DNA是由两条链组成的, 这两条链按反相平行的方式盘旋成双螺旋结构 DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接, 排列在外侧, 构成基本骨架; 碱基排列在内侧. 两条链上的碱基通过氢键连接成碱基对, 并且其配对有一定的规律: A(腺嘌呤)\(\Leftrightarrow\)T(胸腺嘧啶), G(鸟嘌呤)\(\Leftrightarrow\)C(胞嘧啶). 碱基之间的这种一一对应关系, 叫做碱基互补配对.…

生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法也越来越成熟.2011年,著名杂志<Science>发表一篇引起轰动的文章:<Presenting the Human Genome:Now is 3D!>,这篇文章全然给我们描写叙述了人类基因组測序未来的蓝图,可见3D技术在非常多领域都是发展方向. 使用mono能够高速的创建DNA分子结构立体模型,效果例如以下: 当然简单的呈现DNA分子结构,不过一部分功能,假设将…

对生物有一定了解的朋友都知道DNA是染色体的重要组成部分,DNA结构中包含重要的遗传物质,孩子的DNA来自父母DNA的组合,这就是为什么“一家人相像”的奥秘所在.ChemDraw虽然号称是化学结构绘制工具但是它并不仅仅只能够用于化学领域,生物领域也是可以使用的.使用其他图形编辑器绘制DNA结构并不是一件特别简单的事情,但是使用ChemDraw的话就会变得异常简单,本ChemDraw教程将指导使用ChemDraw绘制DNA结构的技巧. 一.使用非ChemDraw绘制DNA结构 DNA分子是以4种脱…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

来源:Kerson Huang, Lectures on Statistical Physics and Protein Folding, pp 24-25 把双链DNA解开就像拉拉链.设DNA有\(N\)个链环(link),每个链环有两种状态:闭合着或打开着,后一种状态比前一种状态的能量高\(\Delta\).打开的链环连续地排在一起,闭合的链环连续地排在一起,如下图所示.由于热涨落,链环会自发闭合或打开.问:打开的链环平均有多少? DNA的拉链模型 DNA的可能状态用打开的链环数目标记,\(…

题目链接 题意: 给n串有疾病的DNA序列,现有一串DNA序列,问最少修改几个DNA,能使新的DNA序列不含有疾病的DNA序列. 思路: 构建AC自动机,设定end结点,dp[i][j]表示长度i的前缀串走到自动机的j点最少需要修改几个DNA.状态转移方程.那么只要转移到下一个的DNA不是end结点就能转移,如果下一个DNA不和原序列不一样就+1. #include <bits/stdc++.h> const int N = 50 + 5; const int M = 1000 + 5; co…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================…

参考资料: [cfDNA专题]cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好) ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗? cfDNA你懂多少? 新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓 游离DNA Cell-Free DNA (cfDNA) Isolation 游离DNA (circulating cell free DNA,cfDNA),是一种在细胞外呈现游离状态且无细胞状态的的DNA,广泛存在于动植物及人类的血清.血浆.脑脊液.尿液.痰液或粪便当中.过去,…

Problem In DNA strings, symbols 'A' and 'T' are complements of each other, as are 'C' and 'G'. The reverse complement of a DNA string ss is the string scsc formed by reversing the symbols of ss, then taking the complement of each symbol (e.g., the re…

Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi…

Problem A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number of symbols that it contains. An example of a length 21 DNA string (whose alphabet contains the symbol…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

题目大意:给出m个疾病基因片段(m<=10),每个片段不超过10个字符.求长度为n的不包含任何一个疾病基因片段的DNA序列共有多少种?(n<=2000000000) 分析:本题需要对m个疾病基因片段构建一个AC自动机,自动机中的每个节点表示一个状态.其中AC自动机中的叶子节点表示的是病毒,所以是非法状态.同时,如果某个节点到根的字符串的后缀是一个病毒,那么该节点也是非法状态.剔除掉所有的非法状态,那么剩下的节点都表示合法状态了.然后用节点的nxt指针表示状态之间转化关系.若nxt[i]==0,…

题意: 生物课上我们学到,DNA序列中只有A, C, T和G四种片段. 经科学发现,DNA序列中,包含某些片段会产生不好的基因,如片段"ATC"是不好片段,则"AGATCC", "CATCAA", "ATCATC"都是不好的DNA序列,这些不好片段我们可以称为病毒片段. 现在已知m个病毒片段, 然后给定一个DNA串,问如果使用最少的修改(将DNA中的某个字母,变为其他字母,比如A变T,但变的字母也只能是"ACTG&q…

题意: 生物课上我们学到,DNA序列中只有A, C, T和G四种片段. 经科学发现,DNA序列中,包含某些片段会产生不好的基因,如片段"ATC"是不好片段,则"AGATCC", "CATCAA", "ATCATC"都是不好的DNA序列,这些不好片段我们可以称为病毒片段. 现在已知m个病毒片段, 问长度为n的DNA序列,有多少种可能不包含病毒片段.答案可能很大,取模 100000. [数据规模和约定] 0<=m<=1…

