RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据. 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心.打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 (外显子和目标区域测序) RNA-seq测序 - 基因表达 (smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切) 甲基化测序 ChIP-seq和ATAC-seq 蛋白组 - 所有蛋白的变化 代谢组 - 植物…

paper:cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) - genome上的eQTL位点及其对特定组织的特定基因表达的影响,同时包含了不同eQTL之间的LD关系.这个整合多个疾病的数据.正如其名,该数据包含了genotype.…

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白. 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平. 特性:远距离效应,无方向性. 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶…

易基因(羟)甲基化DNA免疫共沉淀测序(h)MeDIP-seq研究成果见刊<Journal of Clinical Investigation> 2022年5月2日,中南大学湘雅二医院赵明教授团队.中国医学科学院皮肤病医院陆前进教授团队合作在Journal of Clinical Investigation上发表了题为"Iron-dependent epigenetic modulation promotes pathogenic T cell differentiation in…

基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻,是由沃丁顿在1957年提出的.他将细胞分化比喻作从高处沿山坡滚落下的小球,直到一个稳定的盆地 (basin),该盆地也就代表一定的分化状态.小球最开始能量较高,处于不稳定状态,对应干细胞等未分化的细胞状态,小…

生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS  遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and 3 stop codons. EPIGENETICS  表观遗传学 RNA Code: Non-coding RNA, miRNA, Alternative Splicing CpG Code:…

何川,RNA表观遗传学开创者.早年毕业于中国科技大学,2000年获麻省理工学院博士学位,2000到2002年在哈佛大学做博士后研究,2002年至今执教芝加哥大学化学系, 是芝加哥大学生物物理动态研究所主任, 北京大学合成与功能生物分子中心主任. 目前主要从事化学生物学.核酸化学和生物学.表观遗传学.分子生物学.生物无机化学.以及基因组学等方面研究. [他的观点] 1.科学研究中最难的,是找一个真正有意义的问题. 2.RNA表观遗传学“淘金热”的说法有些急功近利.这个领域要真正做深.搞清楚机理,还…

日地距离计算参见<中华人民共和国气象行业标准太阳能资源评估方法>  …

水稻是我国重要的粮食作物,稻曲病是水稻三大病害之一,不仅造成稻米产量损失,更重要的是稻曲球中的稻曲菌素的毒性和致畸作用,给人畜健康带来严重威胁.病原菌对植物的侵袭是由病原菌的毒力和植物免疫系统相互作用决定的.深入研究这种复杂的互作过程,对全面理解细菌如何引起植物病害以及植物如何保护自己免受病原菌侵染至关重要. 蛋白翻译后修饰(PTMs)在病原菌与植物互作过程中起关键作用.最新研究发现,组蛋白赖氨酸2-羟基异丁酰化(Khib)修饰是拟南芥.水稻.烟草等多种植物中保守的表观基因组标记,参与植物对暗诱…

景杰生物 | 报道 ​ 组蛋白赖氨酸的翻译后修饰是表观遗传学密码的重要组成部分,它们动态地调节染色质的结构和功能,影响基因表达活性,参与生物体的环境适应性调控.赖氨酸酰化修饰家族(Acylation)包含了乙酰化.丙酰化.琥珀酰化.2-羟基异丁酰化等在内的10余种修饰种类.该家族的不同成员在多种重要生物学过程中的参与作用也成为了近些年的生物学领域研究热点之一. 赖氨酸2-羟基异丁酰化修饰(Lysine 2-hydroxyisobutyrylation; Khib)于2014年被首次鉴定[1].是…