4、Brief primer and lexicon for PacBio SMRT sequencing

转载:http://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/Primer.html 转载:http://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/#legacy-formats PacBio SMRT sequencing operates within a silicon chip (a SMRTcell) fabricated to contain a large number of microscopic hol…

cin、cout、cerr、clog------c++ Primer Plus

cin对象与标准输入流相对应. cout对象与标准输出流相对应. cerr对象与标准错误流相对应,常用于程序错误信息,不缓冲,直接被发送给屏幕. clog对象也对应标准错误流(这点儿和cerr是一样的)会缓冲对象代表流当iostream文件为程序声明一个cout对象时,该对象将包含存储了与输出有关的信息的数据成员,如显示数据时使用的字段宽度.小数位数.显示整数时采用的计数方法以及描述用来处理输出流的缓冲区的streambuf对象的地址.下面的语句通过指向的streambuf对象将字符串”aa…

c/c++ 函数、常量、指针和数组的关系梳理

压力才有动力,15年中旬就要准备实习,学习复习学习复习学习复习学习复习……无限循环中,好记性不如烂笔头……从数组开始,为主干. c 的array由一系列的类型相同的元素构成,数组声明包括数组元素个数和类型,c 中的数组参数是引用形式传参(传址调用),而常量标量是按值传递. //[]方括号表示声明的是数组,里面的数字表明了数组包含的元素数目 ];//声明50个整数的数组 ];//声明365个浮点数的数组 ];//声明20个字符的数组数组下标,不同语言不一定一样,c 是0开始. ANSI C 才支…

三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

c++nullptr（空指针常量）、constexpr（常量表达式）

总述又来更新了,今天带来的是nullptr空指针常量.constexpr(常量表达式)C++的两个用法.Result result_fun = nullptr;constexpr static uint32_t try_times = 100;这是两个在工作中常用的C++操作,但是你知道nullptr和constexpr由来以及它们的更多用法吗? 下面听我一一道来. 作者:良知犹存转载授权以及围观:欢迎添加微信公众号:羽林君一.nullptr C++11要引入nullptr?它与N…

测序原理 - PacBio技术资料

手头有一套完整的PacBio技术资料,会慢慢的总结到博客上. 写在前面:PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS,一个是最新的Sequel,下面如果没有指明则是在讲RS平台. SMRT测序技术总览(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必须对下面几个东西形成概念: 1.SMRT Cell:纳米制造的,不可回收的消耗品,每个 cell 里有 1M 的well(即ZMW),ZMW是单分子实时测序的最小场所. Sequel SMRT Cell 1M are…

纠错工具之 - Proovread

BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的. 原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus 摘要动机:目前边合成边测序的二代技术占主导,虽然准,但太…

C++构造函数,复制构造函数和析构函数专题

链接:http://wenku.baidu.com/view/d9316c0e52ea551810a6872a.html 本文作者:黄邦勇帅本文是学习 C++中的最基本的内容,因此学习 C++就应全部掌握本文的内容.在知道了怎样声明一个类之后,就会遇到关于构造函数的问题,本文是关于构造函数的专题,集中介绍了默认构造函数,初始化列表,重点介绍了复制构造函数,直接初始化,复制初始化,赋值,临时对象之间的关系,本文内容全面,简单易懂.本文内容完全属于个人见解与参考文现的作者无关,其中难免有误解之处,望…

【repost】如何学好编程（精挑细选编程教程，帮助现在在校学生学好编程，让你门找到编程的方向）四个方法总有一个学好编程的方法适合你

方法(一)编了这么久的程序,一直想找机会总结下其中的心得和方法,但回想我这段编程道路,又很难说清楚,如果按照我走过的所有路来说,显然是不可能的!当我看完了云风的<游戏之旅--编程感悟>和梁肇新的<编程高手箴言>我突然知道我要从何说起,我要怎么说了!从接触编程到现在已经至少要6年,虽然时间短,但我几乎每天都在编,而编程上突飞猛进的还是最近一两年,单纯编程上的进步,很简单就是经验,但你要理解才可以进步的快!这就是说,你的理论课要学好,才能学好编程,操作系统,网络原理,计算机体系结构,数…

各种计算机语言的经典书籍(C/C++/Java/C#/VC/VB等)

1.Java Java编程语言(第三版)-Java四大名著--James Gosling(Java之父) Java编程思想(第2版)--Java四大名著--Bruce Eckel Java编程思想(第3版)--Java四大名著------Bruce Eckel JAVA 2核心技术卷I:基础知识(原书第7版)-Java四大名著-–Cay Horstmann JAVA 2核心技术卷II:高级特性(原书第7版)--Java四大名著-–Cay Horstmann Effective Java中文版…

c++游戏编程书籍

如果要自学游戏程序开发的话,可以看看下面的,呵呵. 游戏开发资料(PDF书都是中文版的,非英文,很多是本人自己扫描制作,从未网上发布过,所以独家啦): 1.Gamebryo 2.2游戏引擎(盛大.腾讯等公司制作网络游戏常用)+Gamebryo v2.2.1说明文档 2.游戏PDF书及其代码: 3D游戏编程.3D游戏编程大师技巧.Direct3D游戏编程入门教程第2版.DirectX角色扮演游戏编程 DirectX特效游戏程序设计.MFC windows程序设计第2版.MFC深入浅出.VC+…