首先是昨天在北京大学oj网上看到一个简单的算法题目,虽然简单,但是如何完成一段高效.简洁.让人容易看懂的代码对于我这个基础不好,刚刚进入计算机行业的小白来说还是有意义的.而且在写代码的过程中,会发现自己平时学习中不会发现的问题,所以想写下这个博客,主要是便于自己对算法的理解. 来,上题. DNA Sorting Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 91599   Accepted: 36781 Descript…

这题比较简单,重点应该在如何减少循环次数. package practice; import java.io.BufferedInputStream; import java.util.Map; import java.util.Scanner; import java.util.TreeMap; /** * DNA sorting * * @author caiyu * @date 2014-11-5 */ public class POJ1007 { public static void m…

基因修复 题目大意:给定一些坏串,再给你一个字符串,要你修复这个字符串(AGTC随便换),使之不含任何坏串,求修复所需要的最小步数. 这一题也是和之前的那个1625的思想是一样的,通过特殊的trie树找到所有的状态然后一个一个枚,具体状态转移的思想可以在1625那里看 当然了这一题不是像1625那样求总的组合数,这一题也是DP,求的是最小值,那么我们也是一样,统计从合法状态中转移到任何一个状态最小值即可. 状态转移方程dp[i+1][转移状态]=min(dp[i+1][转移状态],dp[i][当…

DNA排序 题目大意:给定多个ACGT序列,按照字母顺序算出逆序数,按逆序数从小到大排列 这题其实很简单,我们只要用一个归并排序算逆序数,然后快排就可以了(插入排序也可以,数据量不大),但是要注意的是他要保持原来的顺序,fcmop那里要写当a.inverse=b.inverse时,返回0 #include <iostream> #include <functional> #include <algorithm> using namespace std; typedef…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

DNA Sorting Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 80832   Accepted: 32533 Description One measure of ``unsortedness'' in a sequence is the number of pairs of entries that are out of order with respect to each other. For instanc…

题目链接:51nod 1445 变色DNA 看了相关讨论再去用最短路:val[i][j]之间如果是'Y',说明i可以到达j,并且i到达j的代价是i那行 1到j-1 里面'Y'的数量. 最后,求 0到n-1的最短路. 感觉读懂了题意就真的简单了.. #include<cstdio> #include<cstring> #include<algorithm> #include<vector> #include<queue> #define CLR(a…

问题描述:计算DNA中每种核苷酸的数目 输入文件内容: 代码: 输出结果:…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

Q:DNA排序 总时间限制:1000ms内存限制:65536kB 描述 给出一系列基因序列,由A,C,G,T四种字符组成.对于每一个序列,定义其逆序对如下: 序列中任意一对字符X和Y,若Y在X的右边(不一定相邻)且Y < X,则称X和Y为一个逆序对. 例如GAC这个序列,其中GC,GA都是逆序对. 一个序列的逆序对越多,则认为其"无序度"越高.你的任务是将基因按照无序度从小到大的顺序排序,如果存在无序度相同的序列,则按照原始输入顺序输出. 输入首先是基因序列的长度n(0 <…

这道题挺简单的,刚开始理解错误,以为是从已有的字符串里面求最短的距离,后面才发现是求一个到所有字符串最小距离的字符串,因为这样的字符串可能有多个,所以最后取最小字典序的字符串. 我的思路就是求每一列每个基因A.C.G.T的数量,找到最大值,最大值可能不止一个,但是锁定字典序最小的那个为所求字符串当前列的值,求解实例如下所示 TATGATACTAAGCTACAAAGATCCTGAGATACTAAGATGT 对于上述字符串,第一列A,C,G,T的值分别为1,0,0,4,可见最大值为4,说明当前列到每…

今天受邀参加了2016年ThoughtWorks公司成都分公司的2016年第一期DNA活动. 什么是DNA? DNA 即 Design And Analysis.设计与分析.这个活动主要是针对产品经理的,我一个码农也去参加了,多多少少还是有一些收获. ThoughtWorks这家公司给我的印象是很不错的,没参加该活动之前也对这家公司有一定的了解,公司的氛围也是很不错的.美女很多哈,据说该公司招聘比较均衡,男女比例近乎1:1,对码农是多么幸福的事情. 好了,废话不多说了.先看看我画的一张图,第一次…

问题:Biologists finally invent techniques of repairing DNA that contains segments causing kinds of inherited diseases. For the sake of simplicity, a DNA is represented as a string containing characters 'A', 'G' , 'C' and 'T'. The repairing techniques a…

DNA Alignment time limit per test 2 seconds memory limit per test 256 megabytes input standard input output standard output Vasya became interested in bioinformatics. He's going to write an article about similar cyclic DNA sequences, so he invented a…