输入文件: fastq格式 输出结果: kmer的频数和对应的kmer类型 系统环境Ubuntu单机版17.01 spark版本2.7 此次测试主要用到了RDD的函数foreach和zipWithIndex,zipWithIndex这个函数是可以直接对gz文件进行操作的 python的主要通过lambda函数来进行操作 测试代码如下 fastq='/home/yueyao/Spark/00.data/reads.left.fq.gz' fq_rdd = sc.textFile(fastq) fq…

将得到的xml格式的数据转化成数组 <?php //构造xml $url = "http://api.map.baidu.com/telematics/v3/weather?location=太原&output=xml&ak=6b219a615eb77699a10eb54054959a2e"; // $xmldata = file_get_contents($url); //将请求到的文件内容读入到一个字符串中 $xmlResult = simplexml_loa…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

1.读文件 通过 sc.textFile(“file://") 方法来读取文件到rdd中. val lines = sc.textFile("file://")//文件地址或者HDFS文件路径 本地地址 "file:///home/hadoop/spark-1.6.0-bin-hadoop2.6/examples/src/main/resources/people.json" HDFS文件地址 "hdfs://112.74.21.122:9000…

Spark Structured Streaming目前的2.1.0版本只支持输入源:File.kafka和socket. 1. Socket Socket方式是最简单的数据输入源,如Quick example所示的程序,就是使用的这种方式.用户只需要指定"socket"形式并配置监听的IP和Port即可. val scoketDF = spark.readStream .format("socket") .option("host","…

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

话不多说,直接进入主题. 需求:基于Http请求接收Json格式数据,返回Json格式的数据. 整理:对接收的数据与返回数据进行统一的封装整理,方便处理接收与返回数据,并对数据进行验证,通过C#的特性对token进行验证,并通过时间戳的方式统一处理接收与返回的时间格式. 请求Json格式: { "Cmd": "login", "Token": "", "PageNo": 0, "OnePageNu…

Ajax的应用在平时的工作中,很是常见,这篇文章,完全是为了,巩固复习. 我们先看看不使用json格式返回分部视图: 先说需求吧: 我有两个实体,一个是出版商[Publisher],一个是书[Book](很显然这是一对多的关系,一个出版商可以出版很多书籍,一本书只有一个出版商.),这里,我要实现的是,在出版商页面,使用DropDownList加载出来有哪些出版商,然后选择出版商的时候,异步加载分部视图,加载这个出版商出版的书籍的数据. 打算使用EF来做,也当是一个复习吧: 1.首先新建一个空白的…

Asp.net mvc在接收的是JSON格式的数据,但是奇怪的是在IE中提示下载文件,其他浏览器中一切正常,下载后,里面的内容就是在控制器中返回的数据.代码如下: 视图中js代码: $("#form").ajaxSubmit({                    type: "POST",                    url: "/controller/action/",                    datatype: &…

      前言:以前做过的一个项目,有这样的一个需求使用搜索引擎来查询对应的区域信息,不过区域信息要先导出来,并且数据格式是JSON格式的,在程序中能实现这个需求,不过下面的这种方法更加的简单,通过SQL+SQLyog工具的特点直接将区域信息以JSON格式的形式导出来! 1:区域表的结构信息 2:区域关系表的结构信息 3:这个SQL语句是本次博文的核心,就是用他来拼出JSON格式的数据的,当然,仔细的看一下的话也比较简单,只是这种思路值得小记一笔 SELECT '{"regionId"…