C 语言学习准备

摘要:用 C#语言学习了一些数据结构,突然想学习 C 语言,为了学习C,本文准备好资料. C 语言学习准备作者:乌龙哈里时间:2015-11-17 平台:Window7 64bit,Visual Studio Community 2015 参考: 章节: 编译器 IDE 编程入门资料正文: 一.编译器: Tiny C Compiler 0.9.26-win64 官方主页下载查找了一些资料,想着本来就是学习之用,越方便越好,结果找到了 TCC,号称全世界最小的C编译器.下载解压后,比如放…

2016年年终CSDN博客总结

2015年12月1日,结束了4个月的尚观嵌入式培训生涯,经过了几轮重重面试,最终来到了伟易达集团.经过了长达3个月的试用期,正式成为了伟易达集团的助理工程师. 回顾一年来的学习,工作,生活.各种酸甜苦辣,庆幸是有一群支持我的同事小伙伴,他们同样来自尚观IT培训机构,4年前,他们也是一样,怀着自己的理想考上了理想的大学,4年后,怀着自己的理想通过4个月的培训晋升,巩固自己的知识体系,最终也是找到了一份满意的工作,来到了VTECH, 这一年,收获还是非常大的,获得了公司的升职,同时自己的CSDN博客…

C++游戏开发需要阅读的书籍

C/C++ 和 PHP 技术经典图书，学习视频资料总结

技术经典图书 1.<计算机科学导论> 作者:(美)佛罗赞,(美)莫沙拉夫著,刘艺等译(强推) 涵盖了大部分计算机课程的内容,但都是简介,是最基础的知识,非常适合计算机初学者看,强烈建议把课后习题全做了,习题不难,还有英文版的答案. 2. <数据结构> 严蔚敏 (强强推) 学计算机的人一定要看这本书,这本书至少被我翻看了十遍,几乎每种数据结构我都在程序中使用过,去年保研前我把这本书认认真真看了三遍,笔试面试时的数据结构题就都很快答上来了,印象较深的是考了平衡二叉树.树的孩子…

C++后台研发面试总结

前言: 从中秋到国庆这几天面试了几家公司,有大公司也有小公司,连续几天面试没有系统的整理整理,正好有时间系统的整理一下,好多考点牛客的大佬们都分享过了,虽然每个人的方向不相同,不过多看一些总能找到一些高频度的问题题目: 1:给出一个二叉树的前序遍历和中序遍历写出后序遍历或者给出中后遍历写出前序遍历 2:二叉树的非递归前序.中序.后续遍历 3:寻找一个数组中第K大数->(进阶)寻找一个数组中距离第K大数最近的k个数(绝对值最小的k个数) 4:洗牌算法将一个数组随机打乱(最好是空间复杂度为O(…

ovs ovn 学习资料

0.A Primer on OVN http://blog.spinhirne.com/2016/09/a-primer-on-ovn.html 1.Open Virtual Networking With Docker http://docs.openvswitch.org/en/latest/howto/docker/ 2.Multi-Host Docker network https://wiredcraft.com/blog/multi-host-docker-network/ 3.ov…

C 游戏所要看的书

C 游戏所要看的书 1.C++primer中文版第4版经典啊2.C++标准程序库自修教程与参考手册 3.Windows程序设计第5版 4.MFC windows程序设计第2版中文版 5.VC++深入详解 6.MFC深入浅出 7.Effictive STL 8.Windows核心编程学好以上几本,也可以去游戏公司一试VC++软件工程师职位了. 9.WINDOWS游戏编程大师技巧第2版 10.3D游戏编程大师技巧 11.DirectX角色扮演游戏编程 12.DirectX特效游戏程序设计…

【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析

转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序,并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序,为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源,从而利于生态环境的持续优化. PacBio数据的加入,有效地对基因组初装版本进行了补洞,并在进一步Scaffolding提供高连续性序列,基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/…

用单分子测序（single-molecule sequencing）和局部敏感哈希（locality-sensitive hashing）来组装大型基因组

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读,算法系列的好文章! Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATURE BIOTECHNOLOGY marbl/MHAP - Github MinHash Alignme…

GATK--使用转载

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录一.准备工作二.流程概览三.流程首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/…

HALC：用于长读取错误纠正的高吞吐量算法

背景: 第三代PacBio SMRT长读取可以有效地解决第二代测序技术的读长问题,但包含大约15%的测序错误.已经设计了几种纠错算法以有效地将错误率降低到1%,但是它们丢弃了大量未校正的碱基,因此导致低吞吐量.这种碱基损失可能会限制下游组件的完整性和分析的准确性.结果: 在这里,我们介绍HALC,一种用于长读取错误纠正的高吞吐量算法. HALC将长读数与来自相同物种的短读取重叠群对齐,具有相对较低的同一性要求,使得长读取区域可以与至少一个重叠区域对齐,包括其真正的基因组区域在重叠群中与其充分相似…

Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac…

C Primer Plus_第5章_运算符、表达式和语句_编程练习

Practice 1. 输入分钟输出对应的小时和分钟. #include #define MIN_PER_H 60 int main(void) { int mins, hours, minutes; printf("Convert mins to hours and minutes\n"); printf("Please enter the mins: \n"); scanf("%d", &mins); while (mins >…

C++ Primer : 第九章 : vector变长、string的其他操作以及容器适配器

vector变长机制.string的其他构造方法,添加.替换和搜索操作,string比较和数值转换,最后是容器适配器. vector对象是如何增长的 vector和string类型提供了一些成员函数,允许我们与它实现中内存分配的部分互动:capacity()操作告诉我们容器在不扩张内存空间的情况下可以容纳多少个元素,reserve()操作允许我们通知容器它应该准备保存多少个元素. // shrink_to_fit只适用于vector.string和deque // capacity和reserv…