统中,每个独立执行的程序都可称之为一个进程,也就是“正在运行的程序”. 线程Thread 一个程序至少有一个进程,一个进程至少有一个线程.进程在执行过程中拥有独立的内存单元 在java中一个正在执行的程序.程序运行中至少有两个线程在运行,一个是主函数…

第五章 数据构建 在数据处理过程,我们经常会遇到这样的情况:大多数时候,用户最初输入的数据会含有大量无意义的.杂乱的信息,需要经过提炼.收集.汇总等一系列手段,才能产生有意义和用户可识别的数据内容:当数据长时间使用后,因为删除.更新操作的缘故,会在磁盘上产生大量数据碎片,这些数据碎片影响到正常的数据读写,为此需要做定时的数据整理工作,来保证一个高效的数据存取环境:有时候,出于便利和效率的需要,我们需要把多个表的不同字段组合到一起,形成一个宽表,来方便我们分析调用,或者能够清晰.直观地展示给客户:…

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